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万見
- PDB-7n87: Solution NMR structure of peptidase domain from Clostridium therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n87
タイトルSolution NMR structure of peptidase domain from Clostridium thermocellum PCAT1
要素ABC-type bacteriocin transporter
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / C39 peptidase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type bacteriocin transporter activity / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / cysteine-type peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter ...Peptidase C39, ABC-type bacteriocin transporter / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC-type bacteriocin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Hungateiclostridium thermocellum (バクテリア)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Bhattacharya, S. / Palillo, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1P41GM118302-01A1 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structural and dynamic studies of the peptidase domain from Clostridium thermocellum PCAT1.
著者: Bhattacharya, S. / Palillo, A.
履歴
登録2021年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-type bacteriocin transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6351
ポリマ－16,6351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ABC-type bacteriocin transporter


分子量: 16635.389 Da / 分子数: 1 / 変異: C24A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hungateiclostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237 / JCM 9322 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372) (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / JCM 9322 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: Cthe_0534 / プラスミド: pMSCG20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3) RIL / 参照: UniProt: A3DCU1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D HNCO
151isotropic23D HNCA
1101isotropic23D CBCA(CO)NH
191isotropic23D HN(CA)CB
181isotropic23D HN(CO)CA
171isotropic23D HBHA(CO)NH
161isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic23D C(CO)NH
1111isotropic23D H(CCO)NH
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1151isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 675 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] C39 peptidase domain, 50 uM sodium phosphate, 150 uM sodium chloride, 5 mM DTT, 50 mM PBS buffer, 95% H2O/5% D2O
詳細: 50 mM PBS buffer, pH 7.0, 5 mM DTT / Label: 15N/13C-labeled Sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
675 uMC39 peptidase domain[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 uMsodium phosphatenatural abundance1
150 uMsodium chloridenatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
50 mMPBS buffernatural abundance1
試料状態イオン強度: 150 mM NaCl mM / Label: condition_1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE900.031TCI CryoProbe
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD800.232TCI CryoProbe

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1, 3.5Bruker Biospincollection
TopSpin2.1, 3.6Bruker Biospin解析
CARA1.5Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.5Keller and Wuthrichpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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