PDB-7nb3: Crystal structure of human choline alpha in complex with an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nb3

タイトル

Crystal structure of human choline alpha in complex with an inhibitor

要素

Choline kinase alpha

キーワード

TRANSFERASE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / Synthesis of PE / choline kinase activity / CDP-choline pathway / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Casale, E. / Fasolini, M.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Identification of unprecedented ATP-competitive choline kinase inhibitors.
著者: Quartieri, F. / Nesi, M. / Avanzi, N.R. / Borghi, D. / Casale, E. / Corti, E. / Cucchi, U. / Donati, D. / Fasolini, M. / Felder, E.R. / Galvani, A. / Giorgini, M.L. / Lomolino, A. / ...

履歴

登録	2021年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nb3.cif.gz	172.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nb3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nb3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nb3_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nb3_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7nb3_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	7nb3_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nb3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nb1C 7nb2C 2ckqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nb3-2 7nb2-2 3h7i-d 7nb1-2 7nb1-1 5fut-d 3zm9-2 4cga-d 3dew-1 4cg8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Choline kinase alpha

BBB: Choline kinase alpha

ヘテロ分子

91.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Choline kinase alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: none
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Choline kinase alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.926, 120.199, 131.187
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Choline kinase alpha / CK / CHETK-alpha / Ethanolamine kinase / EK 分子量: 45011.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLY 74 IS AN EXPRESSION TAG / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHKA, CHK, CKI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase
#2: 化合物	ChemComp-U6H / 4-(6-azanyl-2-pyridin-4-yl-purin-9-yl)-~{N}-(3-methoxyphenyl)cyclohexane-1-carboxamide 分子量: 443.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₅N₇O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18-20% Peg-mme 5000, 0.1 M Magnesium Formate, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.3 Å / Num. obs: 60320 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 8653 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CKQ

2ckq

解像度: 2→41.128 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.222 / WR_factor R_work: 0.175 / SU B: 4.612 / SU ML: 0.124 / Average fsc free: 0.8958 / Average fsc work: 0.9108 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.157
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2342	3047	5.057 %
R_work	0.1893	57209	-
all	0.192	-	-
obs	-	60256	99.45 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.519 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.442 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.582 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.128 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5749	0	113	283	6145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	6055
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.655	8177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.206	5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.949	21.424	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.998	15	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.383	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4585
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.079	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.41	3.863	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.754	5.766	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.598	4.191	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.652	6.115	4656
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.289	50.896	9311

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.32	218	0.293	4177	X-RAY DIFFRACTION	99.7503
2.052-2.108	0.27	222	0.262	4032	X-RAY DIFFRACTION	99.0915
2.108-2.169	0.295	230	0.237	3970	X-RAY DIFFRACTION	99.6205
2.169-2.236	0.254	209	0.217	3851	X-RAY DIFFRACTION	99.7788
2.236-2.309	0.253	182	0.21	3776	X-RAY DIFFRACTION	99.7983
2.309-2.39	0.289	175	0.212	3602	X-RAY DIFFRACTION	99.7623
2.39-2.48	0.252	183	0.2	3506	X-RAY DIFFRACTION	99.7836
2.48-2.582	0.248	179	0.2	3358	X-RAY DIFFRACTION	99.159
2.582-2.696	0.261	176	0.198	3278	X-RAY DIFFRACTION	99.5963
2.696-2.828	0.263	169	0.196	3085	X-RAY DIFFRACTION	99.5107
2.828-2.981	0.249	171	0.2	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.488
2.981-3.161	0.24	131	0.193	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.6286
3.161-3.379	0.264	146	0.204	2610	X-RAY DIFFRACTION	98.7106
3.379-3.649	0.225	158	0.182	2454	X-RAY DIFFRACTION	99.7708
3.649-3.997	0.178	115	0.166	2289	X-RAY DIFFRACTION	99.5445
3.997-4.468	0.179	117	0.137	2063	X-RAY DIFFRACTION	99.3619
4.468-5.157	0.201	80	0.138	1838	X-RAY DIFFRACTION	98.1576
5.157-6.31	0.238	67	0.18	1606	X-RAY DIFFRACTION	99.7615
6.31-8.901	0.243	69	0.207	1238	X-RAY DIFFRACTION	98.6415

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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