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- PDB-7o67: Crystal structure of human mitochondrial ferritin (hMTF) Fe(II)-l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o67
タイトルCrystal structure of human mitochondrial ferritin (hMTF) Fe(II)-loaded for 15 minutes showing either a dioxygen or a superoxide anion coordinated to iron ions in the ferroxidase site
要素Ferritin, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / human mitochondrial ferritin / hMTF / time-controlled iron loading / ferroxidase site / dioxygen / superoxide anion
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / positive regulation of aconitate hydratase activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport ...positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / positive regulation of aconitate hydratase activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial matrix / iron ion binding / positive regulation of cell population proliferation / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXYGEN MOLECULE / Ferritin, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Pozzi, C. / Ciambellotti, S. / Tassone, G. / Turano, P. / Mangani, S.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Iron Binding in the Ferroxidase Site of Human Mitochondrial Ferritin.
著者: Ciambellotti, S. / Pratesi, A. / Tassone, G. / Turano, P. / Mangani, S. / Pozzi, C.
履歴
登録2021年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,67812
ポリマ－21,1081
非ポリマー57011
水4,197233
1
A: Ferritin, mitochondrial
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)520,263288
ポリマ－506,58224
非ポリマー13,681264
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation33_545y,z-1/2,x+1/21
crystal symmetry operation34_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation35_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation36_555-y,-z+1/2,x+1/21
crystal symmetry operation41_545x,z-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation42_545-x,z-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation43_555-x,-z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation44_555x,-z+1/2,y+1/21
crystal symmetry operation53_455z-1/2,x,y+1/21
crystal symmetry operation54_455z-1/2,-x,-y+1/21
crystal symmetry operation55_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation56_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation69_455z-1/2,y,-x+1/21
crystal symmetry operation70_455z-1/2,-y,x+1/21
crystal symmetry operation71_555-z+1/2,y,x+1/21
crystal symmetry operation72_555-z+1/2,-y,-x+1/21
Buried area93140 Å2
ΔGint-290 kcal/mol
Surface area142550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.184, 184.184, 184.184
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

FE2

21A-204-

FE2

31A-207-

FE2

41A-209-

FE2

51A-211-

CL

61A-314-

HOH

71A-456-

HOH

81A-509-

HOH

91A-527-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ferritin, mitochondrial


分子量: 21107.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTMT / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -pLysS / 参照: UniProt: Q8N4E7, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#3: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 % / 解説: Octahedral crystals
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6-2 M MgCl2 6H2O and 0.1 M bicine pH 9.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0310.97625
シンクロトロンDiamond I0321.73937
シンクロトロンDiamond I0331.7438
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 6M1PIXEL2018年2月19日
DECTRIS PILATUS3 6M2PIXEL2018年2月19日
DECTRIS PILATUS3 6M3PIXEL2018年2月19日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)MADMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray2
3Si(111)MADMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976251
21.739371
31.74381
反射

Entry-ID: 7O67 / Observed criterion σ(F): 2

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.86-106.342295599.810.424.40.9980.0990.0330.108112.4
2-106.491873399.917.428.90.9980.1080.0270.117214.8
2-55.591869699.918.134.20.9990.1020.0240.107314.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.86-1.9610.80.6013.432720.9060.1960.6511100
2-2.1111.80.6013.426490.8950.1860.652299.5
2-2.1112.20.653326340.8790.1970.702399.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R03

1r03


解像度: 1.86→46.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.84 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2237 1164 5.1 %RANDOM
Rwork0.1706 ---
obs0.1733 21613 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.28 Å2 / Biso mean: 27.859 Å2 / Biso min: 16.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2044 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→46.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1399 0 12 240 1651
Biso mean--40.36 38.08 -
残基数----173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0121482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.591.6312008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5365185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.82323.01193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2615260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5891510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021174
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 72 -
Rwork0.303 1571 -
all-1643 -
obs--97.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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