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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o62 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a 2`-deoxyribosyltransferase from the psychrophilic bacterium Desulfotalea psychrophila. | ||||||
![]() | Chains: A,B,C,D | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Psychrophilic enzyme / tetramer / thermal stability | ||||||
機能・相同性 | Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mancheno, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and structural studies of two tetrameric nucleoside 2'-deoxyribosyltransferases from psychrophilic and mesophilic bacteria: Insights into cold-adaptation. 著者: Fernandez-Lucas, J. / Acebron, I. / Wu, R.Y. / Alfaro, Y. / Acosta, J. / Kaminski, P.A. / Arroyo, M. / Joachimiak, A. / Nocek, B.P. / De la Mata, I. / Mancheno, J.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 267.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 183 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7m5hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16769.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LSv54 / DSM 12343 / 遺伝子: DP0734 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 3350, 0.1 M sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→46.98 Å / Num. obs: 27119 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 55.36 Å2 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / Num. unique obs: 3856 / Rpim(I) all: 0.204 / Rrim(I) all: 0.737 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7M5H 解像度: 2.4→44.15 Å / SU ML: 0.3485 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.9593 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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