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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o2k | ||||||
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タイトル | NMR solution structue of cytotoxin 2 from Naja Kaouthia | ||||||
要素 | Cytotoxin 2 | ||||||
キーワード | TOXIN / S-type cytotoxin / cobra venom / three-finger protein / membrane-active polypeptide | ||||||
機能・相同性 | Snake cytotoxin, cobra-type / cytolysis / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / toxin activity / extracellular region / membrane / Cytotoxin 2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Naja kaouthia (コブラ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Dubinnyi, M.A. / Dubovskii, P.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021 タイトル: The omega-loop of cobra cytotoxins tolerates multiple amino acid substitutions. 著者: Dubinnyi, M.A. / Dubovskii, P.V. / Starkov, V.G. / Utkin, Y.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o2k.cif.gz | 340 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o2k.ent.gz | 292.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o2k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o2k_validation.pdf.gz | 443.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o2k_full_validation.pdf.gz | 571.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7o2k_validation.xml.gz | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o2k_validation.cif.gz | 38 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6756.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / 参照: UniProt: P01445 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 2 mM cytotoxin 2, 3 mM Cytotoxin 3, 90% H2O/10% D2O 詳細: 3 mM No Cytotoxin 3 from Naja kaouthia, 2 mM No Cytotoxin 2 from Naja kaouthia, 90% H2O/10% D2O Label: The mixture of CT3 and CT2 Naja kaouthia / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 mM / Ionic strength err: 0 / Label: Cytotoxins 2 and 3 / pH: 6 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.05 / 温度: 303 K / Temperature err: 1 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: 582 NOE constraints, 109 angular constraints, 27 H-bonds, 4 SS-bonds | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |