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- PDB-7n94: LINE-1 endonuclease domain complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n94
タイトルLINE-1 endonuclease domain complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*A)-3')
  • LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
キーワードHYDROLASE/DNA / endonuclease / non-LTR retrotransposon / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid metabolic process / retrotransposition / type II site-specific deoxyribonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / DNA recombination / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Korolev, S. / Miller, I.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural dissection of sequence recognition and catalytic mechanism of human LINE-1 endonuclease.
著者: Miller, I. / Totrov, M. / Korotchkina, L. / Kazyulkin, D.N. / Gudkov, A.V. / Korolev, S.
履歴
登録2021年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
D: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3')
B: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
F: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2096
ポリマ－76,2096
非ポリマー00
水00
1
A: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
D: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1043
ポリマ－38,1043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
2
B: LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein
F: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1043
ポリマ－38,1043
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.774, 100.774, 140.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111HISHISARGARGchain 'A'AA7 - 2387 - 238
221HISHISARGARGchain 'B'BD7 - 2387 - 238
132DGDGDTDT(chain 'D' and resid 1 through 17)DB1 - 171 - 17
242DGDGDTDTchain 'F'FE1 - 171 - 17
153DADADCDCchain 'E'EC1 - 171 - 17
263DADADCDC(chain 'G' and resid 1 through 17)GF1 - 171 - 17

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 LINE-1 retrotransposable element ORF2 protein / ORF2p


分子量: 27073.240 Da / 分子数: 2 / 変異: D145A, Y226K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O00370, RNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*TP*A)-3')


分子量: 5497.563 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3')


分子量: 5533.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 0.2M NaCl, 30% Jeffamine ED-2003

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 17800 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 46.43 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.017 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 40.5
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 888 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.464 / Χ2: 0.715 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vyb

1vyb


解像度: 2.85→42.92 Å / SU ML: 0.3927 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.0256
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2803 1744 10 %
Rwork0.2143 15695 -
obs0.2209 17439 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→42.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3720 1429 0 0 5149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26297565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0609872
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.78443024
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.930.41481320.33251191X-RAY DIFFRACTION92.52
2.93-3.030.38321430.29021283X-RAY DIFFRACTION99.93
3.03-3.140.36391440.28011287X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.260.33031430.26631288X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.410.32561440.22611301X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.590.29631440.22571301X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.820.31251430.22161290X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.110.27331460.21031310X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.520.24831460.17651322X-RAY DIFFRACTION100
4.52-5.180.22151480.17361324X-RAY DIFFRACTION99.86
5.18-6.520.24481500.19371355X-RAY DIFFRACTION99.93
6.52-42.920.2241610.18661443X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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