PDB-7o62: Crystal structure of a 2`-deoxyribosyltransferase from the psychr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o62

タイトル

Crystal structure of a 2`-deoxyribosyltransferase from the psychrophilic bacterium Desulfotalea psychrophila.

要素

Chains: A,B,C,D

キーワード

TRANSFERASE / Psychrophilic enzyme / tetramer / thermal stability

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfotalea psychrophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Mancheno, J.M.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Biochemical and structural studies of two tetrameric nucleoside 2'-deoxyribosyltransferases from psychrophilic and mesophilic bacteria: Insights into cold-adaptation.
著者: Fernandez-Lucas, J. / Acebron, I. / Wu, R.Y. / Alfaro, Y. / Acosta, J. / Kaminski, P.A. / Arroyo, M. / Joachimiak, A. / Nocek, B.P. / De la Mata, I. / Mancheno, J.M.

履歴

登録	2021年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o62.cif.gz	268.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o62.ent.gz	183 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o62	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7m5hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tlv-1 5djw-1 2r4j-1 7bgc-d 1qme-d 5oaw-2 6q2t-1 2b7b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chains: A,B,C,D

B: Chains: A,B,C,D

C: Chains: A,B,C,D

D: Chains: A,B,C,D

ヘテロ分子

67.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.165, 86.366, 140.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Chains: A,B,C,D 分子量: 16769.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfotalea psychrophila (strain LSv54 / DSM 12343) (バクテリア) 株: LSv54 / DSM 12343 / 遺伝子: DP0734 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AQB0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 3350, 0.1 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→46.98 Å / Num. obs: 27119 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 55.36 Å² / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / Num. unique obs: 3856 / R_pim(I) all: 0.204 / R_rim(I) all: 0.737 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7M5H

7m5h

解像度: 2.4→44.15 Å / SU ML: 0.3485 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.9593
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2769	1342	5.03 %
R_work	0.2205	25324	-
obs	0.2234	26666	98.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4133	0	24	13	4170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	4214
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0031	5674
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0536	633
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.5045	566

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.49	0.4069	110	0.3625	2300	X-RAY DIFFRACTION	90.98
2.49-2.59	0.3673	143	0.2962	2379	X-RAY DIFFRACTION	95.49
2.59-2.7	0.3397	130	0.2739	2523	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.7-2.85	0.2923	134	0.2721	2520	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.85-3.02	0.317	125	0.2931	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.02-3.26	0.3169	139	0.2636	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.26-3.58	0.2777	126	0.2237	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.1	0.2632	158	0.1983	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-5.17	0.2232	135	0.1774	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-44.15	0.2728	142	0.1977	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.79765646271	-0.246924573866	-5.35183541077	2.74058944781	0.18830729631	3.71129192197	-0.292269113734	-0.395716847015	0.049260428046	0.365044226334	0.222789516287	0.0707218138374	0.00373146422161	0.535893207092	-0.255953720318	0.459060421721	-0.0872546999132	-0.0138697425581	0.36777211625	-0.0114977161825	0.574141784828	-13.1532677876	3.57003442348	-24.3005190441
2	2.39510010348	-2.73656147568	0.936704660246	6.28648988691	1.61136931518	5.22373552186	-0.393357315959	0.140939412243	1.21506046591	-1.03070450356	0.899891607108	-1.47276503116	-1.48379758131	1.75147946738	-0.712441501744	1.01388351756	-0.356632020004	-0.0346659513176	0.602619020326	-0.0141449517848	0.935436326911	-9.88005923829	11.9220961811	-29.6707205738
3	8.55047759053	-0.862990615807	-1.79956898582	1.95527321688	2.52576598651	7.68702181399	0.18528846464	-1.08171965753	-1.1027801389	0.940663932965	-0.236381955818	-1.61353971319	-0.196643914319	0.674953898303	-0.200516159656	0.617559979379	-0.142424505538	-0.0960281227319	0.527436563185	0.0242664318556	0.584320802943	-12.9059852389	7.4511117579	-19.3557799997
4	4.65394988726	1.19523954397	-2.91011463617	1.71418288648	-2.6570079791	4.44085481214	0.867010329011	-0.462965011113	0.91944954306	-0.407767658121	0.381784427333	-1.45729002433	-1.18472054247	1.00087964888	0.0302930305354	0.423004799504	-0.377278607421	-0.086703799398	1.22881024246	-0.133122658356	0.948234169068	1.19141263483	-0.0808646866089	-29.7253549547
5	3.74663806603	0.179899250496	-3.64892363135	4.29411575456	1.76533281951	8.2099874556	-0.110573973113	-0.461339723603	0.123434590053	0.368869573741	0.337975617612	-0.459429726299	-0.080744335371	1.24444027772	0.0287083967631	0.465911526707	0.124339010331	-0.0689709970372	0.733400924271	0.0209364925742	0.700042332099	-5.18119140602	-8.57716546624	-27.6976289265
6	1.39618193723	1.16483629284	-0.790099927473	3.54634982818	1.39163551031	7.16125949284	-0.0857975392707	-0.163891899611	0.280423792182	0.243080262993	0.033227730883	-0.0203930533249	-0.38955628565	0.327488580904	0.1117344673	0.414268855722	-0.0193550385099	-0.00924979319888	0.317378023653	0.0262737022085	0.509992643803	-18.7624537889	-1.85195997615	-30.1679634071
7	0.447257435655	0.324601583138	-1.32661690719	3.78877826607	0.81033341575	4.74969486023	0.298492291069	0.582195478713	0.688660736323	-0.332477049417	0.0744451046007	1.9830035719	-0.830397720167	-0.736210941953	0.0981543394925	0.821592625353	0.124710697883	-0.129787516098	0.524812438193	0.0302019409313	0.781421504862	-25.2791846749	4.5056806768	-42.4987160603
8	4.22022559988	-1.41886480953	2.02924401965	6.0376088786	3.17978352031	6.84644685002	-0.706268759693	-0.494799397814	0.413484556897	0.120844734382	0.111190190274	0.280862714937	-0.852796248679	-0.522652718935	0.467773706511	0.488239824223	0.103013233796	0.0271916334131	0.417798031595	0.00680793134582	0.461616827892	-26.3837418368	5.98074741498	-25.4778691148
9	4.11063464293	-0.209287772534	-0.930736447544	9.98596013293	-0.638503159433	0.897539193682	0.238612690453	0.452843235132	-0.0552119165946	-0.358341584267	-0.183596765125	0.32665896366	0.515005161209	-0.348634282266	-0.138570491561	0.436828726159	-0.0960001462636	-0.0122599908196	0.440359907849	-0.0400798425742	0.49619228303	-22.8181791955	-20.3814055109	-47.5620192582
10	5.31120779245	-4.29116799289	-2.18648284355	8.00889818091	0.127196356069	6.4649270523	-0.195270757684	0.369824858475	0.327752992079	0.436881490261	-0.0934800273781	0.390919558185	0.576436874152	-0.166522665591	0.300765725388	0.434704218563	-0.123959993309	-0.00772494437179	0.490941644287	0.109971319323	0.641656306669	-25.49069412	-24.5406235865	-44.6989285265
11	8.52839243858	4.38486525537	6.02549158909	4.58615368303	3.74910945752	4.43851777999	-1.08934417298	2.38617128488	-0.292705331595	-3.684399878	0.547780815846	-0.656753927051	-1.02756744121	0.322087746182	0.540304141877	1.40814842706	-0.20066405396	0.458598763676	0.778944165466	0.169370407933	0.991224139203	-35.7164870204	-10.0554032059	-45.3873966083
12	8.93813365336	-4.60722324503	2.32388652009	7.51276001948	-1.00796365488	8.26111060255	-0.356448731982	-0.294193462231	0.311542659662	-0.478309814919	0.0297753856774	1.58531212545	-0.615925636448	-0.694465720694	0.240158922337	0.434584829162	-0.0711632225279	-0.0138824996852	0.475873466516	-0.0025329720597	0.848169944796	-31.9249780817	-11.3069110288	-35.2630313486
13	5.61077526197	0.18514961278	-4.16861165595	6.24549793782	1.55687882354	8.14395000853	0.0456734037207	0.322640307351	-0.186057664897	0.476625137451	-0.0352248058356	0.11993936911	0.272766641983	0.025051141697	0.00204127278191	0.28532002112	-0.0345777609348	-0.000635320382215	0.308645535675	0.0360707438545	0.438633792642	-17.3427923872	-14.5375884348	-37.9317410196
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26	4.30011804838	1.88730906824	1.76684878126	6.2950230827	3.11169179499	2.31427670548	-0.786059546921	0.549195437874	0.656086311856	-1.12170486934	0.306804535446	-0.781367780197	-0.049343896296	0.645773078759	0.404078486272	0.768798700782	-0.43834219517	0.0615832212625	0.993561673227	0.0528916457068	1.02092921315	2.94695905143	15.3653330498	-54.4288992459

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 10 through 23 )	A	A	10 - 23	1 - 14
2	2	chain 'A' and (resid 24 through 37 )	A	A	24 - 37	15 - 28
3	3	chain 'A' and (resid 38 through 45 )	A	A	38 - 45	29 - 36
4	4	chain 'A' and (resid 46 through 62 )	A	A	46 - 62	37 - 44
5	5	chain 'A' and (resid 63 through 80 )	A	A	63 - 80	45 - 62
6	6	chain 'A' and (resid 81 through 114 )	A	A	81 - 114	63 - 96
7	7	chain 'A' and (resid 115 through 127 )	A	A	115 - 127	97 - 109
8	8	chain 'A' and (resid 128 through 153 )	A	A	128 - 153	110 - 135
9	9	chain 'B' and (resid 10 through 37 )	B	B	10 - 37	1 - 28
10	10	chain 'B' and (resid 38 through 48 )	B	B	38 - 48	29 - 39
11	11	chain 'B' and (resid 49 through 62 )	B	B	49 - 62	40 - 47
12	12	chain 'B' and (resid 63 through 80 )	B	B	63 - 80	48 - 65
13	13	chain 'B' and (resid 81 through 114 )	B	B	81 - 114	66 - 99
14	14	chain 'B' and (resid 115 through 127 )	B	B	115 - 127	100 - 112
15	15	chain 'B' and (resid 128 through 152 )	B	B	128 - 152	113 - 137
16	16	chain 'C' and (resid 10 through 18 )	C	C	10 - 18	1 - 9
17	17	chain 'C' and (resid 19 through 62 )	C	C	19 - 62	10 - 42
18	18	chain 'C' and (resid 63 through 114 )	C	C	63 - 114	43 - 94
19	19	chain 'C' and (resid 115 through 153 )	C	C	115 - 153	95 - 133
20	20	chain 'D' and (resid 12 through 23 )	D	D	12 - 23	1 - 12
21	21	chain 'D' and (resid 24 through 45 )	D	D	24 - 45	13 - 34
22	22	chain 'D' and (resid 46 through 64 )	D	D	46 - 64	35 - 39
23	23	chain 'D' and (resid 65 through 79 )	D	D	65 - 79	40 - 54
24	24	chain 'D' and (resid 80 through 114 )	D	D	80 - 114	55 - 89
25	25	chain 'D' and (resid 115 through 127 )	D	D	115 - 127	90 - 102
26	26	chain 'D' and (resid 128 through 151 )	D	D	128 - 151	103 - 126

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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