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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ns8 | ||||||||||||
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タイトル | Triphosphate tunnel metalloenzyme from Sulfolobus acidocaldarius | ||||||||||||
要素 | Triphosphate tunnel metalloenzyme Saci_0718 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / TTM / CYTH | ||||||||||||
機能・相同性 | Adenylyl cyclase CyaB / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / ATP binding / metal ion binding / Conserved Archaeal protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Vogt, M.S. / Essen, L.-O. / Banerjee, A. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: The archaeal triphosphate tunnel metalloenzyme SaTTM defines structural determinants for the diverse activities in the CYTH protein family. 著者: Vogt, M.S. / Ngouoko Nguepbeu, R.R. / Mohr, M.K.F. / Albers, S.V. / Essen, L.O. / Banerjee, A. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: The archaeal triphosphate tunnel metalloenzyme Sa TTM defines structural determinants for the diverse activities in the CYTH protein family 著者: Vogt, M.S. / Nguepbeu, R.R.N. / Mohr, M.K.F. / Albers, S.V. / Essen, L.O. / Banerjee, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ns8.cif.gz | 95.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ns8.ent.gz | 64.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ns8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7ns8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7ns8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23698.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性) 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 遺伝子: Saci_0718 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q4JAT2 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CXS / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Reservoir: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 2 M Ammonium sulfate Protein Buffer: 200 mM NaCl, 50 mM Tris, pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979003 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→44.4 Å / Num. obs: 11068 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 34.52 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01105 / Rrim(I) all: 0.01563 / Net I/σ(I): 29.77 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.383 Å / Num. unique obs: 1074 / CC1/2: 0.993 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2EEN 解像度: 2.3→44.4 Å / SU ML: 0.2299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.867 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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