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- PDB-7nl7: Crystal Structure of DC-SIGN in complex with a triazole-based gly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nl7
タイトルCrystal Structure of DC-SIGN in complex with a triazole-based glycomimetic ligand
要素DC-SIGN, CRD domain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell adhesion / cell-cell recognition / intracellular transport of virus / peptide antigen transport / Butyrophilin (BTN) family interactions / positive regulation of viral life cycle / virion binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / pattern recognition receptor activity ...B cell adhesion / cell-cell recognition / intracellular transport of virus / peptide antigen transport / Butyrophilin (BTN) family interactions / positive regulation of viral life cycle / virion binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / pattern recognition receptor activity / antigen processing and presentation / RSV-host interactions / D-mannose binding / regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / CD209 (DC-SIGN) signaling / viral genome replication / peptide antigen binding / endocytosis / host cell / virus receptor activity / carbohydrate binding / adaptive immune response / intracellular signal transduction / immune response / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / innate immune response / virion attachment to host cell / cell surface / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UH5 / CD209 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Cramer, J. / Lakkaichi, A. / Aliu, B. / Cattaneo, I. / Klein, S. / Jiang, X. / Rabbani, S. / Schwardt, O. / Ernst, B. / Maier, T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Sweet Drugs for Bad Bugs: A Glycomimetic Strategy against the DC-SIGN-Mediated Dissemination of SARS-CoV-2.
著者: Cramer, J. / Lakkaichi, A. / Aliu, B. / Jakob, R.P. / Klein, S. / Cattaneo, I. / Jiang, X. / Rabbani, S. / Schwardt, O. / Zimmer, G. / Ciancaglini, M. / Abreu Mota, T. / Maier, T. / Ernst, B.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DC-SIGN, CRD domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6455
ポリマ－18,1601
非ポリマー4854
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.346, 59.346, 75.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-662-

HOH

21A-665-

HOH

31A-675-

HOH

41A-678-

HOH

51A-680-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DC-SIGN, CRD domain / C-type lectin domain family 4 member L / Dendritic cell-specific ICAM-3-grabbing non-integrin 1 / ...C-type lectin domain family 4 member L / Dendritic cell-specific ICAM-3-grabbing non-integrin 1 / DC-SIGN / DC-SIGN1 / CD209 antigen


分子量: 18160.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD209, CLEC4L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NNX6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-UH5 / 3-Aminopropyl 2-deoxy-2-(4-phenyl-1,2,3-triazol-1-yl)-alpha-D-mannopyranoside / (2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-6-(3-azanylpropoxy)-2-(hydroxymethyl)-5-(4-phenyl-1,2,3-triazol-1-yl)oxane-3,4-diol


分子量: 364.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MgCl2, 0.1M Hepes 7.5, 10% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→51.39 Å / Num. obs: 9333 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.5 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.408 / Rpim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 20.2 % / Rmerge(I) obs: 2.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 906 / CC1/2: 0.745 / Rpim(I) all: 0.53 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SL4

1sl4


解像度: 2.1→51.39 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 435 4.66 %
Rwork0.1926 8896 -
obs0.1938 9331 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.77 Å2 / Biso mean: 36.7397 Å2 / Biso min: 18.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→51.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1070 0 53 80 1203
Biso mean--37.27 36.48 -
残基数----132
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.40.25831280.253129063034
2.4-3.030.23321580.209729203078
3.03-51.390.19891490.170130703219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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