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万見
- PDB-7nys: monomeric acetyl-CoA synthase in closed conformation with carbon ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nys
タイトルmonomeric acetyl-CoA synthase in closed conformation with carbon monoxide bound to the Ni proximal of cluster A
要素CO-methylating acetyl-CoA synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / carbon monoxide / nickel / acetogenesis / cluster A / ACS / metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / acetyl-CoA metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Prismane-like, alpha/beta-sandwich ...Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-UW8 / $l^{3}-oxidanylidynemethylnickel / CO-methylating acetyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kreibich, J. / Jeoung, J.H. / Dobbek, H.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DO785/5-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2008 - 390540038 - UniSysCat ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ligand binding at the Ni,Ni-[4Fe-4S] cluster of acetyl-CoA synthase
著者: Kreibich, J. / Jeoung, J.H. / Dobbek, H.
履歴
登録2021年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CO-methylating acetyl-CoA synthase
B: CO-methylating acetyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,36719
ポリマ－164,8552
非ポリマー2,51217
水28,1931565
1
A: CO-methylating acetyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9956
ポリマ－82,4281
非ポリマー5685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CO-methylating acetyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,37113
ポリマ－82,4281
非ポリマー1,94412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.276, 99.200, 238.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 264 or resid 266...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 5 through 264 or resid 266...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILEVALA1 - 260
d_12ens_1THRGLUA263 - 331
d_13ens_1ILEGLUA333 - 397
d_14ens_1PHEILEA400 - 532
d_15ens_1TRPHISA535 - 620
d_16ens_1GLYLEUA623 - 732
d_17ens_1SF4SF4B
d_18ens_15CZ5CZC
d_21ens_1ILEVALH2 - 261
d_22ens_1THRGLUH263 - 331
d_23ens_1ILEGLUH334 - 398
d_24ens_1PHEILEH401 - 533
d_25ens_1TRPHISH535 - 620
d_26ens_1GLYLEUH622 - 731
d_27ens_1SF4SF4I
d_28ens_15CZ5CZJ

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.90630363928, -0.414257580658, -0.0836921160914), (-0.41211652927, 0.910151816827, -0.0422331224303), (0.0936679226363, -0.00378512814592, -0.995596300251) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.90630363928, -0.414257580658, -0.0836921160914), (-0.41211652927, 0.910151816827, -0.0422331224303), (0.0936679226363, -0.00378512814592, -0.995596300251)
ベクター: -34.8591690211, -6.29572670707, 95.7379570712)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CO-methylating acetyl-CoA synthase


分子量: 82427.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
遺伝子: acsB, CHY_1222 / プラスミド: pQE30
詳細 (発現宿主): modified vector with twin-strep-tag and TEV cleavage site
発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ACS4, CO-methylating acetyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 8種, 1582分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-UWE / $l^{3}-oxidanylidynemethylnickel


分子量: 86.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNiO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-UW8 / 2-[3,8,8,12,12-pentakis(2-hydroxy-2-oxoethyl)-2,7,11-tris(oxidanylidene)-1,4,6,9,10,13-hexaoxa-5$l^{6}-titanaspiro[4.4^{5}.4^{5}]tridecan-3-yl]ethanoic acid


分子量: 618.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18O21Ti
#7: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium malonate pH 6, 20% w/v PEG 3350, 5 mM Ti(III)citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.56 Å / Num. obs: 112519 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7917 / CC1/2: 0.574 / Rpim(I) all: 0.629 / Rrim(I) all: 0.889 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.18.2_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RU3

1ru3


解像度: 2→48.56 Å / SU ML: 0.2273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2249
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 1927 2.01 %
Rwork0.1842 93993 -
obs0.185 95920 84.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11525 0 122 1565 13212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008411960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97716213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05761749
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.46784507
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.854103675391 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.2873400.24721940X-RAY DIFFRACTION24.86
2.05-2.110.3727570.25222803X-RAY DIFFRACTION35.64
2.11-2.170.3213840.24184061X-RAY DIFFRACTION51.7
2.17-2.240.27891290.23746288X-RAY DIFFRACTION80.28
2.24-2.320.26191560.23177665X-RAY DIFFRACTION97.47
2.32-2.410.26071610.21247859X-RAY DIFFRACTION99.6
2.41-2.520.26771620.20027847X-RAY DIFFRACTION99.42
2.52-2.650.23171600.19757827X-RAY DIFFRACTION99.28
2.65-2.820.22471610.19437853X-RAY DIFFRACTION98.88
2.82-3.040.25831620.20117892X-RAY DIFFRACTION99.7
3.04-3.340.23231620.19147912X-RAY DIFFRACTION99.3
3.34-3.830.19911620.16527927X-RAY DIFFRACTION98.96
3.83-4.820.16811620.14067904X-RAY DIFFRACTION98.23
4.82-48.560.1891690.16888215X-RAY DIFFRACTION97.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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