PDB-7ncx: Crystal structure of GH30 (double mutant EE) from Thermothelomyce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ncx

タイトル

Crystal structure of GH30 (double mutant EE) from Thermothelomyces thermophila.

要素

GH30 family xylanase

キーワード

HYDROLASE / xylanase / GH30 / subfamily 7

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosylceramide catabolic process / glucosylceramidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Myceliophthora thermophila (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Dimarogona, M. / Nikolaivits, E. / Topakas, E. / Weiss, M. / Feiler, C.G.

引用

ジャーナル: Carbohydrate Polymers / 年: 2021
タイトル: Unique features of the bifunctional GH30 from Thermothelomyces thermophila revealed by structural and mutational studies
著者: Nikolaivits, E. / Pentari, C. / Kosinas, C. / Feiler, C.G. / Spiliopoulou, M. / Weiss, M.S. / Dimarogona, M. / Topakas, E.

履歴

登録	2021年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ncx.cif.gz	341 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ncx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ncx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ncx_validation.pdf.gz	752.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ncx_full_validation.pdf.gz	754.4 KB	表示
XML形式データ	7ncx_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	7ncx_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7ncx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7ncx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o0eC 6krlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o0e-2 2b11-1 7o0e-1 2nsx-4 6kuc-d 7ajw-d 2vt0-2 6vzr-4 4gqo-2 4awi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: GH30 family xylanase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.887, 87.315, 107.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	GH30 family xylanase 分子量: 51728.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799) (菌類) 株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: Xyn30A, MYCTH_38558 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) 参照: UniProt: G2Q1N4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

#1: タンパク質

GH30 family xylanase

分子量: 51728.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Myceliophthora thermophila (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799) (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: Xyn30A, MYCTH_38558 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: G2Q1N4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 519分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG1500, TBG buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→45.9 Å / Num. obs: 79578 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.36→1.38 Å / Num. unique obs: 3715 / CC_1/2: 0.539

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
Aimless		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KRL

6krl

解像度: 1.36→43.696 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 2.093 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1581	4024	5.062 %
R_work	0.1221	75477	-
all	0.124	-	-
obs	-	79501	99.574 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.592 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.389 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.823 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.566 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→43.696 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3331	0	107	515	3953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3672
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.576	1.671	5040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.545	1.597	7370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.96	5	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.26	22.171	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.503	15	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.091	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	807
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	694
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.524	1.429	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.523	1.428	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.998	2.155	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.998	2.156	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.066	1.677	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.065	1.677	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.403	2.43	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.403	2.43	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.194	18.966	4291
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.193	18.972	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.898	3	6839

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.36-1.395	0.264	279	0.248	5271	X-RAY DIFFRACTION	95.3608
1.395-1.434	0.248	266	0.217	5382	X-RAY DIFFRACTION	99.2096
1.434-1.475	0.214	286	0.175	5216	X-RAY DIFFRACTION	99.8729
1.475-1.52	0.188	265	0.136	5100	X-RAY DIFFRACTION	99.9627
1.52-1.57	0.171	283	0.119	4941	X-RAY DIFFRACTION	99.9809
1.57-1.625	0.166	265	0.114	4803	X-RAY DIFFRACTION	99.9606
1.625-1.687	0.158	250	0.107	4628	X-RAY DIFFRACTION	99.9795
1.687-1.756	0.15	250	0.091	4426	X-RAY DIFFRACTION	100
1.756-1.834	0.15	232	0.092	4280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.834-1.923	0.142	228	0.087	4088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.923-2.027	0.128	205	0.09	3919	X-RAY DIFFRACTION	99.9515
2.027-2.15	0.127	181	0.098	3748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.298	0.146	170	0.096	3523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.298-2.482	0.131	164	0.098	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.482-2.718	0.159	161	0.113	3018	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
2.718-3.039	0.168	146	0.128	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.039-3.508	0.153	140	0.129	2437	X-RAY DIFFRACTION	99.8837
3.508-4.293	0.131	108	0.121	2095	X-RAY DIFFRACTION	99.9093
4.293-6.059	0.16	87	0.145	1641	X-RAY DIFFRACTION	100
6.059-43.696	0.196	58	0.183	976	X-RAY DIFFRACTION	99.7107

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関連情報:EMDBヘッダ

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