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万見
- PDB-7nvg: Salmonella flagellar basal body refined in C1 map -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nvg
タイトルSalmonella flagellar basal body refined in C1 map
要素
  • (Flagellar basal body ...) x 2
  • (Flagellar basal-body rod protein ...) x 2
  • (Flagellar biosynthetic protein ...) x 3
  • Basal-body rod modification protein FlgD
  • Flagellar L-ring protein
  • Flagellar M-ring protein
  • Flagellar P-ring protein
  • Flagellar hook-basal body complex protein FliE
キーワードPROTEIN TRANSPORT / bacterial flagellum / flagella / basal body
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, distal rod, L ring / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum basal body, distal rod, P ring / bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...bacterial-type flagellum basal body, distal rod, L ring / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum basal body, distal rod, P ring / bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FlgD Tudor-like domain / FlgD Tudor-like domain / Flagellar L-ring protein / Flagellar hook capping protein / Flagellar L-ring protein / Flagellar hook capping protein - N-terminal region / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgB / Flagellar hook-basal body complex protein FliE ...FlgD Tudor-like domain / FlgD Tudor-like domain / Flagellar L-ring protein / Flagellar hook capping protein / Flagellar L-ring protein / Flagellar hook capping protein - N-terminal region / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgB / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar P-ring protein / FlgD Ig-like domain / Flagellar P-ring protein / FlgD Ig-like domain / Flagellar biosynthesis protein FliQ / Flagellar basal-body rod FlgG / Flagellar biosynthesis protein FliR / Flagellar transport protein FliP / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / Flagella basal body rod proteins signature. / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagella basal body rod protein / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / FliP family / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal / Flagella transport protein fliP family signature 2. / Flagellar M-ring protein FliF / Flagellar M-ring C-terminal / Flagellar M-ring protein C-terminal / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar biosynthetic protein FliR / Flagellar biosynthetic protein FliP / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar basal body protein / Flagellar basal body rod protein FlgB / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar P-ring protein / Flagellar biosynthetic protein FliQ / Basal-body rod modification protein FlgD / Flagellar basal-body rod protein FlgG ...Flagellar biosynthetic protein FliR / Flagellar biosynthetic protein FliP / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar basal body protein / Flagellar basal body rod protein FlgB / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar P-ring protein / Flagellar biosynthetic protein FliQ / Basal-body rod modification protein FlgD / Flagellar basal-body rod protein FlgG / Flagellar L-ring protein / Flagellar M-ring protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Johnson, S. / Furlong, E. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust219477 英国
Wellcome Trust209194 英国
Wellcome Trust201536 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)S021264 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Molecular structure of the intact bacterial flagellar basal body.
著者: Steven Johnson / Emily J Furlong / Justin C Deme / Ashley L Nord / Joseph J E Caesar / Fabienne F V Chevance / Richard M Berry / Kelly T Hughes / Susan M Lea /
要旨: The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that enables motility in many species. Bacterial flagella self-assemble a strong, multicomponent drive shaft that couples rotation in the ...The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that enables motility in many species. Bacterial flagella self-assemble a strong, multicomponent drive shaft that couples rotation in the inner membrane to the micrometre-long flagellar filament that powers bacterial swimming in viscous fluids. Here, we present structures of the intact Salmonella flagellar basal body, encompassing the inner membrane rotor, drive shaft and outer-membrane bushing, solved using cryo-electron microscopy to resolutions of 2.2-3.7 Å. The structures reveal molecular details of how 173 protein molecules of 13 different types assemble into a complex spanning two membranes and a cell wall. The helical drive shaft at one end is intricately interwoven with the rotor component with both the export gate complex and the proximal rod forming interactions with the MS-ring. At the other end, the drive shaft distal rod passes through the LP-ring bushing complex, which functions as a molecular bearing anchored in the outer membrane through interactions with the lipopolysaccharide. The in situ structure of a protein complex capping the drive shaft provides molecular insights into the assembly process of this molecular machine.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年7月14日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_sheet_hbond / struct_sheet ...pdbx_struct_sheet_hbond / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12603
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: Flagellar M-ring protein
B1: Flagellar M-ring protein
C1: Flagellar M-ring protein
D1: Flagellar M-ring protein
E1: Flagellar M-ring protein
F1: Flagellar M-ring protein
G1: Flagellar M-ring protein
H1: Flagellar M-ring protein
I1: Flagellar M-ring protein
J1: Flagellar M-ring protein
K1: Flagellar M-ring protein
L1: Flagellar M-ring protein
M1: Flagellar M-ring protein
N1: Flagellar M-ring protein
O1: Flagellar M-ring protein
P1: Flagellar M-ring protein
Q1: Flagellar M-ring protein
R1: Flagellar M-ring protein
S1: Flagellar M-ring protein
T1: Flagellar M-ring protein
U1: Flagellar M-ring protein
V1: Flagellar M-ring protein
W1: Flagellar M-ring protein
X1: Flagellar M-ring protein
Y1: Flagellar M-ring protein
Z1: Flagellar M-ring protein
a1: Flagellar M-ring protein
b1: Flagellar M-ring protein
c1: Flagellar M-ring protein
d1: Flagellar M-ring protein
e1: Flagellar M-ring protein
f1: Flagellar M-ring protein
g1: Flagellar M-ring protein
h1: Flagellar M-ring protein
A2: Flagellar biosynthetic protein FliP
B2: Flagellar biosynthetic protein FliP
C2: Flagellar biosynthetic protein FliP
D2: Flagellar biosynthetic protein FliP
E2: Flagellar biosynthetic protein FliP
F2: Flagellar biosynthetic protein FliR
G2: Flagellar biosynthetic protein FliQ
H2: Flagellar biosynthetic protein FliQ
I2: Flagellar biosynthetic protein FliQ
J2: Flagellar biosynthetic protein FliQ
K2: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
L2: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
M2: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
N2: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
O2: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
P2: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
Q2: Flagellar basal body rod protein FlgB
R2: Flagellar basal body rod protein FlgB
S2: Flagellar basal body rod protein FlgB
T2: Flagellar basal body rod protein FlgB
U2: Flagellar basal body rod protein FlgB
V2: Flagellar basal-body rod protein FlgC
W2: Flagellar basal-body rod protein FlgC
X2: Flagellar basal-body rod protein FlgC
Y2: Flagellar basal-body rod protein FlgC
Z2: Flagellar basal-body rod protein FlgC
a2: Flagellar basal-body rod protein FlgC
b2: Flagellar basal body protein
c2: Flagellar basal body protein
d2: Flagellar basal body protein
e2: Flagellar basal body protein
f2: Flagellar basal body protein
g2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
h2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
i2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
j2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
k2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
l2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
m2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
n2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
o2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
p2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
q2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
r2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
s2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
t2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
u2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
v2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
w2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
x2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
y2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
z2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
12: Flagellar basal-body rod protein FlgG
22: Flagellar basal-body rod protein FlgG
32: Flagellar basal-body rod protein FlgG
42: Flagellar basal-body rod protein FlgG
A3: Flagellar L-ring protein
B3: Flagellar L-ring protein
C3: Flagellar L-ring protein
D3: Flagellar L-ring protein
E3: Flagellar L-ring protein
F3: Flagellar L-ring protein
G3: Flagellar L-ring protein
H3: Flagellar L-ring protein
I3: Flagellar L-ring protein
J3: Flagellar L-ring protein
K3: Flagellar L-ring protein
L3: Flagellar L-ring protein
M3: Flagellar L-ring protein
N3: Flagellar L-ring protein
O3: Flagellar L-ring protein
P3: Flagellar L-ring protein
Q3: Flagellar L-ring protein
R3: Flagellar L-ring protein
S3: Flagellar L-ring protein
T3: Flagellar L-ring protein
U3: Flagellar L-ring protein
V3: Flagellar L-ring protein
W3: Flagellar L-ring protein
X3: Flagellar L-ring protein
Y3: Flagellar L-ring protein
Z3: Flagellar L-ring protein
a3: Flagellar P-ring protein
b3: Flagellar P-ring protein
c3: Flagellar P-ring protein
d3: Flagellar P-ring protein
e3: Flagellar P-ring protein
f3: Flagellar P-ring protein
g3: Flagellar P-ring protein
h3: Flagellar P-ring protein
i3: Flagellar P-ring protein
j3: Flagellar P-ring protein
k3: Flagellar P-ring protein
l3: Flagellar P-ring protein
m3: Flagellar P-ring protein
n3: Flagellar P-ring protein
o3: Flagellar P-ring protein
p3: Flagellar P-ring protein
q3: Flagellar P-ring protein
r3: Flagellar P-ring protein
s3: Flagellar P-ring protein
t3: Flagellar P-ring protein
u3: Flagellar P-ring protein
v3: Flagellar P-ring protein
w3: Flagellar P-ring protein
x3: Flagellar P-ring protein
y3: Flagellar P-ring protein
z3: Flagellar P-ring protein
A4: Basal-body rod modification protein FlgD
B4: Basal-body rod modification protein FlgD
C4: Basal-body rod modification protein FlgD
D4: Basal-body rod modification protein FlgD
E4: Basal-body rod modification protein FlgD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,065,017147
ポリマ－5,065,017147
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 5種, 97分子 A1B1C1D1E1F1G1H1I1J1K1L1M1N1O1P1Q1R1S1T1U1V1W1X1Y1Z1a1b1c1d1...

#1: タンパク質 ...
Flagellar M-ring protein


分子量: 61295.645 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P15928
#5: タンパク質
Flagellar hook-basal body complex protein FliE


分子量: 11087.662 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0D6FLN2
#10: タンパク質 ...
Flagellar L-ring protein / Basal body L-ring protein


分子量: 24726.666 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0J5DWE9
#11: タンパク質 ...
Flagellar P-ring protein / Basal body P-ring protein


分子量: 38194.176 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0F7J5J5
#12: タンパク質
Basal-body rod modification protein FlgD


分子量: 24001.637 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0F7J820

-
Flagellar biosynthetic protein ... , 3種, 10分子 A2B2C2D2E2F2G2H2I2J2

#2: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliP


分子量: 26801.086 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0D6FLD2
#3: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein FliR


分子量: 28938.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0D6FLB3
#4: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliQ


分子量: 9606.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0F7J7J8

-
Flagellar basal body ... , 2種, 10分子 Q2R2S2T2U2b2c2d2e2f2

#6: タンパク質
Flagellar basal body rod protein FlgB


分子量: 15145.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0D6GKK7
#8: タンパク質
Flagellar basal body protein


分子量: 26121.223 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0D6GIC9

-
Flagellar basal-body rod protein ... , 2種, 30分子 V2W2X2Y2Z2a2g2h2i2j2k2l2m2n2o2p2q2r2s2t2u2v2w2x2y2z212223242

#7: タンパク質
Flagellar basal-body rod protein FlgC


分子量: 13991.889 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0F7J5J2
#9: タンパク質 ...
Flagellar basal-body rod protein FlgG / Distal rod protein


分子量: 27784.807 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A0F7J893

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Salmonella flagellar basal body / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 59 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4SIMPLE3CTF補正
5RELION3.1CTF補正
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60497 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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