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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7npo | ||||||
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タイトル | Branched K48-K63-Ub3 | ||||||
要素 | (Polyubiquitin-B) x 2 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Branched ubiquitin chains / heterotypic ubiquitin chains / K48-K63-Triubiquitin / K48-K63-Ub3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | ||||||
データ登録者 | Lange, S.M. / Kwasna, D. / Kulathu, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: VCP/p97-associated proteins are binders and debranching enzymes of K48-K63-branched ubiquitin chains. 著者: Lange, S.M. / McFarland, M.R. / Lamoliatte, F. / Carroll, T. / Krshnan, L. / Perez-Rafols, A. / Kwasna, D. / Shen, L. / Wallace, I. / Cole, I. / Armstrong, L.A. / Knebel, A. / Johnson, C. / ...著者: Lange, S.M. / McFarland, M.R. / Lamoliatte, F. / Carroll, T. / Krshnan, L. / Perez-Rafols, A. / Kwasna, D. / Shen, L. / Wallace, I. / Cole, I. / Armstrong, L.A. / Knebel, A. / Johnson, C. / De Cesare, V. / Kulathu, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7npo.cif.gz | 123.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7npo.ent.gz | 81.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7npo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/7npo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/7npo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7nbbC 8a67C 1ubqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8192.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 8632.859 Da / 分子数: 2 / Mutation: K48R K63R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39 #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.48 % / 解説: Round plates |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v PEG 4000; 22 mg/ml |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873128 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→24.73 Å / Num. obs: 9868 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 45.93 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.268 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1910 / CC1/2: 0.843 / CC star: 0.956 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UBQ 解像度: 2.19→24.73 Å / SU ML: 0.3248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.0506 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→24.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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