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- PDB-7o0s: Crystal structure of the N-terminal domain of CEP164(1-109) bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o0s
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of CEP164(1-109) bound to camelid nanobody 36Z
要素
  • Centrosomal protein of 164 kDa
  • Nanobody 36Z
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Centriole Centrosome Basal body Ciliogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary transition fiber / cilium assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition ...ciliary transition fiber / cilium assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / centrosome / extracellular space / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosomal protein of 164 kDa
類似検索 - 構成要素
生物種Camelidae mixed library (哺乳類)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者e Silva, I.R. / van Breugel, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/3 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanisms underlying the role of the centriolar CEP164-TTBK2 complex in ciliopathies.
著者: Rosa E Silva, I. / Bino, L. / Johnson, C.M. / Rutherford, T.J. / Neuhaus, D. / Andreeva, A. / Cajanek, L. / van Breugel, M.
履歴
登録2021年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22022年1月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody 36Z
B: Centrosomal protein of 164 kDa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1772
ポリマ－26,1772
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The nanobody binds the CEP164 N-terminal target through its CDR3 loop, as expected.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.258, 50.558, 119.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.951, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

-
要素

#1: 抗体 Nanobody 36Z


分子量: 13226.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae mixed library (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Centrosomal protein of 164 kDa / Cep164


分子量: 12950.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP164, KIAA1052, NPHP15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UPV0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.18 M tri-ammonium citrate, 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→59.2 Å / Num. obs: 25042 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.658 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1331 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0009精密化
PHENIX1.18_3845精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7O06

7o06


解像度: 1.7→59.2 Å / SU ML: 0.2127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.5332
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 1259 5.04 %
Rwork0.2019 23698 -
obs0.2039 24957 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→59.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1719 0 0 150 1869
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00591803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81282458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0536261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9333252
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.770.44331460.40372606X-RAY DIFFRACTION99.46
1.77-1.850.39341160.32992615X-RAY DIFFRACTION99.49
1.85-1.950.33651380.28582618X-RAY DIFFRACTION99.6
1.95-2.070.32121390.24272614X-RAY DIFFRACTION99.42
2.07-2.230.26451470.20832611X-RAY DIFFRACTION99.67
2.23-2.450.26721340.20922650X-RAY DIFFRACTION99.71
2.45-2.810.26241360.19912630X-RAY DIFFRACTION99.78
2.81-3.530.19281580.18592643X-RAY DIFFRACTION100
3.54-59.20.18271450.15192711X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.526590029561.1765072612-0.8920292360396.37696622188-0.7916408567674.49995655569-0.1141277081720.5370561004870.107982121629-0.5184037232570.0547890019441-0.2542517083320.008622849922610.128625736084-0.006827913486550.2739634799730.04654665189920.0164562055350.413582502997-0.01416032045730.260923069129-13.819381741-3.4320434088-46.400963111
20.578092686839-0.1664851259950.7358413310040.773979873260.5949247437241.649075776930.03315417758520.148341934410.195718149898-0.05595071761480.04529004735590.00971844098931-0.4547392978730.3405749671050.1111666040440.305518925462-0.05713957376190.0261071910850.3519748248530.0002262123763140.329801464004-11.21491355654.69202230112-31.4300286075
32.42196338722-0.3185163845850.3956512798032.62568548649-0.5914206484782.78764421255-0.0403836062823-0.04212784131940.05409210374520.3240889173330.1108630492420.152932615458-0.093013924344-0.4635167942430.0004421875589540.309676565788-0.001104072107590.015195851890.311980776249-0.01161058420790.262451590522-15.4362745733-3.66772944367-12.8049249643
41.75145365042-0.07411759685540.7323749099040.81626449297-0.004268844045951.66616302730.0258285860693-0.149801403657-0.05295797081080.02967307412730.01284773017540.02444053213220.0176945725511-0.085530593421-0.03134717723520.2298579833450.0027411635280.008769726278240.2411359332280.0151054999720.239374313354-10.0383648872-9.43549481373-33.1793190364
53.47697648991-0.3325614011890.4657546859872.79094634637-1.050816563914.865343370570.107995815766-0.155322891496-0.1600908894230.1234032407350.147867328316-0.4028563686850.3485310222470.299270038791-0.05675753231270.2920574560380.0226689319255-0.01053026163120.233560112668-0.005611420639510.392005132512-6.90982796216-11.432459928-11.58773615
65.035449039560.128101685671.829765870852.555357029330.3584294659251.779845141140.106188512029-0.711549996513-0.004820400904610.5828138193020.07236699237880.0948271518634-0.161905013958-0.0330851819980.0585903276680.3199858651450.01705979959440.001348355136360.563319403159-0.01201497103570.254072591701-31.97838021314.53423718224-31.3640329827
71.71764365362-0.242173344756-0.8606271325771.50735406457-0.3796588264216.27463646854-0.1856980991630.3452790788380.03743624903160.02637185890950.2258922883370.100219726092-0.0807754205429-0.44260144414-0.03697365782720.2786234981360.0181377228744-0.008060853435540.4839986131880.02671645202080.252526104133-43.29254729080.504107013447-50.8962470311
81.47072076507-0.3713712327420.4366858447120.668352233354-0.03670570938081.38441358669-0.00666405177951-0.1585330813030.0545141038690.05702256237170.0483991217599-0.123389330896-0.0621480563282-0.1536041900110.05984039758470.2224325522440.003154471513190.003354107822640.2554175947070.0007675803540660.238218995211-27.04333062464.02357924212-37.6132784706
91.948046034330.8946850618950.09429452493882.43650678124-0.5505017726961.10846991327-0.04632569020630.00304078479936-0.0728565510806-0.1659336797920.081659406206-0.03752143598630.1379000119560.074855333133-0.04667303140670.241537371154-0.01156622765920.01412340101350.2149698367860.01189085576880.280316245394-27.0987822577-7.21653936616-43.1413640191
102.33364703276-0.01970170394511.272264924021.076423088190.1210998416742.63865789762-0.1003270944370.4566018611310.0470497239507-0.3219563398310.0690723438256-0.234757739768-0.1279380097870.09636328260530.008757414516290.2750724811160.0254303784610.03350179494020.3067757015610.01949321838070.233783611291-22.6848821141.1243277334-50.6996488895
112.574002124770.2927522345491.787617030841.999585734281.456722331294.68291406304-0.07635168317280.3746888837640.298677973054-0.228551449681-0.08074975334360.0846367138493-0.5454103930320.05111806226320.1385479359820.2899066668380.0126676041146-0.003297878721710.2602660699920.01010778324850.244564540222-26.93964790158.31692042193-43.0140057654
122.563794929970.849148502931-0.06555510913574.15844647077-3.060527080974.199724515250.007920927426250.368069117267-0.0585849892795-0.731799623048-0.0787286894612-0.0305141661070.393131397881-0.0946576318905-0.03324201318720.334741402676-0.03458098185580.01899503684130.369291278746-0.02904648259770.266329138145-36.9318868654-3.93808412417-52.8648449306
131.32825352593-0.2931233580181.004088896980.396578968924-0.09132560432231.51682452562-0.0700583269861-0.147590282120.1777617214080.00738294604645-0.0272039918083-0.0164561065884-0.009356830753410.09537124480440.0001023107216290.2661793385950.00210416988066-0.005029216536140.1951775010630.0005295277569320.261216039007-23.2087408833-1.55124019207-33.1312899497
144.51437776927-0.2098071309992.907856061921.52352163284-0.6575134189284.32663582266-0.112013176487-0.3430724906070.14952660458-0.0870125821132-0.1154169836830.06749989416720.228781297511-0.571697962496-0.03203404757860.274107185116-0.0313722211976-0.004729389624310.3102839300360.01044845856350.207769004531-40.3292084042-3.38155631615-43.2286734916
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 2 through 11 )BB2 - 111 - 10
22chain 'B' and (resid 12 through 25 )BB12 - 2511 - 24
33chain 'B' and (resid 26 through 55 )BB26 - 5525 - 56
44chain 'B' and (resid 56 through 88 )BB56 - 8857 - 89
55chain 'B' and (resid 89 through 105 )BB89 - 10490 - 107
66chain 'A' and (resid 3 through 11 )AA3 - 111 - 9
77chain 'A' and (resid 12 through 19 )AA12 - 1910 - 17
88chain 'A' and (resid 20 through 40 )AA20 - 4018 - 40
99chain 'A' and (resid 41 through 53 )AA41 - 5341 - 53
1010chain 'A' and (resid 54 through 67 )AA54 - 6754 - 71
1111chain 'A' and (resid 68 through 83 )AA68 - 8372 - 87
1212chain 'A' and (resid 84 through 91 )AA84 - 9188 - 95
1313chain 'A' and (resid 92 through 109 )AA92 - 10996 - 113
1414chain 'A' and (resid 110 through 119 )AA110 - 119114 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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