PDB-7nxl: Structure of human cathepsin K in complex with the acrylamide inh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nxl

タイトル

Structure of human cathepsin K in complex with the acrylamide inhibitor Gu3110

要素

Cathepsin K

キーワード

HYDROLASE / Complex / activity-based probe / acrylamide inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

cathepsin K / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / thyroid hormone generation / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Busa, M. / Benysek, J. / Lemke, C. / Gutschow, M. / Mares, M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: An Activity-Based Probe for Cathepsin K Imaging with Excellent Potency and Selectivity.
著者: Lemke, C. / Benysek, J. / Brajtenbach, D. / Breuer, C. / Jilkova, A. / Horn, M. / Busa, M. / Ulrychova, L. / Illies, A. / Kubatzky, K.F. / Bartz, U. / Mares, M. / Gutschow, M.

履歴

登録	2021年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年10月13日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Non-polymer description カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _atom_site.calc_flag / _chem_comp.formula ..._atom_site.calc_flag / _chem_comp.formula / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nxl.cif.gz	101.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nxl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nxmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nlj-2 3bc3-2 5qc3-2 5mqy-d 4dmy-2 4axm-3 4bqv-7 3h89-4 3h8c-2 2yj9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (13) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
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#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
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PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
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ペプシン (Pepsin)
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ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
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クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
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カスパーゼ (Caspases)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
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主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Cathepsin K

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.366, 71.819, 80.771
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Cathepsin K / Cathepsin O / Cathepsin O2 / Cathepsin X 分子量: 23680.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSK, CTSO, CTSO2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P43235, cathepsin K
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-UUK / tert-butyl (1-((4-(dibenzylamino)-4-oxobutyl)amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl)carbamate / ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S})-1-[[4-[bis(phenylmethyl)amino]-4-oxidanylidene-butyl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]carbamate / acrylamide inhibitor Gu3110 分子量: 495.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₁N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.1 % / 解説: Orthorhombic crystals
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Composition of reservoir solution was 0.1 M MES/imidazole buffer, containing: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD 0.03 M of each NPS (a mix containing sodium nitrate, ...詳細: Composition of reservoir solution was 0.1 M MES/imidazole buffer, containing: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD 0.03 M of each NPS (a mix containing sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate and ammonium sulfate) additives, pH 6.5. Morpheus C4 condition

結晶

マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.1 % / 解説: Orthorhombic crystals

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Composition of reservoir solution was 0.1 M MES/imidazole buffer, containing: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD 0.03 M of each NPS (a mix containing sodium nitrate, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月8日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→40.39 Å / Num. obs: 19606 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.093 / R_rim(I) all: 0.168 / Χ²: 1 / Net I/av σ(I): 8.89 / Net I/σ(I): 20.94
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.495 / Num. unique obs: 977 / CC_1/2: 0.469 / R_pim(I) all: 0.941 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292114281

解像度: 1.8→35.226 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.323 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2094	910	5.041 %	RANDOM
R_work	0.1746	17141	-	-
all	0.176	-	-	-
obs	0.1764	18051	99.575 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.293 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.258 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.408 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1652	0	41	171	1864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.656	1.642	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.386	1.59	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.132	5	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.682	22.903	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.995	15	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	9.873	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.861	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	430
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	871
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	775
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.964	2.176	871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.941	2.174	870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.778	3.253	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.786	3.254	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.891	2.618	886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.89	2.622	887
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.37	3.785	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.368	3.787	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.682	26.754	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.681	26.76	2041

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.331	64	0.311	1177	X-RAY DIFFRACTION	95.9042
1.847-1.897	0.279	61	0.277	1226	X-RAY DIFFRACTION	99.9224
1.897-1.952	0.312	60	0.248	1172	X-RAY DIFFRACTION	100
1.952-2.013	0.263	78	0.229	1155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.013-2.078	0.247	53	0.218	1117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.078-2.151	0.203	48	0.197	1095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.233	0.235	51	0.186	1038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.233-2.324	0.195	58	0.168	1027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.324-2.427	0.208	43	0.157	970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.545	0.168	54	0.157	926	X-RAY DIFFRACTION	99.8981
2.545-2.683	0.197	51	0.161	893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.845	0.183	43	0.158	830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-3.041	0.198	31	0.152	811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.041-3.285	0.264	41	0.17	747	X-RAY DIFFRACTION	99.4949
3.285-3.598	0.215	38	0.159	698	X-RAY DIFFRACTION	99.8643
3.598-4.021	0.137	32	0.133	620	X-RAY DIFFRACTION	98.9378
4.021-4.641	0.094	24	0.123	561	X-RAY DIFFRACTION	99.8294
4.641-5.68	0.22	39	0.165	466	X-RAY DIFFRACTION	100
5.68-8.013	0.203	27	0.183	387	X-RAY DIFFRACTION	100
8.013-35.226	0.246	14	0.168	225	X-RAY DIFFRACTION	96.371

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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