PDB-7nmr: Crystal structure of beta-2-microglobulin D76S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nmr

タイトル

Crystal structure of beta-2-microglobulin D76S mutant

要素

Beta-2-microglobulin

キーワード

IMMUNE SYSTEM / major histocompatibility complex class 1 / beta-2-microglobulin / mutant / D76S

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Guthertz, N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: The effect of mutation on an aggregation-prone protein: An in vivo, in vitro, and in silico analysis.
著者: Guthertz, N. / van der Kant, R. / Martinez, R.M. / Xu, Y. / Trinh, C. / Iorga, B.I. / Rousseau, F. / Schymkowitz, J. / Brockwell, D.J. / Radford, S.E.

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nmr.cif.gz	60.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nmr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nmr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nmr_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nmr_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7nmr_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	7nmr_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/7nmr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/7nmr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nmcC 7nmoC 7nmtC 7nmvC 7nmyC 7nn5C 2yxfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.339, 28.795, 63.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.930, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-315- HOH

#1: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11605.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.56 % / 解説: One molecule per asymmetric unit
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 nL mother liquor / 200 nL protein 15% Glycerol, 0.1 M NaAcetate pH 4.5-5.5, 28-32%PEG 4000, 0.2 M NH4Acetate PH範囲: 4.5 - 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→38.2 Å / Num. obs: 33548 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1614 / CC_1/2: 0.504 / R_pim(I) all: 0.916 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless		data processing
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XDS		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YXF

2yxf

解像度: 1.15→38.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.672 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1823	1675	4.993 %
R_work	0.1479	31872	-
all	0.15	-	-
obs	-	33547	98.526 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.579 Å²	0 Å²	1.201 Å²
2-	-	-1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.494 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→38.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	818	0	18	131	967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.017	768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.893	1.65	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.534	1.58	1791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.584	5	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.846	22.292	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.276	15	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.879	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	186
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.185	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.276	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.083	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.26	1.588	391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.1	1.575	390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.966	2.38	487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.02	2.391	488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.542	2.223	466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.537	2.229	467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.184	3.1	668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.18	3.103	669
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.2	21.812	936
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.61	20.335	901
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	9.394	3	1625

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.18	0.453	130	0.409	2288	X-RAY DIFFRACTION	98.0138
1.18-1.212	0.363	140	0.338	2269	X-RAY DIFFRACTION	97.3333
1.212-1.247	0.301	109	0.297	2140	X-RAY DIFFRACTION	95.9471
1.247-1.286	0.233	116	0.242	2155	X-RAY DIFFRACTION	98.6962
1.286-1.328	0.255	122	0.214	2076	X-RAY DIFFRACTION	99.143
1.328-1.374	0.221	91	0.19	2075	X-RAY DIFFRACTION	99.1758
1.374-1.426	0.185	98	0.161	1969	X-RAY DIFFRACTION	99.4228
1.426-1.484	0.159	81	0.134	1914	X-RAY DIFFRACTION	99.2537
1.484-1.55	0.152	91	0.12	1815	X-RAY DIFFRACTION	99.4262
1.55-1.626	0.154	87	0.113	1680	X-RAY DIFFRACTION	95.8763
1.626-1.714	0.162	75	0.117	1685	X-RAY DIFFRACTION	98.9876
1.714-1.817	0.164	95	0.114	1546	X-RAY DIFFRACTION	99.5752
1.817-1.943	0.13	69	0.109	1476	X-RAY DIFFRACTION	98.9117
1.943-2.098	0.126	65	0.108	1402	X-RAY DIFFRACTION	99.1886
2.098-2.298	0.176	71	0.114	1269	X-RAY DIFFRACTION	98.6019
2.298-2.568	0.155	69	0.123	1141	X-RAY DIFFRACTION	99.3432
2.568-2.963	0.162	57	0.145	1019	X-RAY DIFFRACTION	99.4455
2.963-3.625	0.194	45	0.14	880	X-RAY DIFFRACTION	99.3555
3.625-5.108	0.158	46	0.13	676	X-RAY DIFFRACTION	99.0398
5.108-38.2	0.265	18	0.208	397	X-RAY DIFFRACTION	97.4178

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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