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万見
- PDB-7n8n: Melbournevirus nucleosome like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n8n
タイトルMelbournevirus nucleosome like particle
要素
  • (DNA (147-MER)) x 2
  • Histone H2B-H2A doublet
  • Histone H4-H3 doublet
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / nucleosome / Virus / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / virion component / structural constituent of chromatin / nucleosome / host cell cytoplasm / protein heterodimerization activity / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Histone H2A / Histone 2A / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone doublet H2B-H2A / Histone doublet H4-H3
類似検索 - 構成要素
生物種Melbournevirus (ウイルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Liu, Y. / Toner, C.M. / Zhou, K. / Bowerman, S. / Luger, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Virus-encoded histone doublets are essential and form nucleosome-like structures.
著者: Yang Liu / Hugo Bisio / Chelsea Marie Toner / Sandra Jeudy / Nadege Philippe / Keda Zhou / Samuel Bowerman / Alison White / Garrett Edwards / Chantal Abergel / Karolin Luger /
要旨: The organization of genomic DNA into defined nucleosomes has long been viewed as a hallmark of eukaryotes. This paradigm has been challenged by the identification of "minimalist" histones in archaea ...The organization of genomic DNA into defined nucleosomes has long been viewed as a hallmark of eukaryotes. This paradigm has been challenged by the identification of "minimalist" histones in archaea and more recently by the discovery of genes that encode fused remote homologs of the four eukaryotic histones in Marseilleviridae, a subfamily of giant viruses that infect amoebae. We demonstrate that viral doublet histones are essential for viral infectivity, localize to cytoplasmic viral factories after virus infection, and ultimately are found in the mature virions. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of viral nucleosome-like particles show strong similarities to eukaryotic nucleosomes despite the limited sequence identify. The unique connectors that link the histone chains contribute to the observed instability of viral nucleosomes, and some histone tails assume structural roles. Our results further expand the range of "organisms" that require nucleosomes and suggest a specialized function of histones in the biology of these unusual viruses.
履歴
登録2021年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24238
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H4-H3 doublet
B: Histone H2B-H2A doublet
C: Histone H4-H3 doublet
D: Histone H2B-H2A doublet
I: DNA (147-MER)
J: DNA (147-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,3396
ポリマ－208,3396
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Histone H4-H3 doublet


分子量: 26737.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Melbournevirus (ウイルス) / 遺伝子: MEL_368 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A097I2D0
#2: タンパク質 Histone H2B-H2A doublet


分子量: 32058.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Melbournevirus (ウイルス) / 遺伝子: MEL_369 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A097I2B5
#3: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45153.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45594.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Melbournevirus nucleosome like particleCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Histone H4-H3 doublet, Histone H2B-H2A doubletCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3DNA 147-merCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量値: 0.218 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Melbournevirus (ウイルス)1560514
23Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34418 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00611812
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8116997
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d32.5883388
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421964
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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