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- PDB-7o0e: Crystal structure of GH30 (mutant E188A) complexed with aldotriur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o0e
タイトルCrystal structure of GH30 (mutant E188A) complexed with aldotriuronic acid from Thermothelomyces thermophila.
要素GH30 family xylanase
キーワードHYDROLASE / xylanase / GH30 / subfamily 7 / fungal
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylceramide catabolic process / glucosylceramidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Endo-beta-1,6-galactanase-like / O-Glycosyl hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Endo-beta-1,6-galactanase-like / O-Glycosyl hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / GH30 family xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Dimarogona, M. / Kosinas, C. / Feiler, C. / Weiss, M.S. / Topakas, E. / Nikolaivits, E.
引用ジャーナル: Carbohydrate Polymers / 年: 2021
タイトル: Unique features of the bifunctional GH30 from Thermothelomyces thermophila revealed by structural and mutational studies
著者: Nikolaivits, E. / Pentari, C. / Kosinas, C. / Feiler, C.G. / Spiliopoulou, M. / Weiss, M.S. / Dimarogona, M. / Topakas, E.
履歴
登録2021年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: GH30 family xylanase
A: GH30 family xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,87915
ポリマ－96,4562
非ポリマー2,42313
水12,304683
1
G: GH30 family xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0507
ポリマ－48,2281
非ポリマー8226
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: GH30 family xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8308
ポリマ－48,2281
非ポリマー1,6017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.604, 41.001, 107.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 GA

#1: タンパク質 GH30 family xylanase


分子量: 48228.109 Da / 分子数: 2 / 変異: E188A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799) (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: Xyn30A, MYCTH_38558 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: G2Q1N4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 472.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a212h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5_4*OC]/1-1-2/a4-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(2+1)][a-D-GlcpA4Me]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 693分子

#4: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02013588 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1508331 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M SPG pH 7.0, 25% w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.884 Å / Num. obs: 67654 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Num. unique obs: 4130 / CC1/2: 0.564

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NCX

7ncx


解像度: 1.85→46.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 6.581 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1906 3293 4.9 %RANDOM
Rwork0.1549 ---
obs0.1566 64342 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.22 Å2 / Biso mean: 21.117 Å2 / Biso min: 11.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6720 0 162 683 7565
Biso mean--33.57 32.01 -
残基数----893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0186194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.6599746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4151.59414371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0595911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.3322.232345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.469151006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5171541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021551
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 224 -
Rwork0.256 4722 -
all-4946 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.239-0.10260.15180.0755-0.03620.43730.01180.0255-0.0141-0.002-0.03650.00910.00060.0020.02470.02060.0024-0.0290.0256-0.00870.0436-8.4186.93-30.101
20.4495-0.0201-0.09680.01430.05760.46260.0180.0088-0.0228-0.00370.00570.01090.01320.0482-0.02360.0050.0031-0.01130.04460.00680.0308-52.858-6.019-23.986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G8 - 459
2X-RAY DIFFRACTION1G601 - 605
3X-RAY DIFFRACTION2A10 - 457
4X-RAY DIFFRACTION2A601 - 605

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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