PDB-7o0a: Bdellovibrio bacteriovorus PGI in P1211 spacegroup

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o0a

タイトル

Bdellovibrio bacteriovorus PGI in P1211 spacegroup

要素

Glucose-6-phosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / PGI / phosphoglucose isomerase / GPI / glucose-6-phosphate isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Meek, R.W. / Lovering, A.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Open Biology / 年: 2021
タイトル: Bdellovibrio bacteriovorus phosphoglucose isomerase structures reveal novel rigidity in the active site of a selected subset of enzymes upon substrate binding.
著者: Meek, R.W. / Cadby, I.T. / Lovering, A.L.

履歴

登録	2021年3月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o0a.cif.gz	707.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o0a.ent.gz	578.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o0a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nssSC 7ntgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nss-1 7ntg-1 7o0a-4 7o0a-2 7o0a-3 1zzg-d 2xe4-d 7c66-d 5bpf-1 3ifs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate isomerase

B: Glucose-6-phosphate isomerase

C: Glucose-6-phosphate isomerase

D: Glucose-6-phosphate isomerase

F: Glucose-6-phosphate isomerase

G: Glucose-6-phosphate isomerase

H: Glucose-6-phosphate isomerase

E: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

385 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucose-6-phosphate isomerase

E: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glucose-6-phosphate isomerase

G: Glucose-6-phosphate isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Glucose-6-phosphate isomerase

H: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Glucose-6-phosphate isomerase

F: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.920, 118.100, 138.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.410, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	3 - 405	3 - 405
2	1	LEU	LEU	B	B	3 - 405	3 - 405
1	2	LYS	LYS	A	A	3 - 406	3 - 406
2	2	LYS	LYS	C	C	3 - 406	3 - 406
1	3	LEU	LEU	A	A	3 - 405	3 - 405
2	3	LEU	LEU	D	D	3 - 405	3 - 405
1	4	LEU	LEU	A	A	3 - 405	3 - 405
2	4	LEU	LEU	F	E	3 - 405	3 - 405
1	5	LYS	LYS	A	A	3 - 406	3 - 406
2	5	LYS	LYS	G	F	3 - 406	3 - 406
1	6	LYS	LYS	A	A	3 - 406	3 - 406
2	6	LYS	LYS	H	G	3 - 406	3 - 406
1	7	LEU	LEU	A	A	3 - 405	3 - 405
2	7	LEU	LEU	E	H	3 - 405	3 - 405
1	8	LEU	LEU	B	B	3 - 405	3 - 405
2	8	LEU	LEU	C	C	3 - 405	3 - 405
1	9	LYS	LYS	B	B	3 - 407	3 - 407
2	9	LYS	LYS	D	D	3 - 407	3 - 407
1	10	LYS	LYS	B	B	3 - 407	3 - 407
2	10	LYS	LYS	F	E	3 - 407	3 - 407
1	11	LEU	LEU	B	B	3 - 405	3 - 405
2	11	LEU	LEU	G	F	3 - 405	3 - 405
1	12	LEU	LEU	B	B	3 - 405	3 - 405
2	12	LEU	LEU	H	G	3 - 405	3 - 405
1	13	LYS	LYS	B	B	3 - 407	3 - 407
2	13	LYS	LYS	E	H	3 - 407	3 - 407
1	14	LEU	LEU	C	C	3 - 405	3 - 405
2	14	LEU	LEU	D	D	3 - 405	3 - 405
1	15	LEU	LEU	C	C	3 - 405	3 - 405
2	15	LEU	LEU	F	E	3 - 405	3 - 405
1	16	LYS	LYS	C	C	3 - 406	3 - 406
2	16	LYS	LYS	G	F	3 - 406	3 - 406
1	17	LYS	LYS	C	C	3 - 406	3 - 406
2	17	LYS	LYS	H	G	3 - 406	3 - 406
1	18	LEU	LEU	C	C	3 - 405	3 - 405
2	18	LEU	LEU	E	H	3 - 405	3 - 405
1	19	LYS	LYS	D	D	3 - 407	3 - 407
2	19	LYS	LYS	F	E	3 - 407	3 - 407
1	20	LEU	LEU	D	D	3 - 405	3 - 405
2	20	LEU	LEU	G	F	3 - 405	3 - 405
1	21	LEU	LEU	D	D	3 - 405	3 - 405
2	21	LEU	LEU	H	G	3 - 405	3 - 405
1	22	LYS	LYS	D	D	3 - 407	3 - 407
2	22	LYS	LYS	E	H	3 - 407	3 - 407
1	23	LEU	LEU	F	E	3 - 405	3 - 405
2	23	LEU	LEU	G	F	3 - 405	3 - 405
1	24	LEU	LEU	F	E	3 - 405	3 - 405
2	24	LEU	LEU	H	G	3 - 405	3 - 405
1	25	LYS	LYS	F	E	3 - 407	3 - 407
2	25	LYS	LYS	E	H	3 - 407	3 - 407
1	26	LYS	LYS	G	F	3 - 406	3 - 406
2	26	LYS	LYS	H	G	3 - 406	3 - 406
1	27	LEU	LEU	G	F	3 - 405	3 - 405
2	27	LEU	LEU	E	H	3 - 405	3 - 405
1	28	LEU	LEU	H	G	3 - 405	3 - 405
2	28	LEU	LEU	E	H	3 - 405	3 - 405

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Glucose-6-phosphate isomerase 分子量: 48055.336 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア) 株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: pgi, Bd0741 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MPU9, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.2 M ammonium acetate 0.1 M sodium acetate pH4.0 15% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→59.54 Å / Num. obs: 395364 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.982 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / R_merge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 29299 / CC_1/2: 0.615 / R_pim(I) all: 0.495 / R_rim(I) all: 0.788

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NSS

7nss

解像度: 1.74→59.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2528	20056	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2223	-	-	-
obs	0.2238	375276	98.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.85 Å² / B_iso mean: 21.168 Å² / B_iso min: 4.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	-1.37 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.74→59.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25476	0	24	3254	28754
B_iso mean	-	-	30.73	30.93	-
残基数	-	-	-	-	3236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	26617
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	25984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.341	1.633	35974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.243	1.578	60027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.214	5	3380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.796	22.947	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.402	15	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.101	15	145
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	3409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	29940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	5938

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13626	0.06
1	2	B	13626	0.06
2	1	A	13685	0.05
2	2	C	13685	0.05
3	1	A	13588	0.06
3	2	D	13588	0.06
4	1	A	13567	0.06
4	2	F	13567	0.06
5	1	A	13610	0.06
5	2	G	13610	0.06
6	1	A	13623	0.06
6	2	H	13623	0.06
7	1	A	13527	0.06
7	2	E	13527	0.06
8	1	B	13866	0.05
8	2	C	13866	0.05
9	1	B	13869	0.06
9	2	D	13869	0.06
10	1	B	13879	0.06
10	2	F	13879	0.06
11	1	B	13834	0.05
11	2	G	13834	0.05
12	1	B	13829	0.06
12	2	H	13829	0.06
13	1	B	13855	0.06
13	2	E	13855	0.06
14	1	C	13787	0.05
14	2	D	13787	0.05
15	1	C	13728	0.06
15	2	F	13728	0.06
16	1	C	13739	0.06
16	2	G	13739	0.06
17	1	C	13733	0.06
17	2	H	13733	0.06
18	1	C	13691	0.06
18	2	E	13691	0.06
19	1	D	13860	0.06
19	2	F	13860	0.06
20	1	D	13785	0.05
20	2	G	13785	0.05
21	1	D	13789	0.05
21	2	H	13789	0.05
22	1	D	13816	0.05
22	2	E	13816	0.05
23	1	F	13616	0.05
23	2	G	13616	0.05
24	1	F	13633	0.06
24	2	H	13633	0.06
25	1	F	13682	0.05
25	2	E	13682	0.05
26	1	G	13803	0.05
26	2	H	13803	0.05
27	1	G	13768	0.05
27	2	E	13768	0.05
28	1	H	13728	0.06
28	2	E	13728	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.74→1.785 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	1463	-
R_work	0.295	27786	-
all	-	29249	-
obs	-	-	98.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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