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- PDB-7nie: putative glycerol kinase-like proteins anchored on an array of vo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nie
タイトルputative glycerol kinase-like proteins anchored on an array of voltage dependent anion channels in the outer mitochondrial membrane of pig sperm mitochondria
要素
  • Glycerol kinase
  • Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mitochondria / sperm
機能・相同性
機能・相同性情報


PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Triglyceride biosynthesis / Ub-specific processing proteases / glycerol-3-phosphate biosynthetic process / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial outer membrane permeabilization / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol metabolic process / ceramide binding ...PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Triglyceride biosynthesis / Ub-specific processing proteases / glycerol-3-phosphate biosynthetic process / voltage-gated monoatomic anion channel activity / mitochondrial outer membrane permeabilization / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol metabolic process / ceramide binding / phosphatidylcholine binding / oxysterol binding / glycerol catabolic process / triglyceride metabolic process / lipid transport / porin activity / cholesterol binding / pore complex / sperm midpiece / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol kinase, metazoa / Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal ...Glycerol kinase, metazoa / Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / Porin domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
glycerol kinase / Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35 Å
データ登録者Leung, M.R. / Zeev-Ben-Mordehai, T.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)740.018.007 オランダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: In-cell structures of conserved supramolecular protein arrays at the mitochondria-cytoskeleton interface in mammalian sperm.
著者: Miguel Ricardo Leung / Riccardo Zenezini Chiozzi / Marc C Roelofs / Johannes F Hevler / Ravi Teja Ravi / Paula Maitan / Min Zhang / Heiko Henning / Elizabeth G Bromfield / Stuart C Howes / ...著者: Miguel Ricardo Leung / Riccardo Zenezini Chiozzi / Marc C Roelofs / Johannes F Hevler / Ravi Teja Ravi / Paula Maitan / Min Zhang / Heiko Henning / Elizabeth G Bromfield / Stuart C Howes / Bart M Gadella / Albert J R Heck / Tzviya Zeev-Ben-Mordehai /
要旨: Mitochondria-cytoskeleton interactions modulate cellular physiology by regulating mitochondrial transport, positioning, and immobilization. However, there is very little structural information ...Mitochondria-cytoskeleton interactions modulate cellular physiology by regulating mitochondrial transport, positioning, and immobilization. However, there is very little structural information defining mitochondria-cytoskeleton interfaces in any cell type. Here, we use cryofocused ion beam milling-enabled cryoelectron tomography to image mammalian sperm, where mitochondria wrap around the flagellar cytoskeleton. We find that mitochondria are tethered to their neighbors through intermitochondrial linkers and are anchored to the cytoskeleton through ordered arrays on the outer mitochondrial membrane. We use subtomogram averaging to resolve in-cell structures of these arrays from three mammalian species, revealing they are conserved across species despite variations in mitochondrial dimensions and cristae organization. We find that the arrays consist of boat-shaped particles anchored on a network of membrane pores whose arrangement and dimensions are consistent with voltage-dependent anion channels. Proteomics and in-cell cross-linking mass spectrometry suggest that the conserved arrays are composed of glycerol kinase-like proteins. Ordered supramolecular assemblies may serve to stabilize similar contact sites in other cell types in which mitochondria need to be immobilized in specific subcellular environments, such as in muscles and neurons.
履歴
登録2021年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12357
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12357
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol kinase
B: Glycerol kinase
C: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
D: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
E: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
F: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
G: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
H: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
I: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
J: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
K: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
L: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
M: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
N: Voltage-dependent anion-selective channel protein 2
O: Glycerol kinase
P: Glycerol kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)593,96816
ポリマ－593,96816
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Cross-linking mass spectrometry is consistent with the orientation assigned by rigid body fitting homology models into the subtomogram average map. All cross-links detected ...根拠: cross-linking, Cross-linking mass spectrometry is consistent with the orientation assigned by rigid body fitting homology models into the subtomogram average map. All cross-links detected were between the [known] cytosolic face of VDAC and the [putative] membrane-facing surface of GK.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Glycerol kinase


分子量: 53579.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
Plasmid details: lamellae prepared by cryo-focused ion beam milling of pig sperm
組織: sperm / 参照: UniProt: A0A287BD08, glycerol kinase
#2: タンパク質
Voltage-dependent anion-selective channel protein 2


分子量: 31637.484 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
Plasmid details: lamellae prepared by cryo-focused ion beam milling of pig sperm
組織: sperm / 参照: UniProt: F1S2F6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: subtomogram average of ordered protein arrays on the axoneme-facing surface of the outer mitochondrial membrane in pig sperm mitochondria (alignment focused on one unit)
タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 細胞内の位置: midpiece / Organelle: mitochondria / 組織: sperm
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 1.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1PEET1.13.0volume selection
2SerialEM画像取得
4IMOD4.10.25CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10PEET1.13.0最終オイラー角割当
12PEET1.13.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 536 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 3 / Num. of volumes extracted: 268 / Reference model: random particle from the dataset
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
詳細: Homology models of pig glycerol kinase and VDAC2 were made using Robetta. Rigid body fitting was done with Chimera/ChimeraX. Putative GK proteins only fit in one orientation, but for VDAC ...詳細: Homology models of pig glycerol kinase and VDAC2 were made using Robetta. Rigid body fitting was done with Chimera/ChimeraX. Putative GK proteins only fit in one orientation, but for VDAC proteins the rotation around the pore axis remains ambiguous.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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