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- PDB-6ehn: Structural insight into a promiscuous CE15 esterase from the mari... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ehn
タイトルStructural insight into a promiscuous CE15 esterase from the marine bacterial metagenome
要素Carbohydrate esterase MZ0003
キーワードHYDROLASE / esterase / protein structure
機能・相同性Glucuronyl esterase, fungi / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / polysaccharide catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / periplasmic space / Carbohydrate esterase MZ0003
機能・相同性情報
生物種Unknown prokaryotic organism (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Helland, R. / De Santi, C. / Gani, O. / Williamson, A.K.
資金援助 ノルウェー, 2件
組織認可番号国
Research Council of Norway247732 ノルウェー
Research Council of Norway ノルウェー
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural insight into a CE15 esterase from the marine bacterial metagenome.
著者: De Santi, C. / Gani, O.A. / Helland, R. / Williamson, A.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate esterase MZ0003
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9822
ポリマ－44,8901
非ポリマー921
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area16910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.212, 110.212, 78.666
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Carbohydrate esterase MZ0003


分子量: 44889.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Unknown prokaryotic organism (未定義)
遺伝子: MZ0003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0K2VM55, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3350, 24% NaCitrate, pH 6, 0.1 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91840, 1.28202
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
21.282021
反射解像度: 1.9→47 Å / Num. obs: 43689 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 25.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/av σ(I): 16.4 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.945.60.59327740.6460.270.652100
2.1-2.1611.70.93924070.40998.5

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位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
Aimless0.5.8データスケーリング
PHASER位相決定
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.427 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.125
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 2077 4.8 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
obs0.1852 41585 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.43 Å2 / Biso mean: 33.169 Å2 / Biso min: 7.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.11 Å2-0 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3090 0 6 315 3411
Biso mean--31.86 38.65 -
残基数----397
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193220
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0041.9334378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14936779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.6265403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54323.4150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.06715500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4761521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02785
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 143 -
Rwork0.328 3024 -
all-3167 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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