PDB-7o2k: NMR solution structue of cytotoxin 2 from Naja Kaouthia

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o2k

タイトル

NMR solution structue of cytotoxin 2 from Naja Kaouthia

要素

Cytotoxin 2

キーワード

TOXIN / S-type cytotoxin / cobra venom / three-finger protein / membrane-active polypeptide

機能・相同性

機能・相同性情報

other organism cell membrane / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Naja kaouthia (コブラ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Dubinnyi, M.A. / Dubovskii, P.V.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: The omega-loop of cobra cytotoxins tolerates multiple amino acid substitutions.
著者: Dubinnyi, M.A. / Dubovskii, P.V. / Starkov, V.G. / Utkin, Y.N.

履歴

登録	2021年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o2k.cif.gz	343.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o2k.ent.gz	282.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o2k_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o2k_full_validation.pdf.gz	571.3 KB	表示
XML形式データ	7o2k_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	7o2k_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rc7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kbt-d 5t8a-d 3plc-3 2kyp-d 1ffj-d 6rc7-d 1ijc-d 2cdx-d 1i02-d 1h0j-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 27877

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cytotoxin 2

6.76 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Cytotoxin 2 / CX2 / Toxin CM-7A 分子量: 6756.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / 参照: UniProt: P01445
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D TOCSY
1	3	1	isotropic	2	2D NOESY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY
1	5	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	6	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	7	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC-TOCSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 2 mM cytotoxin 2, 3 mM Cytotoxin 3, 90% H2O/10% D2O
詳細: 3 mM No Cytotoxin 3 from Naja kaouthia, 2 mM No Cytotoxin 2 from Naja kaouthia, 90% H2O/10% D2O
Label: The mixture of CT3 and CT2 Naja kaouthia / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2 mM	cytotoxin 2	natural abundance	1
3 mM	Cytotoxin 3	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 0 mM / Ionic strength err: 0 / Label: Cytotoxins 2 and 3 / pH: 6 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.05 / 温度: 303 K / Temperature err: 1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	800	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA		Guntert P.	精密化
CYANA	1.0.3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA	1.8.4	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	1.8.4	Keller and Wuthrich	peak picking

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 582 NOE constraints, 109 angular constraints, 27 H-bonds, 4 SS-bonds

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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