[日本語] English
万見
- PDB-7o60: Crystal structure of human myelin protein P2 at room temperature ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o60
タイトルCrystal structure of human myelin protein P2 at room temperature from joint X-ray and neutron refinement.
要素Myelin P2 protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / myelin / fatty acid binding protein / neuropathy / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane organization / cholesterol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / myelin sheath / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myelin P2 protein / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DEUTERATED WATER / PALMITIC ACID / Myelin P2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Laulumaa, S. / Blakeley, M.P. / Kursula, P.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Human myelin protein P2: from crystallography to time-lapse membrane imaging and neuropathy-associated variants.
著者: Uusitalo, M. / Klenow, M.B. / Laulumaa, S. / Blakeley, M.P. / Simonsen, A.C. / Ruskamo, S. / Kursula, P.
履歴
登録2021年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myelin P2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4403
ポリマ－14,9911
非ポリマー4492
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area7260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.952, 57.952, 100.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Myelin P2 protein / Peripheral myelin protein 2


分子量: 14991.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PMP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02689
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 28% PEG 6000, 0.1 M citrate, pD 4.75

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12921N
22931N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORILL LADI III13.0-3.9
SEALED TUBEXenocs GeniX 3D Cu HF21.54
検出器
タイプID検出器日付
LADI III1AREA DETECTOR2014年9月2日
MAR scanner 345 mm plate2IMAGE PLATE2016年5月2日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LAUELneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
131
23.91
31.541
反射

Biso Wilson estimate: 27.66 Å2 / Entry-ID: 7O60

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rrim(I) allRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I)
2-151246498.99.70.9990.0630.06225.2
2.4-40423260.14.20.18916.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allRsym valueDiffraction-ID% possible all
2-2.063.238910.8490.5130.431296.1
2.4-2.532.22.83630.304136.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3928精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化

SU ML: 0.167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 19.3163 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 2WUT

2wut

/ 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
2-14.53X-RAY DIFFRACTION18.850.20320.15460.15961246111971244310.0198.9721.34
2.4-40NEUTRON DIFFRACTION0.34120.29470.299542271058.91
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→14.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1048 0 31 105 1184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02921104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.08521474
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0129203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.656440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.060.2391300.19051169X-RAY DIFFRACTION95.1
2.06-2.150.22721360.17541216X-RAY DIFFRACTION99.27
2.15-2.260.24081360.16561222X-RAY DIFFRACTION99.93
2.26-2.40.21411370.17261240X-RAY DIFFRACTION99.93
2.4-2.590.23251370.16591235X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.850.23191380.17051247X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.260.23341420.17191264X-RAY DIFFRACTION100
3.26-4.090.19291410.13621284X-RAY DIFFRACTION99.93
4.09-14.530.15841490.13441320X-RAY DIFFRACTION96.77

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る