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- PDB-7nbv: Structure of 2A protein from Theilers murine encephalomyelitis vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nbv
タイトルStructure of 2A protein from Theilers murine encephalomyelitis virus (TMEV)
要素Capsid protein VP0
キーワードVIRAL PROTEIN / TMEV / PRF / recoding / frameshifting / protein-mediated frameshifting / RNA-binding protein / translational regulation / ribosome-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / cytoplasmic vesicle membrane / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication ...host cell nucleolus / cytoplasmic vesicle membrane / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid ...Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Theiler's murine encephalomyeltits virus GDVII (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Hill, C.H. / Cook, G.M. / Napthine, S. / Kibe, A. / Brown, K. / Caliskan, N. / Firth, A.E. / Graham, S.C. / Brierley, I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust202797/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust098406/Z/12/B 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Investigating molecular mechanisms of 2A-stimulated ribosomal pausing and frameshifting in Theilovirus.
著者: Hill, C.H. / Cook, G.M. / Napthine, S. / Kibe, A. / Brown, K. / Caliskan, N. / Firth, A.E. / Graham, S.C. / Brierley, I.
履歴
登録2021年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0452
ポリマ－15,9651
非ポリマー801
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, protein is monomeric in solution, as informed by SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area8180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.788, 73.788, 73.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Space group name HallP2ac2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y+1/2,-z,x+1/2
#5: z+1/2,-x+1/2,-y
#6: -y,z+1/2,-x+1/2
#7: -z+1/2,-x,y+1/2
#8: -z,x+1/2,-y+1/2
#9: y+1/2,-z+1/2,-x
#10: x+1/2,-y+1/2,-z
#11: -x,y+1/2,-z+1/2
#12: -x+1/2,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21A-377-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP0 / Capsid protein VP1 / Capsid protein VP2 / Capsid protein VP3 / Capsid protein VP4 / Genome ...Capsid protein VP1 / Capsid protein VP2 / Capsid protein VP3 / Capsid protein VP4 / Genome polyprotein / Leader protein / P1A / P1B / P1C / P1D / Picornain 3C / Protease 3C / Protein 2C / Protein 3A / RNA-directed RNA polymerase / VP4-VP2 / VPg / Virion protein 1 / Virion protein 2 / Virion protein 3 / Virion protein 4 / protein 2B / 2A protein (derived from genome polyprotein)


分子量: 15965.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Theiler's murine encephalomyeltits virus GDVII (ウイルス)
プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q88595, picornain 3C, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2A protein was concentrated to 4.38 mg/mL in 50 mM Tris (HCl) pH 7.4, 1.1 M NaCl, 1.0 mM DTT. 200 nL protein was mixed with 200 nL reservoir solution comprising 0.2 M KBr, 0.2 M potassium ...詳細: 2A protein was concentrated to 4.38 mg/mL in 50 mM Tris (HCl) pH 7.4, 1.1 M NaCl, 1.0 mM DTT. 200 nL protein was mixed with 200 nL reservoir solution comprising 0.2 M KBr, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 3 % w/v poly-gamma-glutamic acid 200-400 and 10 % w/v PEG-MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月23日
放射モノクロメーター: Si(111), single bounce / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→43.59 Å / Num. obs: 22710 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 26.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.87→1.92 Å / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 1.191 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1644 / CC1/2: 0.644 / Rpim(I) all: 0.273 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
SHARP位相決定
SHELXD位相決定
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
XDSデータ削減
xia2データ削減
GDAデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→42.6 Å / SU ML: 0.2357 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.1985
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 1115 5.24 %
Rwork0.1847 20162 -
obs0.1872 21277 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1077 0 1 98 1176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00531153
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88961566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4178424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.960.39071580.34912442X-RAY DIFFRACTION96.73
1.96-2.060.35581260.29052539X-RAY DIFFRACTION98.7
2.06-2.190.30231060.25892532X-RAY DIFFRACTION98.99
2.19-2.360.27841390.21392522X-RAY DIFFRACTION99.29
2.36-2.590.27541570.22782499X-RAY DIFFRACTION99.51
2.59-2.970.27511240.20322564X-RAY DIFFRACTION99.67
2.97-3.740.20971220.15192549X-RAY DIFFRACTION100
3.74-42.60.15861830.12462515X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.879962133961-0.3287013029470.6699110456222.27732654593-0.880358084290.8216357009240.1047020927620.177906517440.0405805107815-0.339027793715-0.0686191920902-0.1320032686350.2514279957540.0218377255322-0.009497998747790.180365275369-0.0014711988748-0.009276449926360.179076603431-0.01136030204710.17456955014792.1444787704-1.970913073850.5771082593
21.969052427240.159166735569-1.369562942791.4731673601-0.2745894043231.36162783116-0.07024550651570.210818491572-0.0591380826073-0.09060249980540.06798557811720.06757150712340.128778179988-0.219181662135-0.00256265130250.195857671427-0.00551582452275-0.02268577345630.253496803202-0.01201875371780.19907540502284.380780237-0.36315452900653.5144288534
32.6142409327-0.23953786392-1.337059002111.632414749311.112474696463.62448162499-0.02771457320810.255472111049-0.0736817640427-0.18120224735-0.1245883844880.238459180834-0.310888767493-0.501318752540.1410765716350.2498990983240.0476827817131-0.05535835922810.2918102416710.008205528667220.22791301642983.511716605310.424463832446.9657557179
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -4 through 17 )-4 - 171 - 22
22chain 'A' and (resid 18 through 104 )18 - 10423 - 109
33chain 'A' and (resid 105 through 126 )105 - 126110 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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