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- PDB-7o4v: Structure of Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o4v
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme in complex with oxidized nicotinamide adenine dinucleotide
要素
  • 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
  • Putative acyltransferase Rv0859
キーワードOXIDOREDUCTASE / trifunctional enzyme / fatty acid beta oxidation / mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain (3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site ...: / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Thiolase-like / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Putative acyltransferase Rv0859 / Probable fatty oxidation protein FadB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Dalwani, S. / Wierenga, R.K. / Venkatesan, R.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland293369 フィンランド
Academy of Finland289024 フィンランド
Academy of Finland319194 フィンランド
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Substrate specificity and conformational flexibility properties of the Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme.
著者: Dalwani, S. / Lampela, O. / Leprovost, P. / Schmitz, W. / Juffer, A.H. / Wierenga, R.K. / Venkatesan, R.
#1: ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2013
タイトル: Structure of Mycobacterial Beta-Oxidation Trifunctional Enzyme Reveals its Altered Assembly and Putative Substrate Channeling Pathway
著者: Venkatesan, R. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2021年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name ..._citation.journal_volume / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
D: Putative acyltransferase Rv0859
C: Putative acyltransferase Rv0859
A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,66131
ポリマ－240,9324
非ポリマー3,72827
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17830 Å2
ΔGint-322 kcal/mol
Surface area82900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)243.750, 133.240, 115.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-616-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase


分子量: 78005.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: fadB, Rv0860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O53872, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
#2: タンパク質 Putative acyltransferase Rv0859


分子量: 42460.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: fadA, Rv0859 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O53871, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 2M (NH4)2SO4, 100mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→86.84 Å / Num. obs: 131141 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 67.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / Num. unique obs: 6486 / CC1/2: 0.289

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B3H

4b3h


解像度: 2.42→72.92 Å / SU ML: 0.4271 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.78 / 位相誤差: 30.6396
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 6522 4.98 %
Rwork0.2139 124530 -
obs0.2154 131052 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→72.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16743 0 213 89 17045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001717231
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.474423363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412650
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00373052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.70876323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.450.40762240.38944146X-RAY DIFFRACTION99.34
2.45-2.480.42191930.38624149X-RAY DIFFRACTION99.61
2.48-2.510.40852150.37834131X-RAY DIFFRACTION99.77
2.51-2.540.39532360.3624152X-RAY DIFFRACTION99.82
2.54-2.570.35812080.34414238X-RAY DIFFRACTION99.78
2.57-2.610.34962040.34024114X-RAY DIFFRACTION99.86
2.61-2.640.38012230.33794101X-RAY DIFFRACTION99.86
2.64-2.680.39392160.34544217X-RAY DIFFRACTION99.84
2.68-2.730.37812060.33274155X-RAY DIFFRACTION99.93
2.73-2.770.33872380.31784125X-RAY DIFFRACTION99.75
2.77-2.820.32892290.30464210X-RAY DIFFRACTION99.89
2.82-2.870.3232250.29684101X-RAY DIFFRACTION99.91
2.87-2.920.33031900.28674189X-RAY DIFFRACTION99.84
2.92-2.980.31612310.28334141X-RAY DIFFRACTION99.91
2.98-3.050.28532210.27444181X-RAY DIFFRACTION99.91
3.05-3.120.31482330.27524171X-RAY DIFFRACTION99.93
3.12-3.20.30892230.27154149X-RAY DIFFRACTION99.73
3.2-3.280.29822140.26854164X-RAY DIFFRACTION99.52
3.28-3.380.30392190.24294175X-RAY DIFFRACTION99.68
3.38-3.490.24482060.21984153X-RAY DIFFRACTION99.18
3.49-3.610.23781890.20624207X-RAY DIFFRACTION99.5
3.61-3.760.23582300.20294095X-RAY DIFFRACTION99.08
3.76-3.930.22222170.19624133X-RAY DIFFRACTION98.75
3.93-4.140.19812320.17764089X-RAY DIFFRACTION98.18
4.14-4.40.19732300.164102X-RAY DIFFRACTION98.32
4.4-4.740.19282160.15544104X-RAY DIFFRACTION97.49
4.74-5.210.18911940.16914155X-RAY DIFFRACTION98.42
5.21-5.970.21822280.18944121X-RAY DIFFRACTION98.57
5.97-7.520.20652070.18364184X-RAY DIFFRACTION98.52
7.52-72.920.20612250.17154178X-RAY DIFFRACTION96.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3778991244220.152179469789-0.0222862621980.7189701446980.324501171561.44710461626-0.0105973084743-0.2490067011920.08183921186720.133840410399-0.05110383601320.101111973887-0.269636642573-0.1205151766080.07611268142840.6418759980160.07163700158770.04691250891570.7874890004040.007045184441220.61859201618831.445045463139.968724191149.700512631
21.10985994630.03675952241760.1625005268521.425136166560.1107982669221.64182506573-0.0340567826445-0.0989196063310.06231499884280.1292422742990.000291408695931-0.144968405621-0.0536449682507-0.07303470164280.03317458308950.4709876954980.01684811848990.0009586497595320.428119697836-0.01247747814250.55629140034857.970590553651.086182438104.878408939
30.9128415001380.2498233234040.00671753930591.431045742980.2350972144431.52963803569-0.06060998891580.080743267165-0.316761705754-0.1689139233860.0303784695095-0.0813776006520.154278978469-0.1520399153590.03058090356110.487621684515-0.03196043117970.02719436962070.4530890006230.004225970019690.66048353179957.143286746218.9563068869105.973916837
40.5043724931890.3254890562610.1402217467282.000550504260.2214912555740.807011529221-0.09518823567870.213049562403-0.109677783315-0.5567985946390.07008479479510.1561475795180.175817621342-0.2485549346190.05595729228880.657305131617-0.113147388196-0.03276542399460.682364237287-0.05703283326530.51745335533324.784956417931.862361659265.5712740835
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain B and resseq -13:801)BA - B-13 - 8011
22(chain D and resseq 1:403)DC1 - 4031 - 401
33(chain C and resseq 1:403)CD1 - 4031 - 401
44(chain A and resseq -13:801)AE - F-13 - 8011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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