PDB-7nef: Fucosylated linear peptide Fln65 bound to the fucose binding lect...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nef

タイトル

Fucosylated linear peptide Fln65 bound to the fucose binding lectin LecB PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa at 1.5 Angstrom resolution

要素

Fln65
Fucose-binding lectin

キーワード

ANTIBIOTIC / Antimicrobial peptide / Lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Personne, H. / Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021
タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography.
著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L.

履歴

登録	2021年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nef.cif.gz	552.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nef.ent.gz	459.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nef_validation.pdf.gz	540.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nef_full_validation.pdf.gz	553.6 KB	表示
XML形式データ	7nef_validation.xml.gz	53.9 KB	表示
CIF形式データ	7nef_validation.cif.gz	80.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7nef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7nef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y0uC 6y0vC 6y13C 6y14C 6y1sC 7newC 1oxcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qd5-d 3dv1-d 3pi5-d 5qcz-d 3dv5-d 4lxa-d 5qd6-d 5qd9-d 5qcr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fucose-binding lectin

B: Fucose-binding lectin

C: Fucose-binding lectin

D: Fucose-binding lectin

E: Fucose-binding lectin

F: Fucose-binding lectin

G: Fucose-binding lectin

H: Fucose-binding lectin

I: Fln65

J: Fln65

K: Fln65

L: Fln65

M: Fln65

N: Fln65

O: Fln65

P: Fln65

ヘテロ分子

108 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.467, 64.300, 118.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Fucose-binding lectin PA-IIL 分子量: 11865.905 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fucose-binding Lectin LecB PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: lecB, C0044_25260, CAZ10_21840, DT376_00595, DY979_15445, ECC04_10105, EFK27_13700, EGV95_09240, EGY23_15550, IPC669_23070, PA5486_01888, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAMH19_1713, RW109_RW109_02453 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	Fln65 分子量: 1324.847 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fucosylated linear peptide Fln65 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖	ChemComp-ZDC / 3,7-anhydro-2,8-dideoxy-L-glycero-D-gluco-octonic acid タイプ: D-saccharide / 分子量: 206.193 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₄O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Magnesium formate dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月2日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.507→48.591 Å / Num. obs: 336482 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.18 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 8.23
反射シェル	解像度: 1.51→1.6 Å / 冗長度: 2.36 % / Mean I/σ(I) obs: 0.12 / Num. unique obs: 50384 / CC_1/2: 0.685 / R_rim(I) all: 0.933 / % possible all: 89.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OXC

1oxc

解像度: 1.51→48.59 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.9 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	16718	5.01 %
R_work	0.1821	317222	-
obs	0.1833	333940	96.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.67 Å² / B_iso mean: 21.0708 Å² / B_iso min: 9.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.51→48.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7384	0	16	1415	8815
B_iso mean	-	-	13.31	31.49	-
残基数	-	-	-	-	1016

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.51-1.52	0.5326	337	0.5591	6368	6705	58
1.52-1.54	0.4348	460	0.4157	8715	9175	79
1.54-1.56	0.3088	567	0.2962	10853	11420	98
1.56-1.58	0.2923	566	0.2797	10794	11360	99
1.58-1.6	0.2773	578	0.2672	10887	11465	99
1.6-1.62	0.2705	572	0.2551	10946	11518	99
1.62-1.65	0.2566	575	0.2451	11006	11581	100
1.65-1.67	0.2585	576	0.2254	10947	11523	100
1.67-1.7	0.2355	582	0.2253	11006	11588	100
1.7-1.73	0.256	575	0.2312	10883	11458	99
1.73-1.75	0.2317	582	0.1994	10946	11528	100
1.75-1.79	0.2347	577	0.1948	10970	11547	100
1.79-1.82	0.2135	574	0.1863	10947	11521	100
1.82-1.86	0.2077	571	0.1817	10992	11563	100
1.86-1.9	0.2485	569	0.2242	10651	11220	97
1.9-1.94	0.3408	497	0.3342	9388	9885	86
1.94-1.99	0.1901	579	0.1609	10924	11503	99
1.99-2.05	0.1831	573	0.1512	10986	11559	100
2.05-2.11	0.2667	542	0.2383	10195	10737	93
2.11-2.17	0.1661	580	0.1354	10962	11542	100
2.17-2.25	0.2695	546	0.2188	10286	10832	93
2.25-2.34	0.1955	556	0.1657	10419	10975	95
2.34-2.45	0.1488	576	0.1314	10932	11508	100
2.45-2.58	0.1515	581	0.1333	10997	11578	100
2.58-2.74	0.1643	566	0.1395	10841	11407	99
2.74-2.95	0.156	580	0.1344	10954	11534	100
2.95-3.25	0.1607	577	0.1415	10985	11562	100
3.25-3.72	0.1609	563	0.1489	10734	11297	98
3.72-4.68	0.1872	571	0.1516	10772	11343	98
4.68-48.59	0.1902	570	0.17	10936	11506	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.181 Å / Origin y: -7.0985 Å / Origin z: -29.1351 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1128 Å²	-0.0025 Å²	-0.0027 Å²	-	0.1197 Å²	-0.0009 Å²	-	-	0.1435 Å²
L	0.0371 °²	-0.0068 °²	-0.0145 °²	-	0.0277 °²	0.0047 °²	-	-	0.2014 °²
S	0.0091 Å °	-0.0085 Å °	0.0018 Å °	0.005 Å °	0.0083 Å °	0.0072 Å °	0.0047 Å °	-0.0043 Å °	-0.0145 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 302
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 302
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1 - 302
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1 - 13
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	1 - 13
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	1 - 13
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	1 - 13
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	M	1 - 13
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	N	1 - 13
15	X-RAY DIFFRACTION	1	all	O	1 - 13
16	X-RAY DIFFRACTION	1	all	P	1 - 13
17	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 1415

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