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- PDB-7n81: Crystal Structure of PI5P4KIIBeta complex with CC260 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n81
タイトルCrystal Structure of PI5P4KIIBeta complex with CC260
要素Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
キーワードTRANSFERASE / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process ...1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / autophagosome / regulation of autophagy / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cell surface receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HKP / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chen, S. / Ha, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Pharmacological inhibition of PI5P4K alpha / beta disrupts cell energy metabolism and selectively kills p53-null tumor cells.
著者: Chen, S. / Chandra Tjin, C. / Gao, X. / Xue, Y. / Jiao, H. / Zhang, R. / Wu, M. / He, Z. / Ellman, J. / Ha, Y.
履歴
登録2021年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0923
ポリマ－89,6022
非ポリマー4901
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.523, 51.748, 107.606
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-beta / Diphosphoinositide kinase 2-beta / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II beta / PI(5)P 4-kinase type II beta / PIP4KII-beta / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-beta


分子量: 44800.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2B, PIP5K2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P78356, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-HKP / (7R)-8-cyclopentyl-7-(cyclopentylmethyl)-2-[(3,5-dichloro-4-hydroxyphenyl)amino]-5-methyl-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one


分子量: 490.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29Cl2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium bromide, 0.02 M Cadmium chloride, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 22278 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.83.80.96821710.5220.5621.1250.77598.7
2.8-2.9140.80222360.6260.4610.9290.82599.4
2.91-3.043.90.54822030.7580.3190.6370.85498.7
3.04-3.23.70.37622050.8640.2260.4410.89398.3
3.2-3.44.10.26322050.930.1490.3040.93999.2
3.4-3.6640.18222270.9630.1030.210.96999.1
3.66-4.033.90.1322230.9760.0760.1511.03398.7
4.03-4.623.90.10222450.9860.0580.1181.02798.8
4.62-5.8140.08422490.9880.0480.0971.06399
5.81-403.80.07723140.9920.0440.0891.09998.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0189位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BO1

1bo1


解像度: 2.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 17.939 / SU ML: 0.343 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.897 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2805 1141 5.1 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.1916 21128 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.42 Å2 / Biso mean: 71.045 Å2 / Biso min: 16.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.72 Å20 Å2-2.46 Å2
2---2.26 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4708 0 33 138 4879
Biso mean--85.71 66.36 -
残基数----607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6311.9586577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9275598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.10623.721215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.11415767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1731525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213679
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.765 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 75 -
Rwork0.34 1451 -
obs--92.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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