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- PDB-7ndy: Di-phosphorylated Barrier-to-Autointegration Factor (BAF) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ndy
タイトルDi-phosphorylated Barrier-to-Autointegration Factor (BAF) in complex with LEM domain of Emerin
要素
  • Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
  • Emerin
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Phosphorylation Complex High Resolution
機能・相同性
機能・相同性情報


TMEM240-body / nuclear membrane organization / negative regulation of protein ADP-ribosylation / Depolymerization of the Nuclear Lamina / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / nuclear outer membrane / regulation of canonical Wnt signaling pathway ...TMEM240-body / nuclear membrane organization / negative regulation of protein ADP-ribosylation / Depolymerization of the Nuclear Lamina / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / nuclear outer membrane / regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear inner membrane / muscle organ development / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation / beta-tubulin binding / Vpr-mediated nuclear import of PICs / skeletal muscle cell differentiation / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / RHOG GTPase cycle / chromosome organization / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of fibroblast proliferation / condensed chromosome / RAC1 GTPase cycle / negative regulation of innate immune response / positive regulation of protein export from nucleus / muscle contraction / response to virus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to growth factor stimulus / DNA integration / spindle / chromatin organization / nuclear envelope / actin binding / double-stranded DNA binding / nuclear membrane / microtubule / response to oxidative stress / cadherin binding / chromatin / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Emerin, LEM domain / Emerin / Barrier- to-autointegration factor, BAF / Barrier-to-autointegration factor, BAF superfamily / Barrier to autointegration factor / Barrier to autointegration factor / LEM domain / LEM domain / LEM domain profile. / in nuclear membrane-associated proteins / LEM/LEM-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Barrier-to-autointegration factor / Emerin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Marcelot, A. / Le Du, M.H. / Hoffmann, G. / Zinn-Justin, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Di-phosphorylated BAF shows altered structural dynamics and binding to DNA, but interacts with its nuclear envelope partners.
著者: Marcelot, A. / Petitalot, A. / Ropars, V. / Le Du, M.H. / Samson, C. / Dubois, S. / Hoffmann, G. / Miron, S. / Cuniasse, P. / Marquez, J.A. / Thai, R. / Theillet, F.X. / Zinn-Justin, S.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
B: Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
G: Emerin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6734
ポリマ－41,4343
非ポリマー2381
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, isothermal titration calorimetry, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.05, 40.628, 43.224
Angle α, β, γ (deg.)69.51, 69.68, 85.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed


分子量: 10031.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BANF1, BAF, BCRG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75531
#2: タンパク質 Emerin


分子量: 21372.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMD, EDMD, STA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50402
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Hepes Sodium salt 0.1 M pH 7.5 PEG 600 25% W/V

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.242→33.225 Å / Num. obs: 32449 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 1.242→1.411 Å / Rmerge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1622 / CC1/2: 0.326 / Rpim(I) all: 0.527 / Rrim(I) all: 0.965

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ghd

6ghd


解像度: 1.44→38.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.122
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 983 -RANDOM
Rwork0.1808 ---
obs0.1829 20430 57.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8125 Å2-1.4534 Å20.9865 Å2
2---0.6527 Å2-0.3211 Å2
3---2.4652 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→38.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1749 0 15 208 1972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081840HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.872489HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d670SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes320HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1840HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion219SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2077SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.58
LS精密化 シェル解像度: 1.44→1.56 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2947 25 -
Rwork0.2196 --
obs0.2239 417 5.69 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4910.15720.29150.7886-0.15960.32160.03570.00870.0150.0087-0.0404-0.01180.015-0.01180.0047-0.0201-0.01720.0126-0.0247-0.0010.01692.3492-16.6061-16.5982
20.9691-0.19720.09550.59290.2290.45640.06240.00510.01360.0051-0.06210.00780.01360.0078-0.0003-0.0342-0.00820.0262-0.02910.00720.019410.01071.2639-28.8454
30.44060.00540.20211.73980.68112.2397-0.06770.0229-0.06220.02290.01860.0556-0.06220.05560.0491-0.020.0067-0.0149-0.02880.005-0.001818.1529-0.2069-7.0399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ G|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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