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- PDB-7npe: Vibrio cholerae ParA2-ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7npe
タイトルVibrio cholerae ParA2-ADP
要素AAA family ATPase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ATPase / Chromosome segregation / Bacterial cell division / Hydrolase
機能・相同性ParA helix turn helix domain / ParA helix turn helix domain / : / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / AAA family ATPase
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Parker, A.V. / Bergeron, J.R.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The cryo-EM structure of the bacterial type I segregation filament reveals ParA s conformational plasticity upon DNA binding
著者: Parker, A.V. / Mann, D. / Tzokov, S.B. / Hwang, L.C. / Bergeron, J.R.C.
履歴
登録2021年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年10月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _cell.angle_alpha / _cell.angle_beta ..._cell.angle_alpha / _cell.angle_beta / _cell.angle_gamma / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.version / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_sheet_range.id / _struct_sheet_range.sheet_id
解説: Polymer geometry
詳細: Replacement has improved geometry suggested by the reviewer
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AAA family ATPase
B: AAA family ATPase
C: AAA family ATPase
D: AAA family ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,75414
ポリマ－185,7644
非ポリマー1,99010
水00
1
A: AAA family ATPase
B: AAA family ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9698
ポリマ－92,8822
非ポリマー1,0876
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8290 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area31610 Å2
手法PISA
2
C: AAA family ATPase
D: AAA family ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7856
ポリマ－92,8822
非ポリマー9034
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area32500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.205, 199.205, 260.066
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 4 through 7 and (name N...
21(chain C and (resid 4 through 9 or resid 11...
31(chain D and ((resid 4 through 7 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLNGLN(chain A and ((resid 4 through 7 and (name N...AA4 - 74 - 7
12LYSLYSMGMG(chain A and ((resid 4 through 7 and (name N...AA - F4 - 4514
13LYSLYSMGMG(chain A and ((resid 4 through 7 and (name N...AA - F4 - 4514
14LYSLYSMGMG(chain A and ((resid 4 through 7 and (name N...AA - F4 - 4514
15LYSLYSMGMG(chain A and ((resid 4 through 7 and (name N...AA - F4 - 4514
21LYSLYSILEILE(chain C and (resid 4 through 9 or resid 11...CC4 - 94 - 9
22ASNASNGLNGLN(chain C and (resid 4 through 9 or resid 11...CC11 - 1411 - 14
23LEULEUGLNGLN(chain C and (resid 4 through 9 or resid 11...CC15 - 1715 - 17
24METMETMGMG(chain C and (resid 4 through 9 or resid 11...CC - L3 - 4513
25METMETMGMG(chain C and (resid 4 through 9 or resid 11...CC - L3 - 4513
26METMETMGMG(chain C and (resid 4 through 9 or resid 11...CC - L3 - 4513
27METMETMGMG(chain C and (resid 4 through 9 or resid 11...CC - L3 - 4513
31LYSLYSGLNGLN(chain D and ((resid 4 through 7 and (name N...DD4 - 74 - 7
32METMETADPADP(chain D and ((resid 4 through 7 and (name N...DD - M3 - 4503
33METMETADPADP(chain D and ((resid 4 through 7 and (name N...DD - M3 - 4503
34METMETADPADP(chain D and ((resid 4 through 7 and (name N...DD - M3 - 4503
35METMETADPADP(chain D and ((resid 4 through 7 and (name N...DD - M3 - 4503

-
要素

#1: タンパク質
AAA family ATPase / Chromosome (Plasmid) partitioning protein ParA / Chromosome partitioning protein ParA / ParA family ...Chromosome (Plasmid) partitioning protein ParA / Chromosome partitioning protein ParA / ParA family protein / Plasmid partition protein A / ParA2vc / ParA2


分子量: 46440.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: parA, BC353_10845, C9J66_03480, ERS013138_01197, ERS013166_00021, ERS013186_00500, ERS013193_00027, ERS013197_04093, ERS013198_00323, ERS013199_01186, ERS013200_00295, ERS013202_00851, ...遺伝子: parA, BC353_10845, C9J66_03480, ERS013138_01197, ERS013166_00021, ERS013186_00500, ERS013193_00027, ERS013197_04093, ERS013198_00323, ERS013199_01186, ERS013200_00295, ERS013202_00851, ERS013206_01885, F0315_18570, FLM02_03395, FXF03_20770, HPY05_13545
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085S0Z4
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.32 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24 %w/v PEG 1500, 20% w/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→52.59 Å / Num. obs: 49709 / % possible obs: 96.38 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 128.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02072 / Net I/σ(I): 0.98
反射 シェル解像度: 3.184→3.298 Å / Rmerge(I) obs: 0.5636 / Num. unique obs: 3364 / % possible all: 66.68

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NPD

7npd


解像度: 3.2→52.59 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 2436 4.95 %
Rwork0.238 46800 -
obs0.24 49236 97.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 294.56 Å2 / Biso mean: 126.2909 Å2 / Biso min: 66.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→52.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11921 0 124 0 12045
Biso mean--112.73 --
残基数----1602
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4528X-RAY DIFFRACTION17.599TORSIONAL
12C4528X-RAY DIFFRACTION17.599TORSIONAL
13D4528X-RAY DIFFRACTION17.599TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.270.3918840.36991679176360
3.27-3.340.41971270.39342566269392
3.34-3.410.42341460.34052751289799
3.41-3.50.37251360.313427842920100
3.5-3.590.35781280.304828022930100
3.59-3.70.33641410.286727892930100
3.7-3.820.35371320.272828172949100
3.82-3.960.31581490.273327962945100
3.96-4.110.30671660.266827852951100
4.11-4.30.27651580.217627982956100
4.3-4.530.25071470.208928402987100
4.53-4.810.27481460.200928222968100
4.81-5.180.22671280.223428482976100
5.18-5.70.26821690.250128543023100
5.7-6.530.30121620.261128673029100
6.53-8.220.26631500.247229343084100
8.22-52.590.24051670.19623068323599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77810.3290.58410.55110.0621-0.03210.1562-0.49930.26480.58050.0777-0.14930.2527-0.3822-0.06111.2755-0.05690.03091.24310.15520.9237-41.514860.9317.4427
21.46870.33431.05332.229-0.30031.71210.2131-0.2055-0.31430.3553-0.11740.00170.5191-0.3405-0.10250.937-0.2160.03870.9176-0.00590.8592-42.457762.9182-11.3663
32.16321.30790.31621.64840.56391.46450.22540.40650.1196-0.0324-0.1047-0.2231-0.31650.2779-0.13580.7544-0.2087-0.01531.02690.11090.8648-13.050583.8019-23.7755
42.48410.28170.1611.95790.29084.0710.01230.4260.0013-0.0292-0.1796-0.05090.19390.24350.17750.6806-0.0373-0.12131.0023-0.0390.8634-14.688870.0569-21.7678
53.7-1.18482.97711.6384-0.05425.95120.4912-0.55250.12550.76660.67930.8339-0.4285-0.4216-0.69291.00990.03490.43550.97430.13331.2724-92.0037119.4382-10.4725
60.32140.44220.72051.9834-0.48752.7882-0.5717-1.8442-0.09390.16490.8115-0.2302-0.4324-0.6194-0.34471.2676-0.0310.06911.4965-0.18321.3508-58.0162100.390110.727
71.52290.1025-1.73791.76040.49032.40270.2832-0.54870.34820.1896-0.126-0.07520.14290.4289-0.15680.8383-0.25910.02651.2303-0.10520.9176-57.5466107.53043.2802
82.5708-0.0311.09082.5906-0.71681.76390.2574-0.96151.5384-0.35460.0015-0.3492-0.3381-0.4390.02391.26080.02910.2981.0508-0.0551.3838-70.4465120.0292-8.3724
91.5404-0.57990.10352.9281-0.77851.77750.7653-0.4021.16680.1889-0.46520.8648-1.05561.4231-0.21591.3097-0.52420.25840.8913-0.01681.5437-63.0624117.6703-15.1898
100.8377-0.0638-0.46730.92090.67242.07120.73841.74210.5229-1.2480.28530.0037-0.9473-0.6815-0.60411.3270.13430.23871.52120.26231.1502-63.5672104.7198-24.0173
114.1648-1.64340.29390.77150.53873.17420.1893-0.5274-0.07680.91370.10080.25310.15160.293-0.2061.1285-0.1998-0.11221.052-0.20150.739-57.89100.5291-18.5416
121.4096-0.45760.20611.47070.11523.1237-0.15360.06360.02790.45310.3238-0.48550.42560.5434-0.08770.8186-0.1156-0.12940.98980.01410.8924-58.175494.4141-8.3889
131.5649-0.218-0.42731.08540.74530.80310.5411.09810.24380.4093-0.15640.2324-0.0345-0.1674-0.17990.79230.0215-0.01171.4004-0.02270.9524-92.422387.8057-24.2427
142.19770.9271-0.05541.75140.10250.5188-0.2220.23190.7445-0.5411-0.08370.6383-1.09920.4220.29390.47960.0812-0.00411.6033-0.11330.7961-88.581992.2737-27.9813
153.18040.4661-0.08351.713-0.19182.53870.01440.70880.1124-0.0514-0.21550.1995-0.3174-0.18260.14750.87120.10320.12131.17430.06780.964-92.0305103.0564-20.7557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 104 )A4 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 105 through 406 )A105 - 406
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 4 through 154 )B4 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 155 through 407 )B155 - 407
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 3 through 32 )C3 - 32
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 33 through 54 )C33 - 54
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 55 through 174 )C55 - 174
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 175 through 229 )C175 - 229
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 230 through 263 )C230 - 263
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 264 through 303 )C264 - 303
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 304 through 325 )C304 - 325
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 326 through 406 )C326 - 406
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 3 through 136 )D3 - 136
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 137 through 179 )D137 - 179
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 180 through 407 )D180 - 407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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