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- PDB-7o62: Crystal structure of a 2`-deoxyribosyltransferase from the psychr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7o62 | ||||||
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Title | Crystal structure of a 2`-deoxyribosyltransferase from the psychrophilic bacterium Desulfotalea psychrophila. | ||||||
![]() | Chains: A,B,C,D | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Psychrophilic enzyme / tetramer / thermal stability | ||||||
Function / homology | Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mancheno, J.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Biochemical and structural studies of two tetrameric nucleoside 2'-deoxyribosyltransferases from psychrophilic and mesophilic bacteria: Insights into cold-adaptation. Authors: Fernandez-Lucas, J. / Acebron, I. / Wu, R.Y. / Alfaro, Y. / Acosta, J. / Kaminski, P.A. / Arroyo, M. / Joachimiak, A. / Nocek, B.P. / De la Mata, I. / Mancheno, J.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 267.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 183 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7m5hS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 16769.176 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: LSv54 / DSM 12343 / Gene: DP0734 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20 % PEG 3350, 0.1 M sodium malonate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 12M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→46.98 Å / Num. obs: 27119 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 55.36 Å2 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / Num. unique obs: 3856 / Rpim(I) all: 0.204 / Rrim(I) all: 0.737 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7M5H Resolution: 2.4→44.15 Å / SU ML: 0.3485 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.9593 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 74.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→44.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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