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- PDB-7n9k: KirBac3.1 L124M mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n9k
タイトルKirBac3.1 L124M mutant
要素Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / potassium channel gating / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of monoatomic ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion channel complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Potassium channel domain / Ion channel / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OCTANE / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / trimethylamine oxide / Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Black, T.A. / Gulbis, J.M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Ion currents through Kir potassium channels are gated by anionic lipids.
著者: Jin, R. / He, S. / Black, K.A. / Clarke, O.B. / Wu, D. / Bolla, J.R. / Johnson, P. / Periasamy, A. / Wardak, A. / Czabotar, P. / Colman, P.M. / Robinson, C.V. / Laver, D. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
履歴
登録2021年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,59313
ポリマ－33,7691
非ポリマー2,82412
水72140
1
A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,37252
ポリマ－135,0754
非ポリマー11,29848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area33730 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area43100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.577, 106.577, 89.597
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-506-

K

21A-507-

K

31A-508-

K

41A-509-

K

51A-510-

K

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1


分子量: 33768.676 Da / 分子数: 1 / 変異: C71S, L124M, C262S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: D9N164

-
非ポリマー , 5種, 52分子

#2: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / DOPC


分子量: 787.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#4: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 90 mM HEPES pH 7.5, 2.5 w/v % PEG 8K, 2.5% w/v PEG 4K, 20.9% w/w PEG 400, 10% v/v glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→47.663 Å / Num. obs: 14347 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.22 % / Biso Wilson estimate: 61.17 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 10.52
反射 シェル解像度: 2.71→2.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 4231 / CC1/2: 0.579 / Rrim(I) all: 1.41 / % possible all: 99.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xl4

1xl4


解像度: 2.72→42.08 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 700 4.88 %
Rwork0.2175 13642 -
obs0.219 14342 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.24 Å2 / Biso mean: 67.2441 Å2 / Biso min: 26.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.72→42.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2208 0 133 40 2381
Biso mean--80.97 51.56 -
残基数----282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.72-2.930.2871410.259326382779
2.93-3.230.28371610.227526562817
3.23-3.690.2221220.210727132835
3.69-4.650.24411360.190127422878
4.65-42.080.2471400.231628933033

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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