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- PDB-7nmv: Crystal structure of beta-2-microglobulin D76Q mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nmv
タイトルCrystal structure of beta-2-microglobulin D76Q mutant
要素Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / major histocompatibility complex class 1 / beta-2-microglobulin / mutant / D76Q
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Guthertz, N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustRGIMCB-109984 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: The effect of mutation on an aggregation-prone protein: An in vivo, in vitro, and in silico analysis.
著者: Guthertz, N. / van der Kant, R. / Martinez, R.M. / Xu, Y. / Trinh, C. / Iorga, B.I. / Rousseau, F. / Schymkowitz, J. / Brockwell, D.J. / Radford, S.E.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8921
ポリマ－11,8921
非ポリマー00
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomeric
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.342, 28.802, 67.564
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11892.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 % / 解説: One molecule per asymmetric unit
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 nL mother liquor / 200 nL protein 15% Glycerol, 0.1 M NaAcetate pH 4.5-5.5, 28-32%PEG 4000, 0.2 M NH4Acetate
PH範囲: 4.5 - 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→46.4 Å / Num. obs: 15590 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.51→1.54 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 767 / CC1/2: 0.354 / Rpim(I) all: 0.716 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessdata processing
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YXF

2yxf


解像度: 1.51→46.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 2.181 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 802 5.145 %
Rwork0.2214 14786 -
all0.224 --
obs-15588 95.345 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.384 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.345 Å20 Å2-0.358 Å2
2--0.325 Å20 Å2
3---0.159 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→46.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数838 0 0 138 976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.013862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7061.6531167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3551.5811785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.11599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.64422.650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.12915152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.818155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.2695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2680.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2330.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3420.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.431.191399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3741.188398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2161.777497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2221.784498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2661.544463
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2661.548463
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6282.178670
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6212.183670
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.07616.146986
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.87815.256947
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.51-1.5490.302390.28710760.28811730.7860.80395.05540.246
1.549-1.5920.386570.27110500.27611940.8110.83392.71360.224
1.592-1.6380.314460.2789820.27911060.830.83792.94760.231
1.638-1.6880.295490.2649830.26511190.8380.85192.22520.219
1.688-1.7430.263510.269260.2610490.8540.84893.13630.221
1.743-1.8040.316490.2699470.27110610.8240.86393.87370.229
1.804-1.8720.299490.2478790.259880.8750.89293.92710.211
1.872-1.9490.262470.2458650.2469650.890.90394.50780.214
1.949-2.0350.218510.2358200.2349150.9140.90895.19130.208
2.035-2.1340.242430.2488090.2478890.9110.89295.8380.233
2.134-2.250.282420.2147740.2188440.8780.9196.68250.208
2.25-2.3860.211550.2227350.2218060.9180.92998.01490.219
2.386-2.550.279520.1956810.2017510.8960.93697.60320.203
2.55-2.7530.215430.1886510.1897050.9350.9498.43970.211
2.753-3.0150.326310.1826080.1886450.8660.93999.06980.216
3.015-3.3690.234250.1655580.1685890.9120.94398.98130.201
3.369-3.8870.218290.1664950.1695310.9290.94898.68170.198
3.887-4.7520.299160.184290.1844530.8940.94798.2340.214
4.752-6.6860.414160.293220.2963500.8850.91896.57140.359
6.686-46.4010.208120.3031950.2962150.9550.90996.27910.423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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