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- PDB-7o4e: The DYW domain of A. thaliana OTP86 in its inactive state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o4e
タイトルThe DYW domain of A. thaliana OTP86 in its inactive state
要素Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
キーワードHYDROLASE / cytidine deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast RNA processing / RNA modification / chloroplast / mRNA processing / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DYW domain / DYW family of nucleic acid deaminases / PPR repeat / PPR repeat family / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Weber, G. / Palm, G.J. / Takenaka, M. / Barthel, T. / Feiler, C. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2021
タイトル: DYW domain structures imply an unusual regulation principle in plant organellar RNA editing catalysis.
著者: Takenaka, M. / Takenaka, S. / Barthel, T. / Frink, B. / Haag, S. / Verbitskiy, D. / Oldenkott, B. / Schallenberg-Rudinger, M. / Feiler, C.G. / Weiss, M.S. / Palm, G.J. / Weber, G.
履歴
登録2021年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
B: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2956
ポリマ－32,0332
非ポリマー2624
水59433
1
A: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2956
ポリマ－32,0332
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
2
B: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
ヘテロ分子

B: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2956
ポリマ－32,0332
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)124.570, 30.580, 77.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-885-

LYS

21B-1115-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic / Protein ORGANELLE TRANSCRIPT PROCESSING 86


分子量: 16016.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PCMP-H83, OTP86, At3g63370, F16M2_220 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9M1V3
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 nl protein plus 100 nl reservoir (0.1 M glycine, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4) plus 30 nl additive (0.1 M 50% v/v Jeffamine M-600 pH 7.0). Cryo: reservoir solution ...詳細: 100 nl protein plus 100 nl reservoir (0.1 M glycine, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4) plus 30 nl additive (0.1 M 50% v/v Jeffamine M-600 pH 7.0). Cryo: reservoir solution supplemented with 15% (v/v) ethylene glycol.
PH範囲: 7.9 - 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→80 Å / Num. obs: 16019 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 48.3 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.235 / Rsym value: 0.216 / Net I/σ(I): 7.46
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 1761 / CC1/2: 0.428 / Rrim(I) all: 1.899 / Rsym value: 1.734 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJanuary 26th, 2018データ削減
XDSJanuary 26th, 2018データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_129211461

解像度: 2.5→38.722 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2714 425 5.01 %
Rwork0.2215 8057 -
obs0.2241 8482 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.8 Å2 / Biso mean: 48.7795 Å2 / Biso min: 26.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→38.722 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 4 33 2136
Biso mean--58.11 42.86 -
残基数----257
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.86170.33821400.25792641100
2.8617-3.6050.26111390.24682663100
3.605-38.720.25931460.2001275399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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