PDB-7npm: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of oxaliplatin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7npm

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of oxaliplatin with human angiogenin

要素

Angiogenin

キーワード

HYDROLASE / Oxaliplatin / Cancer / Angiogenesis / Protein metallation / Angiogenin

機能・相同性

機能・相同性情報

angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Oxaliplatin inhibits angiogenin proliferative and cell migration effects in prostate cancer cells.
著者: Marzo, T. / Ferraro, G. / Cucci, L.M. / Pratesi, A. / Hansson, O. / Satriano, C. / Merlino, A. / La Mendola, D.

履歴

登録	2021年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月12日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7npm.cif.gz	45.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7npm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7npm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7npm_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7npm_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7npm_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	7npm_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/7npm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/7npm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eopS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (7) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (7) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (7)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (7)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Angiogenin

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.720, 85.890, 33.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-311- HOH
2	1	AAA-373- HOH

#1: タンパク質	Angiogenin / Ribonuclease 5 / RNase 5 分子量: 13943.792 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANG, RNASE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 10 % PEG6K, 20 mM sodium citrate pH 5.1, 0.2 M sodium/potassium tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→42.945 Å / Num. obs: 9691 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.171 / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 475 / CC_1/2: 0.803 / R_pim(I) all: 0.387 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EOP

5eop

解像度: 1.86→42.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 4.18 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2537	463	4.965 %
R_work	0.1782	8862	-
all	0.182	-	-
obs	-	9325	96.923 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.037 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.334 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.297 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→42.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	976	0	13	83	1072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.674	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.372	1.59	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.54	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.772	19.718	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.12	15	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.451	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	196
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	873
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.415	2.381	521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.413	2.373	520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.932	3.566	661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.929	3.576	662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.283	2.891	569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.255	2.883	566
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.264	4.133	821
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.261	4.131	820
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.444	28.493	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.443	28.521	1174

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.908	0.286	20	0.259	541	X-RAY DIFFRACTION	82.3789
1.908-1.96	0.333	26	0.239	563	X-RAY DIFFRACTION	85.3623
1.96-2.017	0.306	32	0.222	587	X-RAY DIFFRACTION	94.073
2.017-2.079	0.246	35	0.206	575	X-RAY DIFFRACTION	96.3665
2.079-2.147	0.304	30	0.193	575	X-RAY DIFFRACTION	98.8562
2.147-2.222	0.231	22	0.196	593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.222-2.306	0.247	24	0.191	550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.306-2.4	0.229	27	0.17	554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.506	0.255	32	0.154	494	X-RAY DIFFRACTION	100
2.506-2.628	0.295	22	0.166	500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.628-2.77	0.284	29	0.179	470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.937	0.334	27	0.188	439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.937-3.138	0.207	19	0.173	428	X-RAY DIFFRACTION	99.7768
3.138-3.388	0.228	27	0.177	392	X-RAY DIFFRACTION	100
3.388-3.71	0.24	21	0.154	365	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.144	0.239	23	0.15	331	X-RAY DIFFRACTION	99.7183
4.144-4.777	0.135	17	0.128	303	X-RAY DIFFRACTION	100
4.777-5.833	0.283	12	0.169	255	X-RAY DIFFRACTION	100
5.833-8.174	0.382	10	0.21	215	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)