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- PDB-7nvi: 14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 and covalently bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nvi
タイトル14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 and covalently bound TCF521-186
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Transcription factor p65
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / benzaldehyde / covalent fragment / p65 / 1433 / RelA
機能・相同性
機能・相同性情報


acetaldehyde metabolic process / prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR / ankyrin repeat binding / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 ...acetaldehyde metabolic process / prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR / ankyrin repeat binding / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / SUMOylation of immune response proteins / CLEC7A/inflammasome pathway / negative regulation of protein sumoylation / defense response to tumor cell / postsynapse to nucleus signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / cellular response to interleukin-6 / Interleukin-1 processing / actinin binding / cellular response to angiotensin / response to UV-B / NF-kappaB complex / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / Regulation of NFE2L2 gene expression / interleukin-1-mediated signaling pathway / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of miRNA metabolic process / response to cobalamin / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / non-canonical NF-kappaB signal transduction / phosphate ion binding / cellular response to lipoteichoic acid / TRAF6 mediated NF-kB activation / response to muramyl dipeptide / The NLRP3 inflammasome / Regulation of localization of FOXO transcription factors / general transcription initiation factor binding / keratinocyte proliferation / Transcriptional Regulation by VENTX / NF-kappaB binding / hair follicle development / phosphoserine residue binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / neuropeptide signaling pathway / canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / response to amino acid / cellular response to interleukin-1 / establishment of skin barrier / cellular defense response / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / response to cAMP / protein kinase A signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein sequestering activity / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / negative regulation of innate immune response / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / protein export from nucleus / NF-kB is activated and signals survival / CD209 (DC-SIGN) signaling / response to interleukin-1 / negative regulation of angiogenesis / : / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of miRNA transcription / liver development / positive regulation of interleukin-1 beta production / stem cell proliferation / response to cytokine / positive regulation of interleukin-8 production / response to ischemia / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / response to progesterone / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Activation of NF-kappaB in B cells / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. ...Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-USW / 14-3-3 protein sigma / Transcription factor p65
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Wolter, M. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission675179European Union
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: An Exploration of Chemical Properties Required for Cooperative Stabilization of the 14-3-3 Interaction with NF-kappa B-Utilizing a Reversible Covalent Tethering Approach.
著者: Wolter, M. / Valenti, D. / Cossar, P.J. / Hristeva, S. / Levy, L.M. / Genski, T. / Hoffmann, T. / Brunsveld, L. / Tzalis, D. / Ottmann, C.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcription factor p65
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5107
ポリマ－27,9712
非ポリマー5395
水4,774265
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcription factor p65
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Transcription factor p65
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,02114
ポリマ－55,9434
非ポリマー1,07810
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area21620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.233, 112.401, 62.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

MG

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Transcription factor p65 / Nuclear factor NF-kappa-B p65 subunit / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 3


分子量: 1412.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: the sequence follows an alternative sequencing (ID: CAA80524)
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q04206

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非ポリマー , 5種, 270分子

#3: 化合物 ChemComp-USW / 4-[(7-chloranyl-2,3-dihydro-1,4-benzoxazin-4-yl)sulfonyl]benzaldehyde


分子量: 337.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12ClNO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.095 M HEPES Na pH 7.1, 27% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976284 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976284 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→66.37 Å / Num. obs: 89941 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 13.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 98.8

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.2-1.2212.90.4765590943440.9050.1360.4953.9
6.57-66.3711.40.0471366260.9550.0140.04388.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QHL

6qhl


解像度: 1.2→45.47 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.86 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1951 4545 5.07 %
Rwork0.1819 165110 -
obs0.1826 89858 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 49.73 Å2 / Biso mean: 18.1879 Å2 / Biso min: 9.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→45.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1843 0 41 265 2149
Biso mean--27.28 26.91 -
残基数----237
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.210.26083040.245391569598
1.21-1.230.25883180.23225398571699
1.23-1.240.27462530.23025537579099
1.24-1.260.25292820.21915379566199
1.26-1.280.22493540.22175472582699
1.28-1.290.23333390.21055416575599
1.29-1.310.21143150.20985458577399
1.31-1.330.24183350.21115412574799
1.33-1.350.20232880.20745504579299
1.35-1.370.21593250.20685495582099
1.37-1.40.23093080.20935526583499
1.4-1.420.21732890.20475459574899
1.42-1.450.2033180.198954915809100
1.45-1.480.20463120.187654955807100
1.48-1.510.18832950.17955565851100
1.51-1.550.19433090.174954545763100
1.55-1.590.17472650.180156005865100
1.59-1.630.17272790.173754655744100
1.63-1.680.20112950.168655625857100
1.68-1.730.16642780.176655545832100
1.73-1.790.21182770.183455335810100
1.79-1.860.19572830.189755385821100
1.86-1.950.17792690.182355805849100
1.95-2.050.20322530.17855155768100
2.05-2.180.1892750.167455955870100
2.18-2.350.1592520.168855515803100
2.35-2.590.19683010.178755515852100
2.59-2.960.21662810.189855195800100
2.96-3.730.19372760.180555695845100
3.73-45.470.1722890.165955355824100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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