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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nef | ||||||
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タイトル | Fucosylated linear peptide Fln65 bound to the fucose binding lectin LecB PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa at 1.5 Angstrom resolution | ||||||
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![]() | ANTIBIOTIC / Antimicrobial peptide / Lectin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Personne, H. / Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography. 著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L. #1: ![]() タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography. 著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L. #2: ![]() タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography. 著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L. #3: ![]() タイトル: Mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography 著者: Personne, H. / Baeriswyl, S. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.-L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 552.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 459.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 540.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 553.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11865.905 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fucose-binding Lectin LecB PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lecB, C0044_25260, CAZ10_21840, DT376_00595, DY979_15445, ECC04_10105, EFK27_13700, EGV95_09240, EGY23_15550, IPC669_23070, PA5486_01888, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAMH19_1713, RW109_RW109_02453 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1324.847 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fucosylated linear peptide Fln65 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 糖 | ChemComp-ZDC / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Magnesium formate dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月2日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.507→48.591 Å / Num. obs: 336482 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.18 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 8.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.6 Å / 冗長度: 2.36 % / Mean I/σ(I) obs: 0.12 / Num. unique obs: 50384 / CC1/2: 0.685 / Rrim(I) all: 0.933 / % possible all: 89.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1OXC 解像度: 1.51→48.59 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.9 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.67 Å2 / Biso mean: 21.0708 Å2 / Biso min: 9.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.51→48.59 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.181 Å / Origin y: -7.0985 Å / Origin z: -29.1351 Å
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精密化 TLSグループ |
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