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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nix | |||||||||
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タイトル | 14-3-3 sigma with AS160 binding site pT642 | |||||||||
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![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / 1433 / TBC1 domain family member 4 / peptide-protein complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of vesicle fusion / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria ...negative regulation of vesicle fusion / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / vesicle-mediated transport / RHO GTPases activate PKNs / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / GTPase activator activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cellular response to insulin stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cell growth / vesicle / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wolter, M. / Ottmann, C. | |||||||||
資金援助 | 2件
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![]() | ![]() タイトル: Reversible Covalent Imine-Tethering for Selective Stabilization of 14-3-3 Hub Protein Interactions. 著者: Cossar, P.J. / Wolter, M. / van Dijck, L. / Valenti, D. / Levy, L.M. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 318.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 318.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7aogC ![]() 7axnC ![]() 7ayfC ![]() 7az1C ![]() 7az2C ![]() 7bdpC ![]() 7bdtC ![]() 7bdyC ![]() 7bfwC ![]() 7bg3C ![]() 7bgqC ![]() 7bgrC ![]() 7bgvC ![]() 7bgwC ![]() 7nifC ![]() 7nigC ![]() 7nj6C ![]() 7nj8C ![]() 7njaC ![]() 7nqpC ![]() 7nrkC ![]() 7nrlC ![]() 7nsvC ![]() 4jddS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28210.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1446.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 40% (v/v) MPD, 100 mM CHES/ Sodium hydroxide pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976284 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→104.98 Å / Num. obs: 25949 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.5 % / Biso Wilson estimate: 29.31 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 38.7 % / Rmerge(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 1623 / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.252 / Rrim(I) all: 1.57 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4JDD 解像度: 1.9→60.61 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.06 Å2 / Biso mean: 37.2096 Å2 / Biso min: 15.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→60.61 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 100 %
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