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- PDB-7o4p: Cystal structure of Zymogen Granule Protein 16 (ZG16) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o4p
タイトルCystal structure of Zymogen Granule Protein 16 (ZG16)
要素Zymogen granule membrane protein 16
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Beta prism / greek key
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression of symbiont entry into host / mucus layer / zymogen granule membrane / peptidoglycan binding / Golgi lumen / protein transport / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Zymogen granule membrane protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Javitt, G. / Fass, D.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Conformational switches and redox properties of the colon cancer-associated human lectin ZG16.
著者: Javitt, G. / Kinzel, A. / Reznik, N. / Fass, D.
履歴
登録2021年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zymogen granule membrane protein 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4413
ポリマ－16,3131
非ポリマー1282
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.336, 58.336, 82.618
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

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要素

#1: タンパク質 Zymogen granule membrane protein 16 / Zymogen granule protein 16 / hZG16 / Secretory lectin ZG16


分子量: 16313.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZG16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60844
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid buffer (HEPES), pH 7.0, 30 % v/v Jeffamine ED-2003

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→43.101 Å / Num. obs: 69590 / % possible obs: 99.04 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 13.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03997 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.08→1.119 Å / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 6920 / CC1/2: 0.411 / % possible all: 99.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3APA

3apa


解像度: 1.08→43.1 Å / SU ML: 0.1592 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 21.5495 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1748 3207 2.57 %
Rwork0.1645 121409 -
obs0.1648 124616 92.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→43.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1085 0 7 225 1317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00651284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97741771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0784183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1651025
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.08-1.10.41441370.37395189X-RAY DIFFRACTION90.73
1.1-1.110.38511400.355164X-RAY DIFFRACTION90.9
1.11-1.130.3181320.33145130X-RAY DIFFRACTION90.12
1.13-1.150.3471290.30565141X-RAY DIFFRACTION88.84
1.15-1.170.30491430.29645046X-RAY DIFFRACTION89.1
1.17-1.190.30561450.28745331X-RAY DIFFRACTION92.64
1.19-1.220.26771410.27115330X-RAY DIFFRACTION93.27
1.22-1.250.25761390.26165308X-RAY DIFFRACTION93.48
1.25-1.270.24211410.24945281X-RAY DIFFRACTION91.87
1.27-1.310.21531260.24195175X-RAY DIFFRACTION90.57
1.31-1.340.25081270.22935151X-RAY DIFFRACTION91.13
1.34-1.380.25441400.21475493X-RAY DIFFRACTION95.02
1.38-1.430.21221520.20325468X-RAY DIFFRACTION95.53
1.43-1.480.20571450.18255400X-RAY DIFFRACTION94.72
1.48-1.540.19781430.17525333X-RAY DIFFRACTION92.33
1.54-1.610.18071330.17115168X-RAY DIFFRACTION90.69
1.61-1.690.15491440.1555311X-RAY DIFFRACTION93.97
1.69-1.80.18191410.14545543X-RAY DIFFRACTION96.37
1.8-1.930.13031460.13725483X-RAY DIFFRACTION96.16
1.93-2.130.13811410.12575238X-RAY DIFFRACTION92.09
2.13-2.440.11561400.13085273X-RAY DIFFRACTION91.75
2.44-3.070.13621500.13655370X-RAY DIFFRACTION93.45
3.07-43.10.17291320.14335083X-RAY DIFFRACTION89.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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