PDB-7n7x: Crystal structure of BCX7353(ORLADEYO) in complex with human plas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n7x

タイトル

Crystal structure of BCX7353(ORLADEYO) in complex with human plasma kallikrein serine protease domain at 2.1 angstrom resolution

要素

Plasma kallikrein light chain

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / kallikrein / blood / plasma / plasma kallikrein-mediated edema / acute hereditary angioedema / HAE / HMWK / hereditary angioedema / HAW / bradykinin / fletcher factor / kininogenin / serine protease / edema / orladeyo / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma kallikrein / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / positive regulation of fibrinolysis / zymogen activation / plasminogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / Activation of Matrix Metalloproteinases / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.097 Å

データ登録者

Krishnan, R. / Yarlagadda, B.S. / Kotian, P. / Polach, K.J. / Zhang, W.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Berotralstat (BCX7353): Structure-Guided Design of a Potent, Selective, and Oral Plasma Kallikrein Inhibitor to Prevent Attacks of Hereditary Angioedema (HAE).
著者: Kotian, P.L. / Wu, M. / Vadlakonda, S. / Chintareddy, V. / Lu, P. / Juarez, L. / Kellogg-Yelder, D. / Chen, X. / Muppa, S. / Chambers-Wilson, R. / Davis Parker, C. / Williams, J. / Polach, K. ...

履歴

登録	2021年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n7x.cif.gz	108.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n7x.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n7x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2anyS 2anw 5tjx S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4crg-d 1c1m-d 1zhm-d 1bru-d 5f8t-d 5qqp-d 5tku-d 2anw-d 4x6p-1 1zsk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (2) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (2) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Plasma kallikrein light chain

ヘテロ分子

27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.726, 59.752, 79.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Plasma kallikrein light chain 分子量: 26669.365 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptidase S1 domain / 変異: N6E, N63E, N104E, C113S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLKB1, KLK3 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P03952
#2: 化合物	ChemComp-0RI / Orladeyo / 1-[3-(aminomethyl)phenyl]-N-(5-{(R)-[3-(aminomethyl)phenyl][(cyclopropylmethyl)amino]methyl}-2-fluorophenyl)-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide 分子量: 562.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₆F₄N₆O / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: cuboids
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 6000, 0.1MES buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: x-stream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.518 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月27日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.518 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→40.39 Å / Num. obs: 15531 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.7 Å² / CC_1/2: 0.963 / CC star: 0.99 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 3.289 / Net I/σ(I): 37.7
反射シェル	解像度: 2.09→2.16 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique obs: 1318 / CC_1/2: 0.963 / CC star: 0.99 / R_pim(I) all: 0.108 / R_rim(I) all: 0.169 / Χ²: 2.224 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ANY

2any

解像度: 2.097→40.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 4.885 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	769	4.97 %
R_work	0.1991	14703	-
all	0.202	-	-
obs	-	15472	98.21 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.097→40.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1828	0	46	87	1961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.018	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.668	2619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.362	1.608	4121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.424	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.885	23.736	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.913	15	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.985	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.647	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.486	2.4	915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.46	2.395	913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.056	3.581	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.06	3.586	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.772	2.791	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.763	2.786	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.504	4.048	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.496	4.039	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.732	28.074	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.716	27.994	2167

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.097-2.151	0.31	50	0.19	974	X-RAY DIFFRACTION	90.7801
2.151-2.21	0.288	56	0.208	1014	X-RAY DIFFRACTION	95.4505
2.21-2.274	0.244	56	0.203	985	X-RAY DIFFRACTION	96.7472
2.274-2.344	0.3	55	0.195	970	X-RAY DIFFRACTION	97.5262
2.344-2.42	0.233	48	0.18	948	X-RAY DIFFRACTION	98.0315
2.42-2.505	0.276	39	0.195	963	X-RAY DIFFRACTION	99.1098
2.505-2.599	0.268	41	0.214	909	X-RAY DIFFRACTION	99.1649
2.599-2.705	0.3	46	0.223	866	X-RAY DIFFRACTION	99.8905
2.705-2.825	0.28	48	0.217	850	X-RAY DIFFRACTION	99.7778
2.825-2.962	0.277	36	0.214	790	X-RAY DIFFRACTION	99.6381
2.962-3.122	0.298	43	0.236	785	X-RAY DIFFRACTION	99.759
3.122-3.31	0.268	26	0.204	735	X-RAY DIFFRACTION	99.6073
3.31-3.538	0.188	31	0.187	700	X-RAY DIFFRACTION	99.5913
3.538-3.819	0.212	31	0.185	643	X-RAY DIFFRACTION	99.8519
3.819-4.181	0.225	36	0.17	598	X-RAY DIFFRACTION	99.8425
4.181-4.67	0.202	35	0.163	537	X-RAY DIFFRACTION	99.4783
4.67-5.384	0.259	34	0.182	477	X-RAY DIFFRACTION	99.6101
5.384-6.573	0.297	28	0.224	418	X-RAY DIFFRACTION	100
6.573-9.209	0.341	19	0.201	335	X-RAY DIFFRACTION	100
8-40.39	0.358	11	0.284	206	X-RAY DIFFRACTION	96.4444

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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