PDB-7nry: Re-refinement of MAPKAP kinase-2/inhibitor complex 3fyj

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nry

タイトル

Re-refinement of MAPKAP kinase-2/inhibitor complex 3fyj

要素

MAP kinase-activated protein kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / MK-2 / MK2 / MAPKAP-2 / Ser/Thr kinase / MAP kinase / Alternative splicing / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / macropinocytosis / CREB phosphorylation / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / macropinocytosis / CREB phosphorylation / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of interleukin-6 production / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of macrophage cytokine production / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / toll-like receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / inner ear development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of cellular response to heat / p38MAPK events / regulation of mRNA stability / response to cytokine / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of TNFR1 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / MAPK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / ciliary basal body / protein phosphorylation / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Croll, T.I. / Read, R.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Adaptive Cartesian and torsional restraints for interactive model rebuilding.
著者: Croll, T.I. / Read, R.J.

履歴

登録	2021年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nry.cif.gz	89.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nry.ent.gz	56.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nry.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nry_validation.pdf.gz	657.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nry_full_validation.pdf.gz	658.5 KB	表示
XML形式データ	7nry_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	7nry_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nry	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nrbC 2p3gS 3fhr S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fyj-1 3fyk-1 3r30-2 4uam-d 1ml4-1 3hyw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

X: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

X: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

X: MAP kinase-activated protein kinase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	255.551, 255.551, 255.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32
Space group name Hall	F4d23
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/4,-z+1/4,y+1/4 #3: x+1/4,z+1/4,-y+1/4 #4: z+1/4,y+1/4,-x+1/4 #5: -z+1/4,y+1/4,x+1/4 #6: -y+1/4,x+1/4,z+1/4 #7: y+1/4,-x+1/4,z+1/4 #8: z,x,y #9: y,z,x #10: -y,-z,x #11: z,-x,-y #12: -y,z,-x #13: -z,-x,y #14: -z,x,-y #15: y,-z,-x #16: x,-y,-z #17: -x,y,-z #18: -x,-y,z #19: y+1/4,x+1/4,-z+1/4 #20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4 #21: z+1/4,-y+1/4,x+1/4 #22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4 #23: -x+1/4,z+1/4,y+1/4 #24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4 #25: x,y+1/2,z+1/2 #26: x+1/4,-z+3/4,y+3/4 #27: x+1/4,z+3/4,-y+3/4 #28: z+1/4,y+3/4,-x+3/4 #29: -z+1/4,y+3/4,x+3/4 #30: -y+1/4,x+3/4,z+3/4 #31: y+1/4,-x+3/4,z+3/4 #32: z,x+1/2,y+1/2 #33: y,z+1/2,x+1/2 #34: -y,-z+1/2,x+1/2 #35: z,-x+1/2,-y+1/2 #36: -y,z+1/2,-x+1/2 #37: -z,-x+1/2,y+1/2 #38: -z,x+1/2,-y+1/2 #39: y,-z+1/2,-x+1/2 #40: x,-y+1/2,-z+1/2 #41: -x,y+1/2,-z+1/2 #42: -x,-y+1/2,z+1/2 #43: y+1/4,x+3/4,-z+3/4 #44: -y+1/4,-x+3/4,-z+3/4 #45: z+1/4,-y+3/4,x+3/4 #46: -z+1/4,-y+3/4,-x+3/4 #47: -x+1/4,z+3/4,y+3/4 #48: -x+1/4,-z+3/4,-y+3/4 #49: x+1/2,y,z+1/2 #50: x+3/4,-z+1/4,y+3/4 #51: x+3/4,z+1/4,-y+3/4 #52: z+3/4,y+1/4,-x+3/4 #53: -z+3/4,y+1/4,x+3/4 #54: -y+3/4,x+1/4,z+3/4 #55: y+3/4,-x+1/4,z+3/4 #56: z+1/2,x,y+1/2 #57: y+1/2,z,x+1/2 #58: -y+1/2,-z,x+1/2 #59: z+1/2,-x,-y+1/2 #60: -y+1/2,z,-x+1/2 #61: -z+1/2,-x,y+1/2 #62: -z+1/2,x,-y+1/2 #63: y+1/2,-z,-x+1/2 #64: x+1/2,-y,-z+1/2 #65: -x+1/2,y,-z+1/2 #66: -x+1/2,-y,z+1/2 #67: y+3/4,x+1/4,-z+3/4 #68: -y+3/4,-x+1/4,-z+3/4 #69: z+3/4,-y+1/4,x+3/4 #70: -z+3/4,-y+1/4,-x+3/4 #71: -x+3/4,z+1/4,y+3/4 #72: -x+3/4,-z+1/4,-y+3/4 #73: x+1/2,y+1/2,z #74: x+3/4,-z+3/4,y+1/4 #75: x+3/4,z+3/4,-y+1/4 #76: z+3/4,y+3/4,-x+1/4 #77: -z+3/4,y+3/4,x+1/4 #78: -y+3/4,x+3/4,z+1/4 #79: y+3/4,-x+3/4,z+1/4 #80: z+1/2,x+1/2,y #81: y+1/2,z+1/2,x #82: -y+1/2,-z+1/2,x #83: z+1/2,-x+1/2,-y #84: -y+1/2,z+1/2,-x #85: -z+1/2,-x+1/2,y #86: -z+1/2,x+1/2,-y #87: y+1/2,-z+1/2,-x #88: x+1/2,-y+1/2,-z #89: -x+1/2,y+1/2,-z #90: -x+1/2,-y+1/2,z #91: y+3/4,x+3/4,-z+1/4 #92: -y+3/4,-x+3/4,-z+1/4 #93: z+3/4,-y+3/4,x+1/4 #94: -z+3/4,-y+3/4,-x+1/4 #95: -x+3/4,z+3/4,y+1/4 #96: -x+3/4,-z+3/4,-y+1/4

#1: タンパク質	MAP kinase-activated protein kinase 2 / MAPK-activated protein kinase 2 / MAPKAP kinase 2 / MAPKAP-K2 / MAPKAPK-2 / MK-2 / MK2 分子量: 37897.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-B97 / (10R)-10-methyl-3-(6-methylpyridin-3-yl)-9,10,11,12-tetrahydro-8H-[1,4]diazepino[5',6':4,5]thieno[3,2-f]quinolin-8-one / PF-3644022 分子量: 374.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₈N₄OS
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: MK-2 protein at 5 mg/ml is equilibrated against a well solution of 1.6 - 2.0 M Sodium malonate at pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→29.51 Å / Num. obs: 6885 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 129.29 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 18.664
反射シェル	解像度: 3.7→3.83 Å / R_merge(I) obs: 0.37 / Num. unique obs: 146 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ISOLDE	1.1.0	精密化
PHENIX	dev_3964	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2p3g

2p3g

解像度: 3.8→29.51 Å / SU ML: 0.3592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.2196
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2752	293	4.59 %
R_work	0.2336	6090	-
obs	0.2355	6383	85.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 151.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→29.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2304	0	35	0	2339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7273	3220
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0453	350
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0094	407
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8843	906

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.8-4.79	0.2764	156	0.2152	3081	X-RAY DIFFRACTION	89.12
4.79-29.51	0.2745	137	0.2436	3009	X-RAY DIFFRACTION	81.95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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