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- PDB-7n84: Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n84
タイトルDouble nuclear outer ring from the isolated yeast NPC
要素
  • Nucleoporin 145c
  • Nucleoporin NUP120
  • Nucleoporin NUP133
  • Nucleoporin NUP188
  • Nucleoporin NUP84
  • Nucleoporin NUP85
  • Nucleoporin SEH1
  • Protein transport protein SEC13
  • unknown
キーワードTRANSLOCASE / nuclear pore complex / outer ring / Nup84 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore inner ring / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / COPII-mediated vesicle transport / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore localization ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore inner ring / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / COPII-mediated vesicle transport / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore localization / nuclear pore central transport channel / regulation of nucleocytoplasmic transport / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / telomere tethering at nuclear periphery / COPII vesicle coat / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / nuclear pore cytoplasmic filaments / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of chromatin organization proteins / RNA export from nucleus / silent mating-type cassette heterochromatin formation / nucleocytoplasmic transport / vacuolar membrane / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / ribosomal large subunit export from nucleus / positive regulation of TOR signaling / subtelomeric heterochromatin formation / mRNA transport / mRNA export from nucleus / nuclear pore / ERAD pathway / positive regulation of TORC1 signaling / protein export from nucleus / cellular response to amino acid starvation / cell periphery / protein import into nucleus / double-strand break repair / protein transport / nuclear envelope / cellular response to heat / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / hydrolase activity / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin NUP120, helical domain / Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188 / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 ...Nucleoporin NUP120, helical domain / Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188 / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nucleoporin autopeptidase / NUP C-terminal domain profile. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP120 / Nucleoporin NUP133 / Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin NUP145 / Nucleoporin NUP188 / Nucleoporin NUP84 / Nucleoporin SEH1 / Protein transport protein SEC13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å
Model detailsyeast Nup84 complexes in double outer ring
データ登録者Akey, C.W. / Rout, M.P. / Ouch, C. / Echevarria, I. / Fernandez-Martinez, J. / Nudelman, I.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM45377 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM112108 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM109824 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Comprehensive structure and functional adaptations of the yeast nuclear pore complex.
著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / ...著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / Chen Xu / James C Gumbart / Sergey Suslov / Jay Unruh / Sue L Jaspersen / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Steven J Ludtke / Elizabeth Villa / Michael P Rout /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub- ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub-nanometer resolution to show how flexible connectors tie together different structural and functional layers. These connectors may be targets for phosphorylation and regulated disassembly in cells with an open mitosis. Moreover, some nucleoporin pairs and transport factors have similar interaction motifs, which suggests an evolutionary and mechanistic link between assembly and transport. We provide evidence for three major NPC variants that may foreshadow functional specializations at the nuclear periphery. Cryo-electron tomography extended these studies, providing a model of the in situ NPC with a radially expanded inner ring. Our comprehensive model reveals features of the nuclear basket and central transporter, suggests a role for the lumenal Pom152 ring in restricting dilation, and highlights structural plasticity that may be required for transport.
履歴
登録2021年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24231
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24231
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Nucleoporin NUP188
Y: unknown
Z: unknown
a: Nucleoporin NUP120
b: Nucleoporin NUP85
c: Nucleoporin 145c
d: Protein transport protein SEC13
e: Nucleoporin SEH1
f: Nucleoporin NUP84
g: Nucleoporin NUP133
l: Nucleoporin NUP120
m: Nucleoporin NUP85
n: Nucleoporin 145c
o: Protein transport protein SEC13
p: Nucleoporin SEH1
q: Nucleoporin NUP84
r: Nucleoporin NUP133


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,351,74417
ポリマ－1,351,74417
非ポリマー00
水00
1
X: Nucleoporin NUP188
Y: unknown
Z: unknown
a: Nucleoporin NUP120
b: Nucleoporin NUP85
c: Nucleoporin 145c
d: Protein transport protein SEC13
e: Nucleoporin SEH1
f: Nucleoporin NUP84
g: Nucleoporin NUP133
l: Nucleoporin NUP120
m: Nucleoporin NUP85
n: Nucleoporin 145c
o: Protein transport protein SEC13
p: Nucleoporin SEH1
q: Nucleoporin NUP84
r: Nucleoporin NUP133
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,813,954136
ポリマ－10,813,954136
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation7
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C8 (8回回転対称))

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要素

-
タンパク質 , 9種, 17分子 XYZalbmcndoepfqgr

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP188 / Nuclear pore protein NUP188


分子量: 188753.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P52593
#2: タンパク質 unknown


分子量: 5379.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: タンパク質 Nucleoporin NUP120 / Nuclear pore protein NUP120


分子量: 120560.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35729
#4: タンパク質 Nucleoporin NUP85 / Nuclear pore protein NUP85


分子量: 84972.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P46673
#5: タンパク質 Nucleoporin 145c


分子量: 81157.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49687
#6: タンパク質 Protein transport protein SEC13


分子量: 33082.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04491
#7: タンパク質 Nucleoporin SEH1 / Nuclear pore protein SEH1 / SEC13 homolog 1


分子量: 39170.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53011
#8: タンパク質 Nucleoporin NUP84 / Nuclear pore protein NUP84


分子量: 83718.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P52891
#9: タンパク質 Nucleoporin NUP133 / Nuclear pore protein NUP133


分子量: 133452.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36161

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詳細

構成要素の詳細Nup84 complex with Nup188 and basket anchor

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: yeast double outer ring / タイプ: COMPLEX
詳細: Novel outer ring C8 protomer with two copies of Nup84 complex, one copy of Nup188 and an unknown basket anchor model
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 10.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞内の位置: nuclear envelope
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
250 mMpotassium acetate1
320 mMsodium chlorideNaCl1
42 mMmagnesium chloride1
51 mMDTT1
60.1 percent wt/wtDeoxyBigChaps1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: double outer ring imaged from isolated yeast NPC
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 37651 X / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4015
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4Gctf1.18CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13VMD1.9.3モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 11.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: gold standard in RELION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: molecular dynamics flexible fitting

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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