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万見
- PDB-7o7g: Crystal structure of the Shewanella oneidensis MR1 MtrC mutant H561M -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o7g
タイトルCrystal structure of the Shewanella oneidensis MR1 MtrC mutant H561M
要素Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component MtrC
キーワードELECTRON TRANSPORT / electron transfer activity oxidoreductase activity ion binding cation binding metal ion binding
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Decaheme cytochrome c component MtrC/MtrF N-terminal domain / Decahaem cytochrome, c-type, OmcA/MtrC / : / Outer membrane cytochrome MtrC/MtrF-like, domains II/IV / : / Multiheme cytochrome superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HEME C / Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component MtrC
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Edwards, M.J. / van Wonderen, J.H. / Newton-Payne, S.E. / Butt, J.N. / Clarke, T.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P01819X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S002499/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/M001989/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Nanosecond heme-to-heme electron transfer rates in a multiheme cytochrome nanowire reported by a spectrally unique His/Met-ligated heme.
著者: van Wonderen, J.H. / Adamczyk, K. / Wu, X. / Jiang, X. / Piper, S.E.H. / Hall, C.R. / Edwards, M.J. / Clarke, T.A. / Zhang, H. / Jeuken, L.J.C. / Sazanovich, I.V. / Towrie, M. / Blumberger, J. ...著者: van Wonderen, J.H. / Adamczyk, K. / Wu, X. / Jiang, X. / Piper, S.E.H. / Hall, C.R. / Edwards, M.J. / Clarke, T.A. / Zhang, H. / Jeuken, L.J.C. / Sazanovich, I.V. / Towrie, M. / Blumberger, J. / Meech, S.R. / Butt, J.N.
履歴
登録2021年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component MtrC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,44628
ポリマ－71,3081
非ポリマー7,13727
水14,268792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14910 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area27260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.875, 89.657, 153.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Extracellular iron oxide respiratory system surface decaheme cytochrome c component MtrC


分子量: 71308.422 Da / 分子数: 1 / 変異: H561M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: mtrC, SO_1778 / 発現宿主: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8EG34

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非ポリマー , 5種, 819分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 0.4 M sodium acetate pH 4.5, 0.1 M calcium chloride, 19% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→52.9 Å / Num. obs: 96658 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.6 % / Num. unique obs: 4516 / CC1/2: 0.673 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LM8

4lm8


解像度: 1.6→50.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.651 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 4751 4.9 %RANDOM
Rwork0.1702 ---
obs0.1719 91812 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.21 Å2 / Biso mean: 22.801 Å2 / Biso min: 6.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→50.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4693 0 486 792 5971
Biso mean--20.63 34.94 -
残基数----627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0145486
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184845
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6891.8027573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4441.67211168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9965652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.94525.767215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14415796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.321156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021184
LS精密化 シェル解像度: 1.603→1.644 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 325 -
Rwork0.32 6487 -
all-6812 -
obs--96.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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