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- PDB-7nn3: A carbohydrate esterase family 15 (CE15) glucuronoyl esterase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nn3
タイトルA carbohydrate esterase family 15 (CE15) glucuronoyl esterase from Caldicellulosiruptor kristjansonii
要素Beta-xylanase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic ester hydrolase activity / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cadherin-like beta sandwich domain / Cadherin-like beta sandwich domain / Carbohydrate family 9 binding domain-like / Carbohydrate-binding domain, family 9 / : / Glucuronyl esterase, fungi / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Carbohydrate-binding, CenC-like ...Cadherin-like beta sandwich domain / Cadherin-like beta sandwich domain / Carbohydrate family 9 binding domain-like / Carbohydrate-binding domain, family 9 / : / Glucuronyl esterase, fungi / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Glycoside hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor kristjanssonii
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88948348333 Å
データ登録者Krska, D. / Mazurkewich, S. / Navarro Poulsen, J. / Larsbrink, J. / Lo Leggio, L.
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-01065 スウェーデン
Swedish Energy Agency2016-011207 スウェーデン
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0027698 デンマーク
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Analysis of a Multimodular Hyperthermostable Xylanase-Glucuronoyl Esterase from Caldicellulosiruptor kristjansonii .
著者: Krska, D. / Mazurkewich, S. / Brown, H.A. / Theibich, Y. / Poulsen, J.N. / Morris, A.L. / Koropatkin, N.M. / Lo Leggio, L. / Larsbrink, J.
履歴
登録2021年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
C: Beta-xylanase
D: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,90138
ポリマ－178,3094
非ポリマー2,59234
水20,5011138
1
A: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2069
ポリマ－44,5771
非ポリマー6298
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1418
ポリマ－44,5771
非ポリマー5647
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,22410
ポリマ－44,5771
非ポリマー6479
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,33011
ポリマ－44,5771
非ポリマー75310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.058, 116.901, 160.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-xylanase


分子量: 44577.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor kristjanssonii (strain ATCC 700853 / DSM 12137 / I77R1B) (バクテリア)
株: ATCC 700853 / DSM 12137 / I77R1B / 遺伝子: Calkr_2245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: E4S6E9, endo-1,4-beta-xylanase

-
非ポリマー , 5種, 1172分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris, and 25% polyethylene glycol 3350. Protein at 51.1 mg/mL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88948→48.637 Å / Num. obs: 145210 / % possible obs: 97.33 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 28.2064645318 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07681 / Net I/σ(I): 10.03
反射 シェル解像度: 1.89→1.9367 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8267 / Num. unique obs: 13403 / CC1/2: 0.443 / % possible all: 90.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EHN

6ehn


解像度: 1.88948348333→48.6209416022 Å / SU ML: 0.215923441482 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34353963479 / 位相誤差: 21.2680332628
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206762803839 2000 1.37746738846 %
Rwork0.166773559883 143194 -
obs0.167325045858 145194 97.3352372142 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.1434755472 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88948348333→48.6209416022 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11892 0 169 1138 13199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006743237926912521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79586903162317006
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05482175538281758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005277722409252224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.87399166237160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8895-1.93670.3323602483641280.3136308434589154X-RAY DIFFRACTION88.3831651114
1.9367-1.98910.3136620055981440.26217175439510279X-RAY DIFFRACTION98.4509303863
1.9891-2.04760.2475764443111440.23626090294310342X-RAY DIFFRACTION99.4216364843
2.0476-2.11370.2602468731581440.22285393961610343X-RAY DIFFRACTION99.3651696039
2.1137-2.18930.2444847609031450.21075940600110335X-RAY DIFFRACTION99.1485335856
2.1893-2.27690.2600358488621430.19796075660410266X-RAY DIFFRACTION98.3651483651
2.2769-2.38060.2293266902781450.17933502730810377X-RAY DIFFRACTION99.3954279237
2.3806-2.50610.2325579638661450.17760128719910378X-RAY DIFFRACTION99.2361373067
2.5061-2.66310.1935972397141440.17311917135310317X-RAY DIFFRACTION98.6049580545
2.6631-2.86870.2460268446751440.18221141529310265X-RAY DIFFRACTION97.6179311638
2.8687-3.15730.2422610667071440.17391563907910352X-RAY DIFFRACTION98.2311651848
3.1573-3.6140.2018811565361420.15819968974510133X-RAY DIFFRACTION96.0100915717
3.614-4.55280.1603791708731430.12198750006410317X-RAY DIFFRACTION96.5924831471
4.5528-48.620.1408435854911450.12713388552510336X-RAY DIFFRACTION94.0084312494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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