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- PDB-7nlh: S. cerevisiae Ty1 p22 restriction factor, Gag CA-CTD, AUG1 variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nlh
タイトルS. cerevisiae Ty1 p22 restriction factor, Gag CA-CTD, AUG1 variant
要素Ty1 Gag p22
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Restriction factor / Ty1 / Gag / CA
機能・相同性Ty transposon capsid protein / Ty transposon capsid protein / RNA binding / cytoplasm / Transposon TyH3 Gag polyprotein
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cottee, M.A. / Taylor, I.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001178 英国
Wellcome TrustFC001178 英国
Cancer Research UKFC001178 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of a Ty1 restriction factor reveals the molecular basis of transposition copy number control.
著者: Cottee, M.A. / Beckwith, S.L. / Letham, S.C. / Kim, S.J. / Young, G.R. / Stoye, J.P. / Garfinkel, D.J. / Taylor, I.A.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ty1 Gag p22
B: Ty1 Gag p22
C: Ty1 Gag p22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3573
ポリマ－40,3573
非ポリマー00
水00
1
A: Ty1 Gag p22
B: Ty1 Gag p22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9042
ポリマ－26,9042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ty1 Gag p22

C: Ty1 Gag p22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9042
ポリマ－26,9042
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)282.124, 282.124, 39.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUAA261 - 34913 - 101
21GLUGLUBB261 - 34913 - 101
12GLNGLNAA261 - 35013 - 102
22GLNGLNCC261 - 35013 - 102
13GLUGLUBB261 - 34913 - 101
23GLUGLUCC261 - 34913 - 101

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Ty1 Gag p22 / Gag CA-CTD / AUG1 variant / Capsid protein / Ty1 p22 restriction factor


分子量: 13452.185 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: TY1A, GAG, TYA1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08405

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.76 % / 解説: 160x160x160 hexagonal prism
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 300 nl protein (6.25 mg mL-1, in 20 mM Tris-HCl pH 8.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP) 100 nl Mother Liquor (1.16 M Li2SO4, 0.1 M Tris-HCl pH 9.0) pH screened 7.5-9.0, Li2SO4 screened 1.125M-1.25M.
PH範囲: 7.5-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→244.4 Å / Num. obs: 23876 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.7 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 38.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3390 / CC1/2: 0.491 / Rpim(I) all: 0.627 / Rrim(I) all: 3.912 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.14_3260精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALS1.14.5データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ty1 p22 Aug2 variant partial model

解像度: 2.8→141.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 32.897 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 1259 5.3 %RANDOM
Rwork0.2564 ---
obs0.2568 22603 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 266.65 Å2 / Biso mean: 145.564 Å2 / Biso min: 94.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.85 Å21.92 Å20 Å2
2--3.85 Å20 Å2
3----12.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→141.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2181 0 0 0 2181
残基数----271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0132224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.643012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1811.5744633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3745270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.34723.286140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.33115387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9691515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02463
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A27770.07
12B27770.07
21A28010.09
22C28010.09
31B27730.09
32C27730.09
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 98 -
Rwork0.397 1651 -
all-1749 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36970.2044-0.34510.1441-0.05331.04180.0299-0.0358-0.0944-0.14510.0118-0.0301-0.6899-0.1942-0.04171.79820.49060.15370.3640.11531.0968124.986830.5462-18.5226
22.61381.1143-2.43774.7318-0.08543.4003-0.05440.2459-0.3309-0.41180.03210.1803-0.3469-0.39420.02231.35240.1836-0.07660.27120.08661.2112126.202614.324-38.0438
32.2951-1.389-1.75779.38027.38866.04030.80740.3-0.1563-0.792-0.5689-0.5189-0.9074-0.5536-0.23852.82811.4250.04350.73050.07651.1109115.849457.8418-13.1412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A261 - 350
2X-RAY DIFFRACTION2B261 - 351
3X-RAY DIFFRACTION3C261 - 350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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