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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nhg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human METTL3-METTL14 complex with compound ASI_M3M_041 | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / METTL3 / METTL14 / M6A / Inhibitor / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / adenosine to inosine editing / RNA methyltransferase activity / endothelial to hematopoietic transition / RNA methylation ...negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / adenosine to inosine editing / RNA methyltransferase activity / endothelial to hematopoietic transition / RNA methylation / regulation of meiotic cell cycle / primary miRNA processing / dosage compensation by inactivation of X chromosome / : / forebrain radial glial cell differentiation / S-adenosyl-L-methionine binding / gliogenesis / mRNA stabilization / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of T cell differentiation / regulation of neuron differentiation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / stem cell population maintenance / oogenesis / mRNA destabilization / negative regulation of Notch signaling pathway / mRNA catabolic process / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of translation / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / circadian rhythm / cellular response to UV / spermatogenesis / nuclear body / nuclear speck / protein heterodimerization activity / innate immune response / mRNA binding / DNA damage response / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bedi, R.K. / Huang, D. / Caflisch, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design of Inhibitors of the m6A-RNA Writer Enzyme METTL3 著者: Bedi, R.K. / Huang, D. / Li, Y. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 719.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 725.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7nhhC ![]() 7nhiC ![]() 7nhjC ![]() 7nhvC ![]() 7ni7C ![]() 7ni8C ![]() 7ni9C ![]() 7niaC ![]() 7nidC ![]() 7oedC ![]() 7oeeC ![]() 7oefC ![]() 7oegC ![]() 7oehC ![]() 7oeiC ![]() 7oejC ![]() 7oekC ![]() 7oelC ![]() 7oemC ![]() 7oqlC ![]() 7oqoC ![]() 7oqpC ![]() 5l6dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28144.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q86U44, mRNA m6A methyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 33621.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HCE5 |
#3: 化合物 | ChemComp-UDQ / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 400mM Mg acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→49.8 Å / Num. obs: 19331 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.31 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.93 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / Num. unique obs: 3065 / CC1/2: 0.478 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5L6D 解像度: 2.5→49.8 Å / SU ML: 0.3924 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.9467 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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