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- PDB-7nth: Structure of TAK1 in complex with compound 54 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nth
タイトルStructure of TAK1 in complex with compound 54
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7,TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


histone kinase activity / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway ...histone kinase activity / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / type II transforming growth factor beta receptor binding / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / JUN kinase kinase kinase activity / coronary vasculature development / ATAC complex / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / anoikis / non-canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / aorta development / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of JUN kinase activity / cellular response to angiotensin / MAP kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of cell size / heart morphogenesis / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / positive regulation of cell cycle / protein serine/threonine kinase binding / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of interleukin-2 production / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / protein serine/threonine kinase activator activity / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / lung development / Activation of NF-kappaB in B cells / transcription coactivator binding / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of T cell cytokine production / receptor tyrosine kinase binding / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / MAPK cascade / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / in utero embryonic development / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-URW / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Veerman, J.J.N. / Bruseker, Y.B. / Damen, E. / Heijne, E.H. / van Bruggen, W. / Hekking, K.F.W. / Winkel, R. / Hupp, C.D. / Keefe, A.D. / Liu, J. ...Veerman, J.J.N. / Bruseker, Y.B. / Damen, E. / Heijne, E.H. / van Bruggen, W. / Hekking, K.F.W. / Winkel, R. / Hupp, C.D. / Keefe, A.D. / Liu, J. / Thomson, H.A. / Zhang, Y. / Cuozzo, J.W. / McRiner, A.J. / Mulvihill, M.J. / van Rijnsbergen, P. / Zech, B. / Renzetti, L.M. / Babiss, L. / Mueller, G.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Discovery of 2,4-1 H -Imidazole Carboxamides as Potent and Selective TAK1 Inhibitors.
著者: Veerman, J.J.N. / Bruseker, Y.B. / Damen, E. / Heijne, E.H. / van Bruggen, W. / Hekking, K.F.W. / Winkel, R. / Hupp, C.D. / Keefe, A.D. / Liu, J. / Thomson, H.A. / Zhang, Y. / Cuozzo, J.W. / ...著者: Veerman, J.J.N. / Bruseker, Y.B. / Damen, E. / Heijne, E.H. / van Bruggen, W. / Hekking, K.F.W. / Winkel, R. / Hupp, C.D. / Keefe, A.D. / Liu, J. / Thomson, H.A. / Zhang, Y. / Cuozzo, J.W. / McRiner, A.J. / Mulvihill, M.J. / van Rijnsbergen, P. / Zech, B. / Renzetti, L.M. / Babiss, L. / Muller, G.
履歴
登録2021年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7,TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4146
ポリマ－35,5211
非ポリマー8935
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13860 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.421, 134.783, 145.449
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1412-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7,TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 / Transforming growth factor-beta-activated kinase 1 / TGF-beta-activated kinase 1 / Mitogen- ...Transforming growth factor-beta-activated kinase 1 / TGF-beta-activated kinase 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1


分子量: 35520.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K7, TAK1, TAB1, MAP3K7IP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43318, UniProt: Q15750, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-URW / 2-[[5-[[2-[bis(fluoranyl)methoxy]phenyl]methyl-[(2~{R})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]carbamoyl]-1~{H}-imidazol-2-yl]carbonyl]isoindole-5-carboxamide


分子量: 538.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24F2N6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.30 M Sodium Chloride, 0.60 M Sodium Citrate, 0.10 M Tris-HCl pH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→29.21 Å / Num. obs: 40707 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5958 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.283 / Rrim(I) all: 0.53 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0158位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.97→29.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.307 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2247 1976 5 %RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.1825 37933 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 189.97 Å2 / Biso mean: 54.84 Å2 / Biso min: 19.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.08 Å2-0 Å20 Å2
2---0.84 Å2-0 Å2
3---4.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2341 0 100 350 2791
Biso mean--54.68 63.33 -
残基数----295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192585
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5821.9943513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99335489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2665305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66323.273110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.20215416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7071516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02546
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 138 -
Rwork0.329 2863 -
all-3001 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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