PDB-7nmt: Crystal structure of beta-2-microglobulin D76G mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nmt

タイトル

Crystal structure of beta-2-microglobulin D76G mutant

要素

Beta-2-microglobulin

キーワード

IMMUNE SYSTEM / major histocompatibility complex class 1 / beta-2-microglobulin / mutant / D76G

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Guthertz, N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: The effect of mutation on an aggregation-prone protein: An in vivo, in vitro, and in silico analysis.
著者: Guthertz, N. / van der Kant, R. / Martinez, R.M. / Xu, Y. / Trinh, C. / Iorga, B.I. / Rousseau, F. / Schymkowitz, J. / Brockwell, D.J. / Radford, S.E.

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nmt.cif.gz	62.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nmt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/7nmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/7nmt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nmcC 7nmoC 7nmrC 7nmvC 7nmyC 7nn5C 2yxfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-2-microglobulin

11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.542, 28.683, 62.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.466, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11821.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.92 % / 解説: One molecule per asymmetric unit
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 nL mother liquor / 200 nL protein 15% Glycerol, 0.1 M NaAcetate pH 4.5-5.5, 28-32%PEG 4000, 0.2 M NH4Acetate PH範囲: 4.5 - 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→44.43 Å / Num. obs: 30235 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1458 / CC_1/2: 0.911 / R_pim(I) all: 0.219 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XDS		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YXF

2yxf

解像度: 1.2→44.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.703 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	1517	5.018 %
R_work	0.1388	28717	-
all	0.141	-	-
obs	-	30234	98.188 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.912 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.025 Å²	0 Å²	-0.039 Å²
2-	-	-1.222 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.158 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→44.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	833	0	0	162	995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	880
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	782
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.139	1.653	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.576	1.58	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.952	5	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.261	22.6	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.658	15	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.528	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	193
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.285	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.303	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.241	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.263	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.949	1.14	410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.951	1.14	409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.619	1.72	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.617	1.719	515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.825	1.696	470
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.824	1.699	470
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.568	2.322	682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.568	2.325	682
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.878	17.576	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.256	15.944	965
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	9.586	3	1662

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.303	117	0.243	2064	0.246	2256	0.936	0.952	96.6755	0.204
1.231-1.265	0.219	97	0.205	2074	0.206	2230	0.964	0.958	97.3543	0.171
1.265-1.301	0.202	104	0.186	1963	0.187	2130	0.956	0.956	97.0423	0.159
1.301-1.342	0.184	100	0.16	1915	0.161	2061	0.962	0.958	97.7681	0.139
1.342-1.385	0.19	93	0.147	1909	0.149	2031	0.941	0.963	98.5721	0.127
1.385-1.434	0.165	103	0.134	1838	0.136	1960	0.961	0.97	99.0306	0.119
1.434-1.488	0.184	97	0.131	1754	0.133	1871	0.964	0.972	98.9311	0.118
1.488-1.549	0.184	83	0.133	1702	0.135	1800	0.954	0.967	99.1667	0.123
1.549-1.618	0.184	112	0.124	1620	0.127	1746	0.96	0.975	99.1982	0.115
1.618-1.696	0.155	79	0.118	1576	0.119	1680	0.969	0.978	98.5119	0.11
1.696-1.788	0.172	99	0.117	1466	0.121	1589	0.967	0.977	98.4896	0.114
1.788-1.896	0.145	75	0.109	1408	0.111	1509	0.981	0.98	98.277	0.109
1.896-2.027	0.119	72	0.107	1306	0.107	1398	0.984	0.985	98.5694	0.113
2.027-2.189	0.166	65	0.116	1228	0.119	1326	0.964	0.979	97.5113	0.123
2.189-2.397	0.156	43	0.122	1169	0.123	1232	0.968	0.975	98.3766	0.133
2.397-2.679	0.173	51	0.131	1026	0.133	1092	0.969	0.975	98.6264	0.146
2.679-3.092	0.24	36	0.141	939	0.144	988	0.926	0.964	98.6842	0.162
3.092-3.782	0.148	39	0.135	787	0.136	844	0.973	0.975	97.8673	0.164
3.782-5.33	0.136	23	0.145	627	0.144	660	0.976	0.973	98.4848	0.19
5.33-44.434	0.227	29	0.244	346	0.243	389	0.957	0.942	96.401	0.315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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