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- PDB-7nx6: Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nx6
タイトルCrystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-222 and EY6A Fabs
要素
  • (COVOX-222 Fab ...) x 2
  • EY6A Fab heavy chain
  • EY6A Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant / B.1.351 variant / P.1 variant / antibody / receptor-binding-domain / spike / neutralisation / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.
資金援助 英国, 中国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 中国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Antibody evasion by the P.1 strain of SARS-CoV-2.
著者: Dejnirattisai, W. / Zhou, D. / Supasa, P. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Wang, B. / Lopez-Camacho, C. / Slon-Campos, ...著者: Dejnirattisai, W. / Zhou, D. / Supasa, P. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Wang, B. / Lopez-Camacho, C. / Slon-Campos, J. / Walter, T.S. / Skelly, D. / Costa Clemens, S.A. / Naveca, F.G. / Nascimento, V. / Nascimento, F. / Fernandes da Costa, C. / Resende, P.C. / Pauvolid-Correa, A. / Siqueira, M.M. / Dold, C. / Levin, R. / Dong, T. / Pollard, A.J. / Knight, J.C. / Crook, D. / Lambe, T. / Clutterbuck, E. / Bibi, S. / Flaxman, A. / Bittaye, M. / Belij-Rammerstorfer, S. / Gilbert, S.C. / Carroll, M.W. / Klenerman, P. / Barnes, E. / Dunachie, S.J. / Paterson, N.G. / Williams, M.A. / Hall, D.R. / Hulswit, R.J.G. / Bowden, T.A. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Antibody evasion by the Brazilian P.1 strain of SARS-CoV-2
著者: Dejnirattisai, W. / Zhou, D. / Supasa, P. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Wang, B. / Paesen, G.C. / Lopez-Camacho, C. / ...著者: Dejnirattisai, W. / Zhou, D. / Supasa, P. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M. / Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Wang, B. / Paesen, G.C. / Lopez-Camacho, C. / Slon-Campos, J. / Walter, T.S. / Skelly, D. / Clemens, S.A.C. / Naveca, F.G. / Nascimento, V. / Nascimento, F. / Dold, C. / Levin, R. / Dong, T. / Pollard, A.J. / Knight, J.C. / Crook, D. / Lambe, T. / Clutterbuck, E. / Bibi, S. / Flaxman, A. / Bittaye, M. / Belij-Rammerstorfer, S. / Gilbert, S. / Carroll, M.W. / Klenerman, P. / Barnes, E. / Dunachie, S.J. / Paterson, N.G. / Williams, M.A. / Hall, D.R. / Hulswit, R.J.G. / Bowden, T.A. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: EY6A Fab heavy chain
L: EY6A Fab light chain
E: Spike protein S1
A: COVOX-222 Fab Heavy chain
B: COVOX-222 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,30826
ポリマ－117,6025
非ポリマー1,70621
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14670 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area44150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.391, 120.146, 211.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 HLAB

#1: 抗体 EY6A Fab heavy chain


分子量: 24346.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 EY6A Fab light chain


分子量: 23315.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 COVOX-222 Fab Heavy chain


分子量: 23461.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 COVOX-222 Fab light chain


分子量: 23327.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E

#3: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 23150.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 311分子

#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M Lithium sulfate, 0.1 M Citric acid pH 3.5, 18% w/v PEG 6,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→120 Å / Num. obs: 66793 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 34.8 % / Biso Wilson estimate: 45.88 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.438 / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 17.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 3140 / CC1/2: 0.32 / Rpim(I) all: 0.77 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA1.19_4092データ収集
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZCZ

6zcz


解像度: 2.25→105.85 Å / SU ML: 0.3557 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.2733
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 3310 5.09 %
Rwork0.2073 61668 -
obs0.2093 64978 97.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→105.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8007 0 89 291 8387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00198278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.519511267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04211246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.35582934
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.280.369900.37151515X-RAY DIFFRACTION58.47
2.28-2.320.38771410.34812132X-RAY DIFFRACTION83.47
2.32-2.350.35891230.342392X-RAY DIFFRACTION90.53
2.35-2.390.40871310.33552507X-RAY DIFFRACTION97.45
2.39-2.430.3411310.31462619X-RAY DIFFRACTION99.96
2.43-2.480.30631220.29362655X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.520.31621620.28162561X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.580.28141320.25952644X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.630.33531290.25132611X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.690.2771480.24712617X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.760.29691370.24642619X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.830.3091580.23642616X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.920.29181330.23292622X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.010.27991370.22462665X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.120.24521660.21152599X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.250.25091410.21222641X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.390.27311310.20482659X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.570.26071330.19572661X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.80.24651500.18882634X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.090.2341490.17422659X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.50.18651380.15532710X-RAY DIFFRACTION100
4.5-5.150.20061480.15622682X-RAY DIFFRACTION100
5.15-6.490.19721370.17842751X-RAY DIFFRACTION99.97
6.49-105.850.20631430.20232897X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.78105423666-0.671050826446-0.3836221368654.14971232195-0.6626756180842.855394236930.3637038180670.3117269702720.64460609596-0.161612737871-0.161332630027-0.280684908498-0.4837216141040.359629213851-0.1216609596450.434608084333-0.06251924849280.1049775937890.4072004740590.04493585664110.49447598566530.8452616698-16.7021848254-13.8838435385
28.39274556318-0.180295988531-1.739361325420.199969678658-0.4300805478851.56723811484-0.224598628049-1.491315384110.60927112985-0.9563714388720.515172798671-1.09021711375-1.064490236561.01355835804-0.3765975555971.32191213264-0.272236925280.5787459380590.915282089979-0.2449874814311.4747829866121.099379667910.9999392325-1.63223055331
34.79177002758-2.86817401133-0.5273159851366.560247183833.534940899076.145795476290.5992891258810.5875569121460.115853568235-0.617936807667-0.4714901124460.363315748086-0.955999939694-1.03795294582-0.1281985190120.4904827920270.1071323710480.06437170462820.4875790585110.1396822656060.3669389584533.92854152307-20.0386482898-11.5336796152
46.94149104484-2.13191232321-2.052902451376.869848536623.882863243196.997047115090.161507791230.486302231811-0.454204302560.163715042781-0.2219489138880.6396024194140.299575211928-0.470979039376-0.1005147573240.2753497025620.01496063137720.002150182716220.3218197617650.003543213348550.27072720416413.2338572505-27.1986294761-12.6587921748
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1414chain 'E' and (resid 394 through 479 )EC394 - 47961 - 146
1515chain 'E' and (resid 480 through 526 )EC480 - 526147 - 193
1616chain 'A' and (resid 1 through 125 )AF1 - 1251 - 125
1717chain 'A' and (resid 126 through 220 )AF126 - 220126 - 214
1818chain 'B' and (resid 1 through 18 )BG1 - 181 - 18
1919chain 'B' and (resid 19 through 76 )BG19 - 7619 - 76
2020chain 'B' and (resid 77 through 98 )BG77 - 9877 - 98
2121chain 'B' and (resid 99 through 121 )BG99 - 12199 - 121
2222chain 'B' and (resid 122 through 150 )BG122 - 150122 - 150
2323chain 'B' and (resid 151 through 163 )BG151 - 163151 - 163
2424chain 'B' and (resid 164 through 174 )BG164 - 174164 - 174
2525chain 'B' and (resid 175 through 198 )BG175 - 198175 - 198
2626chain 'B' and (resid 199 through 213 )BG199 - 213199 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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