PDB-7nxb: Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 P....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nxb

タイトル

Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 P.1 variant Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and EY6A Fabs

要素

(COVOX-222 Fab ...) x 2
EY6A Fab heavy chain
EY6A Fab light chain
Spike protein S1

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant / B.1.351 variant / P.1 variant / antibody / receptor-binding-domain / spike / neutralisation / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.

資金援助

英国,

中国, 2件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Antibody evasion by the P.1 strain of SARS-CoV-2.
著者: Dejnirattisai, W. / Zhou, D. / Supasa, P. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Wang, B. / Lopez-Camacho, C. / Slon-Campos, ...

履歴

登録	2021年3月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年6月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7nxb.ent.gz	351.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nxb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nxb_validation.pdf.gz	519.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nxb_full_validation.pdf.gz	534.5 KB	表示
XML形式データ	7nxb_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	7nxb_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nx6SC 7nx7C 7nx8C 7nx9C 7nxaC 7nxcC 7bxc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nx7-d 7nx8-d 4aze-d 3isf-d 5ngy-1 3elp-d 1iqc-d 2j9o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (2)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
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SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

H: EY6A Fab heavy chain

L: EY6A Fab light chain

E: Spike protein S1

A: COVOX-222 Fab heavy chain

B: COVOX-222 Fab light chain

ヘテロ分子

120 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.703, 122.815, 212.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
抗体 , 4種, 4分子 HLAB

#1: 抗体	EY6A Fab heavy chain 分子量: 24346.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	EY6A Fab light chain 分子量: 23315.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体	COVOX-222 Fab heavy chain 分子量: 23461.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体	COVOX-222 Fab light chain 分子量: 23327.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E

#3: タンパク質

Spike protein S1

分子量: 23171.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

#8: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 96分子

#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.15 M Lithium sulfate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v PEG 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→81 Å / Num. obs: 41725 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / B_iso Wilson estimate: 72.47 Å² / CC_1/2: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.365 / R_pim(I) all: 0.72 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.67→2.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2024 / CC_1/2: 0.344

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
GDA	1.19_4092	データ収集
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NX6

7nx6

解像度: 2.67→80.3 Å / SU ML: 0.5062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4034
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	2103	5.05 %
R_work	0.2126	39536	-
obs	0.2143	41639	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.67→80.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8009	0	108	78	8195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	8302
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4824	11302
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0412	1248
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	1438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.9554	2932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.67-2.73	0.4044	132	0.3901	2594	X-RAY DIFFRACTION	98.13
2.73-2.8	0.3951	139	0.366	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.8-2.88	0.3611	144	0.3462	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.88-2.96	0.3323	151	0.3147	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.06	0.3472	133	0.284	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.06-3.16	0.313	154	0.2647	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.29	0.2874	139	0.2483	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.44	0.2949	143	0.2558	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.44-3.62	0.2675	142	0.2181	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.85	0.2294	149	0.1965	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-4.15	0.1875	145	0.18	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.56	0.2133	128	0.1562	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-5.22	0.1859	131	0.1595	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
5.22-6.58	0.253	132	0.1996	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
6.58-80.3	0.2135	141	0.2046	2864	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.72250978521	0.868205366673	-4.02126734825	3.15394789749	1.52522036054	4.69673316321	1.17417232776	-1.05328999525	1.50408106559	0.0379047410136	0.256773418071	-0.577376509807	-1.0300107961	1.51498239459	-0.975628515742	1.04336733415	-0.277519019026	0.110231842241	1.0600845941	-0.281021291176	1.13955374455	30.1435994881	-18.1764129475	-13.8196502713
2	3.14734493798	-1.30096919708	-3.03866078248	4.22463601722	-0.577665561723	3.67329935771	0.143897452888	-0.322279696941	1.77894034723	-1.32079304779	0.371107348186	-0.349519718599	-0.464014400457	0.837357243515	0.0941312770956	1.32577732858	-0.167413205261	0.155605436125	1.12365533533	0.291868785979	1.67990181555	16.692509278	11.8997541277	-13.7130484513
3	7.51447769767	-3.56053316714	-0.136609513878	2.94272454416	1.93221476049	5.91844406938	-0.560257785594	-1.90771671048	1.13183353213	-0.23982774548	0.424753773853	0.82394303274	-1.27279164855	0.164803579171	-0.063738610628	1.56202602624	0.0718092208335	0.530349328942	0.992218793639	0.0776214495659	1.58561637982	11.8240351389	8.47274491814	-12.4058453703
4	8.98620008756	-1.87037605941	1.64800511245	4.07520716111	-0.883494871997	5.64419996756	-1.36650681789	-0.818668375095	-0.530350149131	-0.13796504179	-0.888218516392	-1.01643881693	0.370279917512	1.05553125036	0.703210788169	1.61209824399	-0.285922403892	1.2948212345	0.94739385556	0.0237791708783	2.6010521653	16.1553445456	18.5852502854	-6.06809445604
5	6.4833555521	-1.12257353323	-2.50063553372	1.71481648572	2.61922640206	4.71448336302	0.100816117834	-0.41255359053	0.424421598878	0.481922180958	0.276777845945	0.292098137308	-0.376487996795	-0.533896721353	-0.265068604179	0.972901671386	0.106569581843	0.170072625936	0.57575070487	0.0425824663614	0.640897407351	8.49727910055	-21.4047334862	-8.33078650217
6	6.15446913236	1.8598161324	1.60968345389	3.68860857109	-0.377747208469	1.28013299448	-0.82265542715	0.248795533915	1.28868636604	-0.230857397579	0.608930642782	0.140850589934	0.21227505772	0.0892470543764	-0.0242487868612	1.47849203466	0.101571711644	0.359838276826	0.923550963759	0.278973157182	1.6021585243	1.01295097653	11.3615746979	-19.0088068466
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'H' and (resid 2 through 117 )	H	A	2 - 117	1 - 116
2	2	chain 'H' and (resid 118 through 165 )	H	A	118 - 165	117 - 158
3	3	chain 'H' and (resid 166 through 192 )	H	A	166 - 192	159 - 185
4	4	chain 'H' and (resid 193 through 221 )	H	A	193 - 221	186 - 214
5	5	chain 'L' and (resid 1 through 114 )	L	B	1 - 114	1 - 114
6	6	chain 'L' and (resid 115 through 213)	L	B	115 - 213	115 - 213
7	7	chain 'E' and (resid 334 through 364 )	E	C	334 - 364	1 - 31
8	8	chain 'E' and (resid 365 through 375 )	E	C	365 - 375	32 - 42
9	9	chain 'E' and (resid 376 through 459 )	E	C	376 - 459	43 - 126
10	10	chain 'E' and (resid 460 through 494 )	E	C	460 - 494	127 - 161
11	11	chain 'E' and (resid 495 through 526 )	E	C	495 - 526	162 - 193
12	12	chain 'A' and (resid 1 through 17 )	A	F	1 - 17	1 - 17
13	13	chain 'A' and (resid 18 through 125 )	A	F	18 - 125	18 - 125
14	14	chain 'A' and (resid 126 through 222 )	A	F	126 - 222	126 - 217
15	15	chain 'B' and (resid 1 through 30 )	B	I	1 - 30	1 - 30
16	16	chain 'B' and (resid 31 through 50 )	B	I	31 - 50	31 - 50
17	17	chain 'B' and (resid 51 through 62 )	B	I	51 - 62	51 - 62
18	18	chain 'B' and (resid 63 through 76 )	B	I	63 - 76	63 - 76
19	19	chain 'B' and (resid 77 through 98 )	B	I	77 - 98	77 - 98
20	20	chain 'B' and (resid 99 through 121 )	B	I	99 - 121	99 - 121
21	21	chain 'B' and (resid 122 through 150 )	B	I	122 - 150	122 - 150
22	22	chain 'B' and (resid 151 through 163 )	B	I	151 - 163	151 - 163
23	23	chain 'B' and (resid 164 through 198 )	B	I	164 - 198	164 - 198
24	24	chain 'B' and (resid 199 through 213 )	B	I	199 - 213	199 - 213

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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