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- PDB-7n7j: Crystal Structure of PI5P4KIIAlpha complex with AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n7j
タイトルCrystal Structure of PI5P4KIIAlpha complex with AMPPNP
要素Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation ...vesicle-mediated cholesterol transport / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / megakaryocyte development / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / photoreceptor outer segment / autophagosome / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / photoreceptor inner segment / regulation of autophagy / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / lysosome / phosphorylation / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, S. / Ha, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Pharmacological inhibition of PI5P4K alpha / beta disrupts cell energy metabolism and selectively kills p53-null tumor cells.
著者: Chen, S. / Chandra Tjin, C. / Gao, X. / Xue, Y. / Jiao, H. / Zhang, R. / Wu, M. / He, Z. / Ellman, J. / Ha, Y.
履歴
登録2021年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0197
ポリマ－43,1151
非ポリマー9046
水3,279182
1
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
ヘテロ分子

A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,03814
ポリマ－86,2292
非ポリマー1,80912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_527x,x-y-3,-z+13/61
Buried area5590 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area28950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.074, 136.074, 95.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 alpha / 1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-alpha / Diphosphoinositide kinase 2-alpha / PIP5KIII ...1-phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase 2-alpha / Diphosphoinositide kinase 2-alpha / PIP5KIII / Phosphatidylinositol 5-Phosphate 4-Kinase / PI5P4Kalpha / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II alpha / PI(5)P 4-kinase type II alpha / PIP4KII-alpha / PtdIns(4)P-5-kinase B isoform / PtdIns(4)P-5-kinase C isoform / PtdIns(5)P-4-kinase isoform 2-alpha


分子量: 43114.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2A, PI5P4KA, PIP5K2, PIP5K2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P48426, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 30655 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1813.10.71129960.8670.2010.741.03599.7
2.18-2.2613.10.53430050.9050.1510.5551.10999.9
2.26-2.3713.10.38530150.9590.1090.4010.94299.9
2.37-2.4913.30.25830220.9830.0730.2680.94199.9
2.49-2.6513.50.19430380.990.0540.2021.08999.9
2.65-2.8513.80.13630410.9950.0370.1411.12899.9
2.85-3.1414.20.09630590.9970.0260.0991.04100
3.14-3.5914.30.07430940.9980.020.0761.169100
3.59-4.52140.05731320.9990.0160.0591.163100
4.52-4013.20.03832530.9990.0110.0391.2498.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0218精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC5.8.0218位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YBX

2ybx


解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.706 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 1455 4.7 %RANDOM
Rwork0.2129 ---
obs0.2147 29179 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.39 Å2 / Biso mean: 49.138 Å2 / Biso min: 23.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å20 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 48 182 2698
Biso mean--66.57 50.15 -
残基数----313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.9713485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6795309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09524.103117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67915421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9261511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211921
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.156 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 103 -
Rwork0.334 2115 -
all-2218 -
obs--99.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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