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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nu7 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Neisseria gonorrhoeae LeuRS in Complex with ATP in Conformation 2 | ||||||||||||
![]() | Leucine--tRNA ligase | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Pang, L. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Partitioning of the initial catalytic steps of leucyl-tRNA synthetase is driven by an active site peptide-plane flip. 著者: Pang, L. / Zanki, V. / Strelkov, S.V. / Van Aerschot, A. / Gruic-Sovulj, I. / Weeks, S.D. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 344.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 276.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ntyC ![]() 7ntzC ![]() 7nu0C ![]() 7nu1C ![]() 7nu2C ![]() 7nu3C ![]() 7nu4C ![]() 7nu5C ![]() 7nu6C ![]() 7nu8C ![]() 7nu9C ![]() 7nuaC ![]() 7nubC ![]() 7nucC ![]() 6q89S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 98185.344 Da / 分子数: 1 / 断片: Leucyl-tRNA Synthetase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 166分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
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![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() | ||||||
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#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Holo protein at 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 2.5 mM 2-mercaptoethanol was incubated with 10 mM ATP on ice for half an hour. The premixture was further mixed with 0.1 M bis-tris ...詳細: Holo protein at 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 2.5 mM 2-mercaptoethanol was incubated with 10 mM ATP on ice for half an hour. The premixture was further mixed with 0.1 M bis-tris propane pH 8.5, 0.1 M MgCl2, 20% (w/v) PEG 3350 and a crystal seed stock in a 0.75:1.0:0.25 (v/v) ratio. The seed stock was prepared in the same crystallization buffer. Suitable crystals were cryo-protected in an equilvalent precipitant solution supplemented with 22% v/v ethylene glycol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.24→82.73 Å / Num. obs: 45696 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 337512 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6Q89 解像度: 2.31→48.04 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 170.87 Å2 / Biso mean: 60.3678 Å2 / Biso min: 24.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.31→48.04 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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