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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n7o | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of PI5P4KIIAlpha complex with Palbociclib | ||||||
要素 | Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase (キナーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation ...vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / photoreceptor outer segment / オートファゴソーム / photoreceptor inner segment / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / regulation of autophagy / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / リソソーム / リン酸化 / protein homodimerization activity / 核質 / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, S. / Ha, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: Pharmacological inhibition of PI5P4K alpha / beta disrupts cell energy metabolism and selectively kills p53-null tumor cells. 著者: Chen, S. / Chandra Tjin, C. / Gao, X. / Xue, Y. / Jiao, H. / Zhang, R. / Wu, M. / He, Z. / Ellman, J. / Ha, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n7o.cif.gz | 81.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n7o.ent.gz | 57.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n7o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/7n7o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43114.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2A, PI5P4KA, PIP5K2, PIP5K2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P48426, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-LQQ / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.13 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 14739 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2YBX 解像度: 2.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 10.098 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 156.76 Å2 / Biso mean: 72.483 Å2 / Biso min: 37.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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