[日本語] English
万見
- PDB-7nyo: Mutant A541L of SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nyo
タイトルMutant A541L of SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
要素SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain of JNK-interacting protein 1 (JIP1)
機能・相同性
機能・相同性情報


dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of JNK cascade / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway ...dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of JNK cascade / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / dendritic growth cone / kinesin binding / axonal growth cone / vesicle-mediated transport / JNK cascade / positive regulation of JNK cascade / mitochondrial membrane / neuronal cell body / synapse / endoplasmic reticulum membrane / regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
JIP1, SH3 domain / : / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...JIP1, SH3 domain / : / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Perez, L.M. / Ielasi, F.S. / Palencia, A. / Jensen, M.R.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)RC18114CC フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)MAPKAssembly フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing protein breathing motions associated with aromatic ring flipping.
著者: Marino Perez, L. / Ielasi, F.S. / Bessa, L.M. / Maurin, D. / Kragelj, J. / Blackledge, M. / Salvi, N. / Bouvignies, G. / Palencia, A. / Jensen, M.R.
履歴
登録2021年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
BBB: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
CCC: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
DDD: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0159
ポリマ－30,2744
非ポリマー7415
水9,458525
1
AAA: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
BBB: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6215
ポリマ－15,1372
非ポリマー4853
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7410 Å2
手法PISA
2
CCC: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
DDD: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3934
ポリマ－15,1372
非ポリマー2562
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.093, 67.104, 59.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.701, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11DDD-601-

EDO

21BBB-941-

HOH

31CCC-725-

HOH

41DDD-819-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1) / JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / ...JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1 / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1


分子量: 7568.447 Da / 分子数: 4 / 変異: A541L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GHM belongs to expression vector pET28a / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8IP1, IB1, JIP1, PRKM8IP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQF2, phosphoinositide 5-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 % / 解説: 3D needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1-5 % PEG 400 and 2-2.5 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月30日
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→47.418 Å / Num. obs: 41884 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2095 / CC1/2: 0.74

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.0.078精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NYK

7nyk


解像度: 1.4→47.418 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 5.389 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 2116 5.071 %
Rwork0.1923 39612 -
all0.197 --
obs-41728 70.412 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.592 Å20 Å20.556 Å2
2---0.402 Å20 Å2
3----0.956 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.418 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2013 0 48 525 2586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0171920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.662948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3151.5694434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.55247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.67821.688154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.03515334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3661521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2780.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2210.21939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.2983
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2660.2340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1350.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2310.227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2510.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2311.982967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.231.979966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9072.9571209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9052.9611210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8862.4021204
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8842.4021205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7873.4691735
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7853.4691736
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.57628.9232679
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.80526.6252501
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.21234091
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.4360.08820.32388X-RAY DIFFRACTION20.69
1.436-1.4760.347360.281643X-RAY DIFFRACTION16.0104
1.476-1.5180.329930.2541533X-RAY DIFFRACTION39.0302
1.518-1.5650.2631190.2021995X-RAY DIFFRACTION52.7708
1.565-1.6160.2611130.1652250X-RAY DIFFRACTION60.6831
1.616-1.6730.2781220.162468X-RAY DIFFRACTION68.7915
1.673-1.7360.2321500.1522561X-RAY DIFFRACTION74.7038
1.736-1.8070.2691640.1662668X-RAY DIFFRACTION80.5003
1.807-1.8870.3071310.2222787X-RAY DIFFRACTION86.639
1.887-1.9790.4981440.3252865X-RAY DIFFRACTION93.5053
1.979-2.0860.2651450.2172895X-RAY DIFFRACTION99.2815
2.086-2.2120.2811460.2132672X-RAY DIFFRACTION97.61
2.212-2.3650.3871290.2552490X-RAY DIFFRACTION96.2514
2.365-2.5540.2451180.1562413X-RAY DIFFRACTION99.216
2.554-2.7970.2491160.1772224X-RAY DIFFRACTION99.5745
2.797-3.1260.268920.1742002X-RAY DIFFRACTION99.1477
3.126-3.6070.2771010.1571741X-RAY DIFFRACTION98.6609
3.607-4.4120.231940.151479X-RAY DIFFRACTION98.8686
4.412-6.2160.177630.1621177X-RAY DIFFRACTION99.5185

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る